Difference between revisions of "Installation (French)"

From BioCASe Provider Software
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Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé "BPS"). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le Guide du Débutant [[BeginnersGuide|Beginner’s Guide]] en premier lieu.
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'''Traduction: Franck Theeten'''
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'''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''
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'''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''
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Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé "BPS"). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le [[BeginnersGuide_(French)|Guide du Débutant]] en premier lieu.
  
 
== Prérequis ==
 
== Prérequis ==
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# Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.
 
# Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.
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# Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de staisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].
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# Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit, soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel, ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].
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#  Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine à la base de données à publier - soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.
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#  Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine vers la base de données à publier, soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.
  
 
Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]]  ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].
 
Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]]  ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].
  
 
== Installation de Apache / IIS et Python ==
 
== Installation de Apache / IIS et Python ==
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Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système.
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Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système que vous utilisez.
  
 
Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.
 
Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.
  
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Le BPS nécessite la version 2.5 de Python  afin de fonctionner. Même s’il peut fontionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est de 2.5 Python (en fait la dernière sous-version stable de la branche 2.5: 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le bib site Web (par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.
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Le BPS nécessite la version 2.5 de Python  afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est Python 2.5 (en fait il s'agît plutôt de la dernière sous-version stable de la branche 2.5, que nous notons 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le site Web du driver(par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5).  
  
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Si vous faites l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier Program Files par défaut. En effet à cet endroit le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.
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Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.
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Si vous effectuez l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier ''C:/Program Files'' par défaut.  
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En effet, lorsqu'il est placé à cet endroit, le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.
  
 
Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.
 
Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.
  
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== Téléchargement du logiciel fournisseur ==
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== Téléchargement du logiciel fournisseur de données BioCASe ==
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Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmerus de travailelr en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la docuemntations des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.
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Vous pouvez télécharger le BPS soit sous forme d'archive zippée, ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou ''SVN'' est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion auparavant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.
  
 
=== Téléchargement du fichier d'archive ===
 
=== Téléchargement du fichier d'archive ===
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=== Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===
 
=== Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===
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Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.
 
Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.
  
 
L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .
 
L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .
  
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Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (préinstallé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : <pre>svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase</pre>.
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Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : <pre>svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase</pre>  
  
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Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez  «<small>Checkout</small>». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:
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Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites un clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez  «<small>Checkout</small>». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:
  
 
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== Running the Setup Script ==
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== Exécution du script d'installation ==
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The setup script will initiate the configuration files with values you provide and point the script files to your Python installation (you can re-run the setup script in case that location changes). If you want to modify any of settings you made during the setup, you can change the values in the configuration tool later.
 
  
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In order to run the script, open a terminal window (or “command prompt” in Windows). Change the working directory to the folder you’ve downloaded the BPS to (''biocase'') and type in:<pre>python setup.py</pre> In case Python is not found, you’ll have to add the full path name to the Python executable. Make sure the Python version given in the fifth line of the output is the one you desire (otherwise add the path to the correct executable):
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Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installation) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau ce script d’installation.
  
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[[image:instSetupScriptStart.png|480px]]
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Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande", "commandes MS-DOS"  ou encore "command prompt" en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ».  
  
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The questions asked by the setup script do have defaults. If you want to keep them, just press <small>Return</small>.  
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Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez  <pre>D:</pre><pre>cd D://biocase</pre> Tapez ensuite:<pre>python setup.py</pre>
  
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<strong>Webserver domain:</strong> This is the domain name of the web server you’re installing BioCASe on, e.g. ''http://www.myinstitution.org''.  You can keep the default ''localhost'' as long as you’re configuring and testing the installation locally; for production you’ll need to change that into the correct domain name (or IP address) later.
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Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver.  
  
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<strong>Base URL:</strong> This will become the second part of the URL your installation will use. If you keep the default biocase, your installation will be accessible later at ''www.myinstitution.org/biocase'', for example.
 
  
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After answering these two questions, the script will update your files. At the end of the output you can find the lines you'll need later to create the link between BioCASe and your web server, so do not close the window!
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Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:
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<pre>C:\Python25\python.exe  setup.py</pre>
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...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)
  
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[[image:instSetupScriptDone.png|480px]]
 
  
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== Linking BioCASe and Your Web Server ==
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Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):
  
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The public part of the provider software is stored in the ''www'' subfolder of your BioCASe installation and must be configured in your web server as a public folder. You should always make this folder public using a virtual directory: This means that you should never install BioCASe under the default root folder of your web server. Doing so can compromise your server security and will allow people to see your configuration files (which include passwords). So since we installed BioCASe in ''c:\biocase'', the folder that must be published with a virtual directory is ''c:\biocase\www'' and will be accessible later through ''http://www.myinstitution.org/biocase''.
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[[image:instSetupScriptStart.png|480px]]
  
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=== Apache ===
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Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur <small>Entrée</small>.
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If you use Apache, adding the BioCASe folder to your web server environment is as simple as copying the lines printed at the end of the setup script to the end of the Apache configuration file ''httpd.conf''. This can typically be found in the ''conf'' folder of your Apache installation. If you’re adding BioCASe to an already productive web server, please ask the server admin before doing any changes!
 
  
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[[image:instHttpdConf.png|480px]]
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<strong>Webserver domain:</strong> Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais, pour une machine en production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement.  
  
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Save the file and restart Apache for the changes to take effect.
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<strong>Base URL:</strong> Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.
  
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=== Internet Information Server ===
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Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!
  
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If you use Internet Information Server, you need to create a virtual directory for the folder ''c:\biocase\www'' using the IIS Server Manager. Grant all rights for this directory (Read, Write, Script Execution, Directory listing) and use the <small>Configure</small> button on the virtual directory tab and associate the file extensions .cgi and .py with Python. You should also add ''index.html'' to the list of default documents (<small>Virtual Directory > Properties > Documents > Default</small>).
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[[image:instSetupScriptDone.png|480px]]
  
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We know that configuring Python for IIS can a pain; however, there are several good tutorials on the web, for example
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== Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==
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* http://www.ecp.cc/pyiis.html
 
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* http://support.microsoft.com/kb/276494
 
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* http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp
 
  
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Once you’re done, you can test your BioCASe Installation by opening a browser and typing in ''http://localhost/biocase'' (replace ''localhost'' with the domain name of the machine you installed BioCASe on, if you’re not working locally). You should then see the start page of the BPS:
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Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur en permettant au monde extérieur de voir vos fichiers de configuration , qui incluent des mots de passe. Par exemple, si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre serveur est ''d:\biocase\www'' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''.  
  
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[[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]
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=== Apache ===
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Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache (mais sous Ubuntu;, il est placé dans ''/etc/apache2/sites-available'' et lié sous forme de raccourci à ''/etc/apache2/sites-enabled''). Si vous installez BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez dans tous les cas en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier, car il s'agît du fichier principal qui règle le comportement du serveur!
  
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== Installing Additional Python Packages ==
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[[image:instHttpdConf.png|480px]]
  
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Before you can start configuring your installation, you need to install additional packages, depending on the management system used for the database to be published and the functions of the BPS you intend to use.
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Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu<pre>sudo /etc/init.d/apache2 force-reload</pre> .
  
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On the BPS start page, click on <small>Utilities</small>, then <small>library test</small> in order to navigate to the library test page that shows the status of installed libraries. On a fresh BPS installation, it should look similar to this:
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=== Internet Information Server (IIS) ===
  
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[[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]
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Si vous utilisez IIS, vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le chemin physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'). Vous devriez ajouter également ''index.html'' à la liste des documents par défaut (<small>Virtual Directory > Properties > Documents > Default</small>).
  
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The BioCASe libraries are already included in the archive file you’ve downloaded (or the Subversion repository you checked out from). The 4SuiteXML library is required only for the Local Query Tool – if you don’t plan to use it, you can ignore it. Otherwise click on the Download link, find the installer appropriate for your operating system and install it.
 
  
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For each DBMS you plan to use with BioCASe (i.e. you have a database you want to publish with BioCASe), you’ll have to install the corresponding package. So if your collection is stored in a MySQL database, for example, click on the download link for the MySQL module, find the correct installer for your Python version and operating system and install. Once the installation is done, after reloading the libraries test page in the browser, the according list entry should turn from an orange ‘not installed’ into a green version number. Redo this process for all DBMS you want to connect to.
+
Pour associer les scripts Python avec Python dans les versions 5 et 6 d'IIS, utilisez le bouton  <small>Configure</small> sur l'onglet ''virtual directory'' et associez les extensions de fichier '''.cgi''' et '''.py''' avec le chemin de votre fichier exécutable Python (Voyez la copie d'écran ci-dessous).  
  
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The Graphviz library listed under optional external binaries is used by the BPS to create a graph of your database’s data model in the table setup (you will learn in the [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]] about this). If the data model is very simple (i.e., not more than 3 or 4 tables), you probably can spare the effort of installing Graphviz. Otherwise we recommend installing it: Simply click on the Download link, find the correct installer, and… you know the story.
+
[[File:instAddScriptMap.png|330px]]
  
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== Changing the Default Password ==
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Avec la version 7, vous pouvez ouvrir cette fenêtre en allant sur <small>Add Script Map</small>. Notez les "%s%s" après l'emplacement du Python, qui indiquent des emplacement réservés pour les paramètres.
  
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The configuration tool is a browser interface that allows you to configure almost every aspect of the BPS. As a last step of the setup, you should change the password.
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Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmoins de bonnes explications sur le web, par exemple:
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* http://haishibai.blogspot.de/2011/02/setting-up-python-on-iis-7_01.html
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* http://support.microsoft.com/kb/276494
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* http://www.ecp.cc/pyiis.html
  
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Go back to the Start page of the BPS (by clicking <small>Start</small> at the top of the page, or by retyping ''http://localhost/biocase'' if the server is running on your computer), choose <small>Config Tool</small>, then <small>System Administration</small>. You will then be prompted for a password. Type in the default ''ACDC'', then click <small>Submit</small>.
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=== Testez le lien ===
  
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The top of the configuration page you’ll be directed to should look similar to this:
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Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:
  
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[[image:instConfigTool.png|500px]]
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[[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]
  
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In the first two lines, you’ll see the values you entered during the setup script (in this case, the defaults ''localhost'' and ''biocase''). In the fourth line, enter a new password. Please be careful when typing (if you forget the password some day, you can reset it by directly editing the configuration file). Press <small>update config</small> to save the new password to the configuration file.
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== Installer les paquets additionnels Python  ==
  
−
In case you’ve installed Graphviz, you need to tell the BPS the location of the binaries, since it is not a Python package that will be registered automatically. In order to do so, locate the Graphviz installation on your local disk and enter the path to the binary executable into the text box labelled <small>Graphviz dot binary</small>. On Linux machines it might look similar to the default (''/usr/local/bin/dot''), on Windows machines it will be probably something like ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Press <small>update config</small> to save the path.
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Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.
  
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== Checking Your Installation ==
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Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur <small>Utilities</small>, puis <small>library test</small> pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).
  
−
Before you proceed to the configuration, you should make sure everything is installed correctly:
+
Cette page  indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:
  
−
# Typing in ''http://localhost/biocase'' (or the appropriate values of your installation) takes you to the entry page of the provider software (as shown in the section [[#Linking_BioCASe_and_Your_Web_Server|Linking BioCASe and Your Web Server]]).
+
[[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]
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# The libraries test page (<small>Utilities > library test</small>) shows you’ve installed the packages for you DBMS, 4SuiteXML (if you want to use the Local Query Tool) and the Graphviz Dot (if you decided so).
 
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# <small>Status of writeable directories</small> shows a green <small>writeable</small> for both the Logs and the Configuration. If not, the path to problematic file will be given – please grant write access to Python.
 
  
−
Let’s assume you want to use BioCASe in conjunction with a Postgres and an Access database (which will be connected to through ODBC) and you don’t care for the Query Tool, the libs page should look like this:
+
Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dites sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien dans le répertoire Subversion d'où vous êtes parti. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos donnes sur le Web). Si vous n'envisagez pas de l'utiliser, il n'est pas nécessaire de l'installer. Mais sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation, et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.
  
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[[image:instLibrariesDone.png|450px]]
 
  
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Installation
 
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From Software Provider BioCASE
 
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Aller à: Navigation, rechercher
 
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Installation
 
  
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Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé "BPS"). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le Guide du Débutant en premier lieu.
+
Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez toujours installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de données. Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais au niveau de l'environnement Python. Le BPS peut toutefois vous guider dans leur installation.  
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Contenu
 
  
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    * 1 Prérequis
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Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données 'MySQL', cliquez sur le lien pour télécharger le module 'MySQL', trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.
−
    * 2 Installation de Apache / IIS et Python
 
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    * 3 Téléchargement du logiciel fournisseur de données
 
−
          o 3.1 Téléchargement du fichier d'archive
 
−
          o 3,2 téléchargement à partir du serveur Subversion
 
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    * 4 Exécution du script d'installation
 
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    * 5 Lier BioCASe et serveur Web
 
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          o 5.1 Apache
 
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          o Internet Information Server 5.2
 
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    * 6 Installation de paquets Python supplémentaires
 
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    * 7 Modification du mot de passe par défaut
 
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    * 8 Vérification de l'installation
 
  
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Prérequis
 
  
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Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:
 
  
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  1. Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.
+
La librairie "Graphviz" figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans  [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]], actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessaire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.
−
  2. Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit soit être en dehors de tout pare-feu institutionnel ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant (note : il n’est pas nécessaire de stasifaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement).
 
−
  3. Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine à la base de données à publier - soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.
 
  
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Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système de l'aide, lisez la FAQ ou prenez contact avec l'équipe BioCASe.
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== Changer le mot de passe par défaut ==
  
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Installation de Apache / IIS et Python
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A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.
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L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe.
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Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur <small>Start</small> au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez <small>Config Tool</small>, cliquez alors sur <small>System Administration</small>. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur <small>Submit</small>.
  
−
Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système.
+
Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:
  
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Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.
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[[image:instConfigTool.png|500px]]
  
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Le BPS nécessite la version 2.5 de Python  afin de fonctionner. Même s’il peut fontionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est de 2.5 Python (en fait la dernière sous-version stable de la branche 2.5: 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le bib site Web (par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.
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Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur <small>Update config</small> pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration.  
  
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Si vous faites l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier Program Files par défaut. En effet à cet endroit le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.
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Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par <small>Graphviz dot binary</small>. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez <small>update config</small> pour sauver ce chemin.
  
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Quand vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.
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== Vérifiez votre Installation ==
  
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Téléchargement du logiciel fournisseur
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Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:
  
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Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir de notre dépôt Subversion. La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.
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# Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).
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# La page de test des librairies (<small>Utilities > library test</small>) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).
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# <small>Status of writeable directories</small> ('Statut des répertoires modifiables') montre <small>writeable</small> ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data'
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<pre>sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config</pre><pre>sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config</pre>
  
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Téléchargement du fichier d'archive
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Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:
  
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Il suffit de télécharger l'archive à partir de la section Téléchargement du site BioCASe  et décompresser le contenu du dossier de destination.
 
  
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Téléchargement à partir du dépôt Subversion
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[[image:instLibrariesDone.png|450px]]
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Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (Tortoise , qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent généralement un client Subversion préinstallé.
 
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L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0.
 
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Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (préinstallé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : <pre>svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase</pre>.
 
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Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez  «<small>Checkout</small>». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:
 
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Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:
 
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Exécution du script d'installation
 
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Le script d'installation lancera les fichiers de configuration avec les valeurs que vous fournissez et liera  les fichiers de script à votre installation de Python (vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement des répertoires d’Apache, Python ou du logiciel lui-même sur votre ordinateur). Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.
 
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Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (ou «invite de commande" dans Windows, à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter »).
 
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Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS (par exemple « cd D://biocaseprovider ») et tapez:
 
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python setup.py
 
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Si la commande ne marche pas , vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python.
 
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Exemple (sous Windows et DOS, en supposant que vous avez installé python  dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25. Adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)
 
−
C:\Python25\setup.py  setup.py
 
−
Assurez-vous que la version de Python donnée dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de l’intepréteur comme décrit ci-dessus):
 
−
 
 
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InstSetupScriptStart.png
 
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Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur Entrée.
 
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−
Domaine Webserver: Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, http://www.moninstitution.org. Vous pouvez conserver le localhost par défaut tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) plus tard.
 
−
 
 
−
URL de base: Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par xemple http://moinstitution.org/monbiocase/ ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à www.myinstitution.org/biocase.
 
−
 
 
−
Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!
 

Latest revision as of 16:04, 12 April 2012

Traduction: Franck Theeten

Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren

Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)

Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé "BPS"). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le Guide du Débutant en premier lieu.

Prérequis

Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:

  1. Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.
  2. Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit, soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel, ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].
  3. Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine vers la base de données à publier, soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.

Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la FAQ ou prenez contact avec l'équipe BioCASe.

Installation de Apache / IIS et Python

Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système que vous utilisez.

Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.

Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est Python 2.5 (en fait il s'agît plutôt de la dernière sous-version stable de la branche 2.5, que nous notons 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le site Web du driver(par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5).

Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.

Si vous effectuez l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier C:/Program Files par défaut.

En effet, lorsqu'il est placé à cet endroit, le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.

Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.

Téléchargement du logiciel fournisseur de données BioCASe

Vous pouvez télécharger le BPS soit sous forme d'archive zippée, ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion auparavant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.

Téléchargement du fichier d'archive

Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie Téléchargement du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.

Téléchargement à partir du dépôt Subversion

Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer Tortoise, qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.

L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .

Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : 
svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase

Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire biocase. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites un clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «Checkout». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:

InstTortoiseMenu.pngInstTortoiseDialog.png

Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:

InstBiocaseFolder.png

Exécution du script d'installation

Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installation) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau ce script d’installation.

Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande", "commandes MS-DOS" ou encore "command prompt" en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ».

Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement D:\\biocase tapez 
D:
cd D://biocase
Tapez ensuite:
python setup.py

Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver.


Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25: 

C:\Python25\python.exe  setup.py

...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)


Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):

InstSetupScriptStart.png

Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur Entrée.

Webserver domain: Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, http://www.moninstitution.org. Vous pouvez conserver la valeur par défaut localhost tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais, pour une machine en production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement.

Base URL: Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple http://moninstitution.org/monbiocase/ ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à www.myinstitution.org/biocase. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.

Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!

InstSetupScriptDone.png

Configurer votre serveur Web pour BioCASe

Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire www de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur en permettant au monde extérieur de voir vos fichiers de configuration , qui incluent des mots de passe. Par exemple, si vous avez installé BioCASe sur d:\biocase, le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre serveur est d:\biocase\www et sera accessible par Internet via http://www.moninstitution.org/biocase.

Apache

Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (httpd.conf dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire conf de votre installation d'Apache (mais sous Ubuntu;, il est placé dans /etc/apache2/sites-available et lié sous forme de raccourci à /etc/apache2/sites-enabled). Si vous installez BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez dans tous les cas en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier, car il s'agît du fichier principal qui règle le comportement du serveur!

InstHttpdConf.png

Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu
sudo /etc/init.d/apache2 force-reload
.

Internet Information Server (IIS)

Si vous utilisez IIS, vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le chemin physique c:\biocase\www en utilisant l'outil IIS Server Manager. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'). Vous devriez ajouter également index.html à la liste des documents par défaut (Virtual Directory > Properties > Documents > Default).


Pour associer les scripts Python avec Python dans les versions 5 et 6 d'IIS, utilisez le bouton Configure sur l'onglet virtual directory et associez les extensions de fichier .cgi et .py avec le chemin de votre fichier exécutable Python (Voyez la copie d'écran ci-dessous).

InstAddScriptMap.png

Avec la version 7, vous pouvez ouvrir cette fenêtre en allant sur Add Script Map. Notez les "%s%s" après l'emplacement du Python, qui indiquent des emplacement réservés pour les paramètres.

Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmoins de bonnes explications sur le web, par exemple:

Testez le lien

Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur http://localhost/biocase (replacez localhost par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:

InstBiocaseStartpage.png

Installer les paquets additionnels Python

Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.

Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur Utilities, puis library test pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).

Cette page indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:

InstLibrariesVanilla.png

Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dites sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien dans le répertoire Subversion d'où vous êtes parti. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos donnes sur le Web). Si vous n'envisagez pas de l'utiliser, il n'est pas nécessaire de l'installer. Mais sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation, et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.


Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez toujours installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de données. Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais au niveau de l'environnement Python. Le BPS peut toutefois vous guider dans leur installation.

Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données 'MySQL', cliquez sur le lien pour télécharger le module 'MySQL', trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.


La librairie "Graphviz" figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans Table Setup, actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessaire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.

Changer le mot de passe par défaut

A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe. L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur Start au sommet de la page, ou allez sur http://localhost/biocase si le serveur est sur votre machine), choisissez Config Tool, cliquez alors sur System Administration. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ACDC, cliquez finalement sur Submit.

Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:

InstConfigTool.png

Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut localhost et biocase. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur Update config pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration.

Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par Graphviz dot binary. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (/usr/local/bin/dot). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe. Pressez update config pour sauver ce chemin.

Vérifiez votre Installation

Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:

  1. Tapez http://localhost/biocase (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section #Configurer votre serveur Web pour BioCASe).
  2. La page de test des librairies (Utilities > library test) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).
  3. Status of writeable directories ('Statut des répertoires modifiables') montre writeable ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' 
sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config
sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config

Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:


InstLibrariesDone.png

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