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== What is the BioCASe Provider Software? ==
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== Qu'est ce que le Logiciel Fournisseur de données BioCASe? ==
  
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The BioCASe Provider Software is an XML data binding middleware for publishing data from a relational database to an information network. After installing BioCASe and configuring it for a given database, the published information will be accessible as a BioCASe web service, which means it can be retrieved with BioCASe protocol requests. The Provider Software is agnostic of the data model used for data publication and can be used in conjunction with any conceptual schema.
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Le logiciel fournisseur de données BioCASe (abrégé '''BPS'' pour '''BioCASe Provider Software''' en anglais ) est un middleware (c'est à direlogiciel placé à une position intermédiaire entre une base de données et une interface graphique) produisant des données en XML, afin de le publier sur un réseau d'information scientifique. Après avoir installé BioCASe et l'avoir configuré pour un type de base de données particulier, l'information publiée sera accessible sous la forme d'un web service de type BioCASe. Cela veut dire que l'information pourra être interrogée et recherchée avec des requêtes au format BioCASe, car BioCASe est avant tout un protocole XML pour envoyer des messages à un web service. L'intérêt de ce type de logiciel est qu'il est "agnostique" par rapport au modèle de données de la base de données d'origine, c'est à dire que les requêtes envoyées au web servcies n'ont pas besoind e connaître la strucutre de la base de données pour fonctionner. Il peut être aussi utilisé avec n'importe quel type de schéma conceptuel de données au niveau XML.
  
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The Provider Software is a suite of tools that need to be installed on the data provider’s web server. The core component is the PyWrapper, an XML/CGI database interface written in Python that allows a standardized access to a variety of database management systems and arbitrarily structured databases. Grouped around this are a number of tools for configuring, testing and debugging a BioCASe installation or web service.
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Le BPS est un ensemble d'outils qui doivent être installée sur un serveur Web installé chez le fournisseur de données. Son composant central est le '''PyWrapper''', une interface XML/CGI pour se connecter à des bases de données écrite en Python. Il petmet un accès standardisé (c'est à dire via des procédures uniformes qui peuevnt être ainsi partagée par tous els acturs d'unr éseau d'information) à une large gamme de systèmes de base de données dont la structure est arbitraire (c'est à dire définie par le fournisseur de données seul). Un certain nombre d'outils est réuni autour du BPS pour configurer, tester et débugger une installation ou un web service BioCASe.
  
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Even though BioCASe can be used for any conceptual XML data schema, its main field of application is the publication of occurrence data from specimen or observational databases to primary biodiversity information networks such as the [http://www.biocase.org BioCASe network] and the [http://www.gbif.org Global Biodiversity Information Facility].
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Même si BioCASe peut être utilisé avec n'importe quel schéma conceptuel défini en XML, son domaine de prédilection est la publication de données d'occurrence provenant de bases de données content des spécimen ou des observations sur des réseaux d'information primaire sur la biodiversité, comme le [http://www.biocase.org réseau BioCASe] et le [http://www.gbif.org GBIF (Global Biodiversity Information Facility)].
  
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== Requirements for Using the BPS ==
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== Prérequis pour utiliser le BPS ==
  
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Before using the BioCASe Provider Software, three requirements need to be checked:
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Avant d'utliser le logiciel fournisseur de données BioCASe, trois conditions doivent être vérifiées:
  
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* For one thing, the data to be published needs to be stored in an SQL compliant relational database management system (DBMS), with the data model being well documented or at least knowledge about the data model existing on someone’s head. Non-SQL DBMS are not supported. Currently, the BioCASe Provider Software can connect to the following databases: Microsoft Access, Microsoft SQL Server, MySQL, Postgres, Oracle, Foxpro, Sybase, 4D, DB2, Firebird.
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* D'une part, les données à publier doivent être stockées dans une système gestionnaires de base de données relationnelle (parfois abrégé '''SGBDR''' ou '''RDBMS''' en anglais) compatible avec le langage '''SQL''', et dont le modèle de données est bien documenté, ou, au minimum, présent à l'esprit d'un gestionnaire de données. Les bases de donénes non compatibles avec SQL ne sont pas supportées par BioCASe. Actuellement, le logiciel peut se connecter au bases de données suivantes: Microsoft Access, Microsoft SQL Server, MySQL, Postgres, Oracle, Foxpro, Sybase, 4D, DB2, Firebird.
  
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* For installing BioCASe, you need to have a web server (Apache or Microsoft IIS) that is permanently connected to the Internet. This can be an institutional server or a hosting service (even though it’s usually a pain to get privileges to install software for the latter). Dial-up connections won’t work.
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* Pour installer BioCASe, vous devez avoir un logiciel de serveur Web (Apache ou Microsoft IIS) accessible en permenante depuis l'Internet. Cela peut être le serveur d'une institution académique ou scientifique, ou un service d'hébérgement (même s'il est parfois pénible dans le second cas d'obtenir les droits d'installation auprès d'un service d'hébergement. Une connection commutée (peer to peer ou 'Dial-up') ne fonctionnera pas. Notez qu'il est tout à fait possuble à des fins d'entraînement, de formation ou de développment, d'installer un serveur Internet sur votre propre machine, isolé du reste de l'Internet, et de faire fonctionner BiocASe dessus. Il sera alors accessible localement pour l'ordinateur seum (via le nom http://localhost ou l'adresse IP réservée 127.0.0.1)
  
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* For the web server in question, you must have the possibility to install Python (if it is not installed yet) and Python packages. Even though this can be done by the IT staff, you should make sure that there are no institutional policies colliding.
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* Vous devez avoir la possibilité d'installer Python sur le serveur web en question (si jamais ce n'est pas le cas) ainsi que des libraires ou paquets complémentaires Python. Cela peut être fait par un informaticien ou quelqu'un ayant de bonnes connaissances techniques, mais assurez vous que cela ne pose pas problèmes par rapport aux procédures et règles techniques qui pourraient être en vigeur dans votre institution.
  
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== Steps ==
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== Etapes ==
  
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Once you’ve made sure the BioCASe Provider Software is the right choice for you ([[Special:Contact|contact the BioCASe team]] if you feel unsafe with your decision), you need to do the following steps:
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Une fois que vous vous êtes assurez que le BioCASe Provider Software est un choix pertinent pour vos besoins ([[Special:Contact|contactez l'équipe BioCASe]] si vous avez encore besoin d'information avant de prendre une décicion), vous devez exécutez les étapes suivantes:
  
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# Think about which information you want to publish to the network. This involves settling the question of ownership of the data and the terms of use, license and usage restrictions for the published data. Also you should consider which information should '''not''' be published because they might affect endangered species (options are to block certain occurrences from publication or to blur the exact locality information).
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# Pensez à l'information que vous souhaitez publier sur le réseau. Cela implique d'avoir une réponse à la question de la propriété des données et des termes d'utlsiation, licences, copyright et restrictions dans l'utlisation qui valent pour les données publiées. Vous devriez aussi vous demander si certaines information ne devraient '''pas''' être publiées car cela pourrait avoir une conséquence sur des espèces menacées (une solution possible est de soustraire certaines occurrence du jeu de données publier ou de rendre moins précise une information exacte sur la localité d'observation).
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# Prepare the database for publication as described in the [[Preparation]] tutorial. This includes the decision on whether to publish the live database or a snapshot, the creation of a table for metadata and, in certain cases, some data transformation.
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# Préparez la base de données comme décrit dand le tutoriel [[Preparation]]. Il faut alors décider de publier soit directement la base de données principale qui est utlisée pour les mises à jour, soit un 'snapshot' (une copie de tout ou une partie des données prise à un moment précis), de créer uen table de métadonnées (informations sur la base de donénes elle-même) et, dans certains cas, de transformer la présentation des données.
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# Follow the [[Installation]] Tutorial to install the BioCASe Provider Software.
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# Suivez le tutoriel d'[[Installation]] pour installer le Fournisseur de données BioCASe.
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# Set up a BioCASe Datasource and connect it to your database, then configure the database structure as described in the [[DatasourceSetup]] tutorial.
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# Configurez un jeu de données BioCASe dans le logiciel et connectez-le à votre base de données. Configuez alors le jeu de données comme décrit dans le tutoriel [[DatasourceSetup]].
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# Follow the [[ABCD2Mapping]] tutorial to create a mapping for the schema you want to use.
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# Suiviez le tutoriel [[ABCD2Mapping pour créer un mapping]] pour le schéma de données (par exemple DarwinCore ou ABCD) que vous voulez utiliser.
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# Test and debug your BioCASe web service. Read the [[Debugging]] tutorial to learn how to do this.
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# Testez et debuggez votre web service BioCASe. Lisez le tutoriel [[Debugging]] pour plus d'informations à ce sujet.
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# Once you’re done with setting up and configuring the BioCASe Provider Software, you can register the BioCASe web service with the information network you want to publish your data to, for example with [http://www.gbif.org GBIF]. We strongly recommend to [[Special:Contact|contact the BioCASe team]] for checking your web service first as we might be able to foresee problems that are more difficult to resolve after registration.
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# Quand vous avez terminé avec l'installation et la configuration du BioCASE Provider Software, vous pouvez enregistrer le wen service BioCASe auprès du réseau sur lequel vous souhaitez publiser vos données, par exemple le [http://www.gbif.org GBIF]. Nous vous recommandons de contacter l'[[Special:Contact|équipe BioCASe]] pour vérifier au préalable votre web service nous pourrons alors diagnistiquer des problèmes plus compliqué à résoudre après cet enregistrement.
  
 
== Support ==
 
== Support ==
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In case you run into difficulties during the installation and setup, you should
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En cas de difficultés lors de l'installation et de la configuration, sous devriez:
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* have a look at the [[FAQ]] which might list the solution for your question,
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* jeter un oeil sur le [[FAQ]] qui contient peut-être une réponse à votre question
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* ask other BioCASe data providers for help,
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* demander l'aide au staff technique d'un projet lié à BioCASe (comme CABIN ou OpenUp!)
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* get in contact with the [[Special:Contact|BioCASe team]]. Please describe exactly you environment (operating system, DBMS used), the steps that cause the problem and any error messages and hints you get. Screenshot are a big plus here.
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* demander l'aide d'autres utilisateurs de BioCASe
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* contacter l'[[Special:Contact|BioCASe team]], qui est plutôt anglophone.
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Décrivez le plus précisément possible votre environnement (système d'exploitation et système de bases de données utlisés), l'étape où le problème apparaît, et tous les messages d'erreurs ou informations techniques retourné par le logiciel. Il est recommendé d'envoyer des copies d'écran à vos interlocuteurs pour ce type de problème.

Revision as of 16:16, 10 April 2012

Qu'est ce que le Logiciel Fournisseur de données BioCASe?

Le logiciel fournisseur de données BioCASe (abrégé BPS pour BioCASe Provider Software' en anglais ) est un middleware (c'est à direlogiciel placé à une position intermédiaire entre une base de données et une interface graphique) produisant des données en XML, afin de le publier sur un réseau d'information scientifique. Après avoir installé BioCASe et l'avoir configuré pour un type de base de données particulier, l'information publiée sera accessible sous la forme d'un web service de type BioCASe. Cela veut dire que l'information pourra être interrogée et recherchée avec des requêtes au format BioCASe, car BioCASe est avant tout un protocole XML pour envoyer des messages à un web service. L'intérêt de ce type de logiciel est qu'il est "agnostique" par rapport au modèle de données de la base de données d'origine, c'est à dire que les requêtes envoyées au web servcies n'ont pas besoind e connaître la strucutre de la base de données pour fonctionner. Il peut être aussi utilisé avec n'importe quel type de schéma conceptuel de données au niveau XML.

Le BPS est un ensemble d'outils qui doivent être installée sur un serveur Web installé chez le fournisseur de données. Son composant central est le PyWrapper, une interface XML/CGI pour se connecter à des bases de données écrite en Python. Il petmet un accès standardisé (c'est à dire via des procédures uniformes qui peuevnt être ainsi partagée par tous els acturs d'unr éseau d'information) à une large gamme de systèmes de base de données dont la structure est arbitraire (c'est à dire définie par le fournisseur de données seul). Un certain nombre d'outils est réuni autour du BPS pour configurer, tester et débugger une installation ou un web service BioCASe.

Même si BioCASe peut être utilisé avec n'importe quel schéma conceptuel défini en XML, son domaine de prédilection est la publication de données d'occurrence provenant de bases de données content des spécimen ou des observations sur des réseaux d'information primaire sur la biodiversité, comme le réseau BioCASe et le GBIF (Global Biodiversity Information Facility).

Prérequis pour utiliser le BPS

Avant d'utliser le logiciel fournisseur de données BioCASe, trois conditions doivent être vérifiées:

  • D'une part, les données à publier doivent être stockées dans une système gestionnaires de base de données relationnelle (parfois abrégé SGBDR ou RDBMS en anglais) compatible avec le langage SQL, et dont le modèle de données est bien documenté, ou, au minimum, présent à l'esprit d'un gestionnaire de données. Les bases de donénes non compatibles avec SQL ne sont pas supportées par BioCASe. Actuellement, le logiciel peut se connecter au bases de données suivantes: Microsoft Access, Microsoft SQL Server, MySQL, Postgres, Oracle, Foxpro, Sybase, 4D, DB2, Firebird.
  • Pour installer BioCASe, vous devez avoir un logiciel de serveur Web (Apache ou Microsoft IIS) accessible en permenante depuis l'Internet. Cela peut être le serveur d'une institution académique ou scientifique, ou un service d'hébérgement (même s'il est parfois pénible dans le second cas d'obtenir les droits d'installation auprès d'un service d'hébergement. Une connection commutée (peer to peer ou 'Dial-up') ne fonctionnera pas. Notez qu'il est tout à fait possuble à des fins d'entraînement, de formation ou de développment, d'installer un serveur Internet sur votre propre machine, isolé du reste de l'Internet, et de faire fonctionner BiocASe dessus. Il sera alors accessible localement pour l'ordinateur seum (via le nom http://localhost ou l'adresse IP réservée 127.0.0.1)
  • Vous devez avoir la possibilité d'installer Python sur le serveur web en question (si jamais ce n'est pas le cas) ainsi que des libraires ou paquets complémentaires Python. Cela peut être fait par un informaticien ou quelqu'un ayant de bonnes connaissances techniques, mais assurez vous que cela ne pose pas problèmes par rapport aux procédures et règles techniques qui pourraient être en vigeur dans votre institution.

Etapes

Une fois que vous vous êtes assurez que le BioCASe Provider Software est un choix pertinent pour vos besoins (contactez l'équipe BioCASe si vous avez encore besoin d'information avant de prendre une décicion), vous devez exécutez les étapes suivantes:

  1. Pensez à l'information que vous souhaitez publier sur le réseau. Cela implique d'avoir une réponse à la question de la propriété des données et des termes d'utlsiation, licences, copyright et restrictions dans l'utlisation qui valent pour les données publiées. Vous devriez aussi vous demander si certaines information ne devraient pas être publiées car cela pourrait avoir une conséquence sur des espèces menacées (une solution possible est de soustraire certaines occurrence du jeu de données publier ou de rendre moins précise une information exacte sur la localité d'observation).
  2. Préparez la base de données comme décrit dand le tutoriel Preparation. Il faut alors décider de publier soit directement la base de données principale qui est utlisée pour les mises à jour, soit un 'snapshot' (une copie de tout ou une partie des données prise à un moment précis), de créer uen table de métadonnées (informations sur la base de donénes elle-même) et, dans certains cas, de transformer la présentation des données.
  3. Suivez le tutoriel d'Installation pour installer le Fournisseur de données BioCASe.
  4. Configurez un jeu de données BioCASe dans le logiciel et connectez-le à votre base de données. Configuez alors le jeu de données comme décrit dans le tutoriel DatasourceSetup.
  5. Suiviez le tutoriel ABCD2Mapping pour créer un mapping pour le schéma de données (par exemple DarwinCore ou ABCD) que vous voulez utiliser.
  6. Testez et debuggez votre web service BioCASe. Lisez le tutoriel Debugging pour plus d'informations à ce sujet.
  7. Quand vous avez terminé avec l'installation et la configuration du BioCASE Provider Software, vous pouvez enregistrer le wen service BioCASe auprès du réseau sur lequel vous souhaitez publiser vos données, par exemple le GBIF. Nous vous recommandons de contacter l'équipe BioCASe pour vérifier au préalable votre web service nous pourrons alors diagnistiquer des problèmes plus compliqué à résoudre après cet enregistrement.

Support

En cas de difficultés lors de l'installation et de la configuration, sous devriez:

  • jeter un oeil sur le FAQ qui contient peut-être une réponse à votre question
  • demander l'aide au staff technique d'un projet lié à BioCASe (comme CABIN ou OpenUp!)
  • demander l'aide d'autres utilisateurs de BioCASe
  • contacter l'BioCASe team, qui est plutôt anglophone.

Décrivez le plus précisément possible votre environnement (système d'exploitation et système de bases de données utlisés), l'étape où le problème apparaît, et tous les messages d'erreurs ou informations techniques retourné par le logiciel. Il est recommendé d'envoyer des copies d'écran à vos interlocuteurs pour ce type de problème.

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