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<p>FranckTheeten: /* Internet Information Server (IIS) */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le [[BeginnersGuide_(French)|Guide du Débutant]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit, soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel, ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine vers la base de données à publier, soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système que vous utilisez.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est Python 2.5 (en fait il s'agît plutôt de la dernière sous-version stable de la branche 2.5, que nous notons 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le site Web du driver(par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). <br /> <br /> Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous effectuez l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier ''C:/Program Files'' par défaut. <br /> <br /> En effet, lorsqu'il est placé à cet endroit, le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur de données BioCASe ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit sous forme d'archive zippée, ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou ''SVN'' est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion auparavant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites un clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installation) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau ce script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». <br /> <br /> Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> <br /> <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> <br /> <br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais, pour une machine en production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur en permettant au monde extérieur de voir vos fichiers de configuration , qui incluent des mots de passe. Par exemple, si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre serveur est ''d:\biocase\www'' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache (mais sous Ubuntu;, il est placé dans ''/etc/apache2/sites-available'' et lié sous forme de raccourci à ''/etc/apache2/sites-enabled''). Si vous installez BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez dans tous les cas en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier, car il s'agît du fichier principal qui règle le comportement du serveur! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utilisez IIS, vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le chemin physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'). Vous devriez ajouter également ''index.html'' à la liste des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> <br /> Pour associer les scripts Python avec Python dans les versions 5 et 6 d'IIS, utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez les extensions de fichier '''.cgi''' et '''.py''' avec le chemin de votre fichier exécutable Python (Voyez la copie d'écran ci-dessous). <br /> <br /> [[File:instAddScriptMap.png|330px]]<br /> <br /> Avec la version 7, vous pouvez ouvrir cette fenêtre en allant sur &lt;small&gt;Add Script Map&lt;/small&gt;. Notez les &quot;%s%s&quot; après l'emplacement du Python, qui indiquent des emplacement réservés pour les paramètres.<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmoins de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://haishibai.blogspot.de/2011/02/setting-up-python-on-iis-7_01.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> <br /> === Testez le lien ===<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).<br /> <br /> Cette page indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dites sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien dans le répertoire Subversion d'où vous êtes parti. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos donnes sur le Web). Si vous n'envisagez pas de l'utiliser, il n'est pas nécessaire de l'installer. Mais sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation, et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> <br /> <br /> Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez toujours installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de données. Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais au niveau de l'environnement Python. Le BPS peut toutefois vous guider dans leur installation. <br /> <br /> Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données 'MySQL', cliquez sur le lien pour télécharger le module 'MySQL', trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> <br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]], actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessaire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

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<p>FranckTheeten: </p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le [[BeginnersGuide_(French)|Guide du Débutant]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit, soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel, ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine vers la base de données à publier, soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système que vous utilisez.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est Python 2.5 (en fait il s'agît plutôt de la dernière sous-version stable de la branche 2.5, que nous notons 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le site Web du driver(par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). <br /> <br /> Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous effectuez l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier ''C:/Program Files'' par défaut. <br /> <br /> En effet, lorsqu'il est placé à cet endroit, le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur de données BioCASe ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit sous forme d'archive zippée, ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou ''SVN'' est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion auparavant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites un clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installation) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau ce script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». <br /> <br /> Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> <br /> <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> <br /> <br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais, pour une machine en production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur en permettant au monde extérieur de voir vos fichiers de configuration , qui incluent des mots de passe. Par exemple, si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre serveur est ''d:\biocase\www'' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache (mais sous Ubuntu;, il est placé dans ''/etc/apache2/sites-available'' et lié sous forme de raccourci à ''/etc/apache2/sites-enabled''). Si vous installez BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez dans tous les cas en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier, car il s'agît du fichier principal qui règle le comportement du serveur! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utilisez IIS, vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le chemin physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'). Vous devriez ajouter également ''index.html'' à la liste des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> <br /> Pour associer les scripts Python avec Python dans les versions 5 et 6 d'IIS, utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez les extensions de fichier '''.cgi''' et '''.py''' avec le chemin de votre fichier exécutable Python (Voyez la copie d'écran ci-dessous). <br /> <br /> [[File:instAddScriptMap.png|330px]]<br /> <br /> Avec la version 7, vous pouvez ouvrir cette fenêtre en allant sur &lt;small&gt;Add Script Map&lt;/small&gt;. Notez les &quot;%s%s&quot; après l'emplacement du Python, qui indiquent des emplacement réservés pour les paramètres.<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmoins de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://haishibai.blogspot.de/2011/02/setting-up-python-on-iis-7_01.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> <br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).<br /> <br /> Cette page indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dites sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien dans le répertoire Subversion d'où vous êtes parti. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos donnes sur le Web). Si vous n'envisagez pas de l'utiliser, il n'est pas nécessaire de l'installer. Mais sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation, et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> <br /> <br /> Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez toujours installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de données. Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais au niveau de l'environnement Python. Le BPS peut toutefois vous guider dans leur installation. <br /> <br /> Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données 'MySQL', cliquez sur le lien pour télécharger le module 'MySQL', trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> <br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]], actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessaire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=BeginnersGuide_(French)&diff=551 2012-04-10T16:18:10Z

<p>FranckTheeten: /* Prérequis pour utiliser le BPS */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> == Qu'est ce que le Logiciel Fournisseur de données BioCASe? ==<br /> <br /> Le logiciel fournisseur de données BioCASe (abrégé '''BPS'' pour '''BioCASe Provider Software''' en anglais ) est un middleware, c'est à dire un logiciel situéà une position intermédiaire entre une base de données et une interface graphique. Il produit des données en XML, afin de les publier sur un réseau d'information scientifique. Après l'installation de BioCASe et sa configuration pour un type de base de données particulier, l'information publiée sera accessible sous la forme d'un web service de type BioCASe. Cela veut dire que l'information pourra être interrogée et recherchée avec des requêtes au format BioCASe, car BioCASe désigne également un protocole XML pour envoyer des messages à un web service. L'intérêt de ce type de logiciel est qu'il est &quot;agnostique&quot; par rapport au modèle de données de la base de données d'origine, c'est à dire que les requêtes envoyées au web services n'ont pas besoin de connaître la structure de la base de données pour fonctionner. Il peut être également utilisé avec n'importe quel type de schéma conceptuel de données en XML.<br /> <br /> Le BPS est un ensemble d'outils qui doivent être installée sur un serveur Web installé chez le fournisseur de données. Son composant central est le '''PyWrapper''', une interface XML/CGI, écrite en Python, pour se connecter à des bases de données . Il permet un accès standardisé (c'est à dire via des procédures uniformes qui peuvent être ainsi partagée par tous les acteurs d'un réseau d'information) à une large gamme de systèmes de base de données dont la structure est arbitraire (c'est à dire définie par le fournisseur de données seul). Un certain nombre d'outils est réuni autour du BPS pour configurer, tester et débugger une installation ou un web service BioCASe.<br /> <br /> Même si BioCASe peut être utilisé avec n'importe quel schéma conceptuel défini en XML, son domaine de prédilection est la publication de données d'occurrence provenant de bases de données contenant des spécimens ou des observations sur des réseaux d'information primaire sur la biodiversité, comme le [http://www.biocase.org réseau BioCASe] et le [http://www.gbif.org GBIF (Global Biodiversity Information Facility)].<br /> <br /> == Prérequis pour utiliser le BPS ==<br /> <br /> Avant d'utiliser le logiciel fournisseur de données BioCASe, trois conditions doivent être vérifiées:<br /> <br /> * D'une part, les données à publier doivent être stockées dans une système gestionnaires de base de données relationnelles (parfois abrégé '''SGBDR''' ou '''RDBMS''' en anglais) compatible avec le langage '''SQL'''. Son modèle de données doit être bien documenté, ou, au minimum, présent à l'esprit d'un gestionnaire de données. Les bases de données non compatibles avec SQL ne sont pas supportées par BioCASe. Actuellement, le logiciel peut se connecter au bases de données suivantes: Microsoft Access, Microsoft SQL Server, MySQL, Postgres, Oracle, Foxpro, Sybase, 4D, DB2, Firebird.<br /> <br /> * Pour installer BioCASe, vous devez avoir un logiciel de serveur Web (Apache ou Microsoft IIS) accessible en permanence depuis l'Internet. Cela peut être le serveur d'une institution académique ou scientifique, ou un service d'hébergement. Il est parfois pénible dans ce second cas d'obtenir les droits d'installation auprès d'un service d'hébergement. Une connexion commutée peer to peer ou 'Dial-up' ne fonctionnera pas. Notez qu'il est tout à fait possible d'installer un serveur Internet sur votre propre machine, isolé du reste de l'Internet, et de faire fonctionner BioCASe dessus à des fins d'entraînement, de formation ou de développement. Il sera alors accessible localement pour l'ordinateur seul (via le nom http://localhost ou l'adresse IP réservée 127.0.0.1)<br /> <br /> * Vous devez avoir la possibilité d'installer Python sur le serveur web en question (si jamais ce n'est pas le cas) ainsi que des librairies ou paquets complémentaires Python. Cela peut être effectué relativement facilement par un informaticien ou quelqu'un ayant de bonnes connaissances techniques, mais assurez vous que cela ne pose pas problèmes par rapport aux procédures et règles techniques qui pourraient être en vigueur dans votre institution.<br /> <br /> == Etapes ==<br /> <br /> Une fois que vous vous êtes assurez que le BioCASe Provider Software est un choix pertinent pour vos besoins ([[Special:Contact|contactez l'équipe BioCASe]] si vous souhaitez plus d'information avant de prendre une décision), vous devez exécuter les étapes suivantes:<br /> <br /> # Pensez à l'information que vous souhaitez publier sur le réseau. Cela implique d'avoir réfléchi et répondu à la question de la propriété des données et des termes d'utilisation, licences, copyright et restrictions dans l'utilisation qui s'appliquent à leur publication. Vous devriez aussi vous demander si certaines information ne devraient '''pas''' être publiées car cela pourrait avoir une conséquence sur des espèces menacées. une solution possible est de soustraire certaines occurrence du jeu de données publier, ou de rendre moins précise une information exacte sur la localité d'observation.<br /> # Préparez la base de données comme décrit dans le tutoriel [[Preparation]]. C'est à cette étape que doit être prise la décision de publier soit directement la base de données principale qui est utilisée pour les mises à jour, soit un 'snapshot' (c'est à dire une copie de tout ou une partie des données prise à un moment précis), de créer une table de métadonnées (informations sur la base de données elle-même) et, dans certains cas, de transformer la présentation des données.<br /> # Suivez le tutoriel d'[[Installation_(French)|Installation]] pour installer le Fournisseur de données BioCASe.<br /> # Configurez un jeu de données BioCASe viale logiciel et connectez-le à votre base de données. Configurez alors le jeu de données comme décrit dans le tutoriel [[DatasourceSetup]].<br /> # Suivez le tutoriel [[ABCD2Mapping| ABCD2Mapping (pour l'instant en anglais)]] pour créer un mapping (un mapping est une correspondance entre la structure de votre bases de données et un schéma XML) pour le schéma de données (par exemple DarwinCore ou ABCD) que vous voulez utiliser.<br /> # Testez et débuggez votre web service BioCASe. Lisez le tutoriel [[Debugging]] pour plus d'informations à ce sujet.<br /> # Quand vous avez terminé avec l'installation et la configuration du BioCASE Provider Software, vous pouvez enregistrer le web service BioCASe auprès du réseau sur lequel vous souhaitez publier vos données, par exemple le [http://www.gbif.org GBIF]. Nous vous recommandons de contacter l'[[Special:Contact|équipe BioCASe]] pour vérifier au préalable votre web service. Ils pourront alors diagnostiquer lors de cette étape préalable des problèmes éventuels qui seraient plus compliqués à résoudre après l'enregistrement à un réseau.<br /> <br /> == Support ==<br /> En cas de difficultés lors de l'installation et de la configuration, vous devriez:<br /> * jeter un œil sur le [[FAQ]] qui contient peut-être une réponse à votre question<br /> * demander l'aide au staff technique d'un projet lié à BioCASe (comme CABIN ou OpenUp!)<br /> * demander l'aide d'autres utilisateurs de BioCASe <br /> * contacter l'[[Special:Contact|équipe BioCASe]](qui est plutôt anglophone mais peut si nécessaire transmettre des questions en français à des techniciens francophones).<br /> <br /> Décrivez le plus précisément possible votre environnement (système d'exploitation et système de bases de données utlisés), l'étape où le problème apparaît, et tous les messages d'erreurs ou informations techniques retourné par le logiciel. Il est recommandé d'envoyer des '''copies d'écran''' à vos interlocuteurs pour faciliter l'identification du problème.</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=550 2012-04-10T16:14:32Z

<p>FranckTheeten: /* Exécution du script d&#039;installation */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le [[BeginnersGuide_(French)|Guide du Débutant]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit, soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel, ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine vers la base de données à publier, soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système que vous utilisez.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est Python 2.5 (en fait il s'agît plutôt de la dernière sous-version stable de la branche 2.5, que nous notons 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le site Web du driver(par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). <br /> <br /> Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous effectuez l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier ''C:/Program Files'' par défaut. <br /> <br /> En effet, lorsqu'il est placé à cet endroit, le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur de données BioCASe ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit sous forme d'archive zippée, ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou ''SVN'' est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion auparavant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites un clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installation) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau ce script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». <br /> <br /> Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> <br /> <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> <br /> <br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais, pour une machine en production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur en permettant au monde extérieur de voir vos fichiers de configuration , qui incluent des mots de passe. Par exemple, si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre serveur est ''d:\biocase\www'' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache (mais sous Ubuntu;, il est placé dans ''/etc/apache2/sites-available'' et lié sous forme de raccourci à ''/etc/apache2/sites-enabled''). Si vous installez BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez dans tous les cas en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier, car il s'agît du fichier principal qui règle le comportement du serveur! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utilisez IIS, vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le chemin physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'). Utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier '''.cgi''' et '''.py''' avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez ajouter également ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmoins de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).<br /> <br /> Cette page indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dites sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien dans le répertoire Subversion d'où vous êtes parti. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos donnes sur le Web). Si vous n'envisagez pas de l'utiliser, il n'est pas nécessaire de l'installer. Mais sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation, et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> <br /> <br /> Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez toujours installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de données. Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais au niveau de l'environnement Python. Le BPS peut toutefois vous guider dans leur installation. <br /> <br /> Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données 'MySQL', cliquez sur le lien pour télécharger le module 'MySQL', trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> <br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]], actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessaire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=549 2012-04-10T16:13:59Z

<p>FranckTheeten: /* Exécution du script d&#039;installation */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le [[BeginnersGuide_(French)|Guide du Débutant]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit, soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel, ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine vers la base de données à publier, soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système que vous utilisez.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est Python 2.5 (en fait il s'agît plutôt de la dernière sous-version stable de la branche 2.5, que nous notons 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le site Web du driver(par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). <br /> <br /> Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous effectuez l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier ''C:/Program Files'' par défaut. <br /> <br /> En effet, lorsqu'il est placé à cet endroit, le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur de données BioCASe ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit sous forme d'archive zippée, ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou ''SVN'' est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion auparavant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites un clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installation) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau ce script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». <br /> <br /> Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> <br /> <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> <br /> <br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur en permettant au monde extérieur de voir vos fichiers de configuration , qui incluent des mots de passe. Par exemple, si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre serveur est ''d:\biocase\www'' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache (mais sous Ubuntu;, il est placé dans ''/etc/apache2/sites-available'' et lié sous forme de raccourci à ''/etc/apache2/sites-enabled''). Si vous installez BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez dans tous les cas en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier, car il s'agît du fichier principal qui règle le comportement du serveur! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utilisez IIS, vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le chemin physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'). Utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier '''.cgi''' et '''.py''' avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez ajouter également ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmoins de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).<br /> <br /> Cette page indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dites sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien dans le répertoire Subversion d'où vous êtes parti. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos donnes sur le Web). Si vous n'envisagez pas de l'utiliser, il n'est pas nécessaire de l'installer. Mais sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation, et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> <br /> <br /> Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez toujours installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de données. Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais au niveau de l'environnement Python. Le BPS peut toutefois vous guider dans leur installation. <br /> <br /> Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données 'MySQL', cliquez sur le lien pour télécharger le module 'MySQL', trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> <br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]], actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessaire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=548 2012-04-10T16:13:11Z

<p>FranckTheeten: /* Téléchargement du logiciel fournisseur */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le [[BeginnersGuide_(French)|Guide du Débutant]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit, soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel, ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine vers la base de données à publier, soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système que vous utilisez.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est Python 2.5 (en fait il s'agît plutôt de la dernière sous-version stable de la branche 2.5, que nous notons 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le site Web du driver(par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). <br /> <br /> Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous effectuez l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier ''C:/Program Files'' par défaut. <br /> <br /> En effet, lorsqu'il est placé à cet endroit, le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur de données BioCASe ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit sous forme d'archive zippée, ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou ''SVN'' est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion auparavant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites un clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur en permettant au monde extérieur de voir vos fichiers de configuration , qui incluent des mots de passe. Par exemple, si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre serveur est ''d:\biocase\www'' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache (mais sous Ubuntu;, il est placé dans ''/etc/apache2/sites-available'' et lié sous forme de raccourci à ''/etc/apache2/sites-enabled''). Si vous installez BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez dans tous les cas en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier, car il s'agît du fichier principal qui règle le comportement du serveur! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utilisez IIS, vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le chemin physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'). Utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier '''.cgi''' et '''.py''' avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez ajouter également ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmoins de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).<br /> <br /> Cette page indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dites sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien dans le répertoire Subversion d'où vous êtes parti. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos donnes sur le Web). Si vous n'envisagez pas de l'utiliser, il n'est pas nécessaire de l'installer. Mais sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation, et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> <br /> <br /> Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez toujours installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de données. Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais au niveau de l'environnement Python. Le BPS peut toutefois vous guider dans leur installation. <br /> <br /> Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données 'MySQL', cliquez sur le lien pour télécharger le module 'MySQL', trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> <br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]], actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessaire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=547 2012-04-10T16:12:08Z

<p>FranckTheeten: /* Téléchargement à partir du dépôt Subversion */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le [[BeginnersGuide_(French)|Guide du Débutant]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit, soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel, ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine vers la base de données à publier, soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système que vous utilisez.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est Python 2.5 (en fait il s'agît plutôt de la dernière sous-version stable de la branche 2.5, que nous notons 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le site Web du driver(par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). <br /> <br /> Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous effectuez l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier ''C:/Program Files'' par défaut. <br /> <br /> En effet, lorsqu'il est placé à cet endroit, le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit sous forme d'archive zippée, ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou ''SVN'' est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion auparavant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites un clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur en permettant au monde extérieur de voir vos fichiers de configuration , qui incluent des mots de passe. Par exemple, si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre serveur est ''d:\biocase\www'' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache (mais sous Ubuntu;, il est placé dans ''/etc/apache2/sites-available'' et lié sous forme de raccourci à ''/etc/apache2/sites-enabled''). Si vous installez BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez dans tous les cas en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier, car il s'agît du fichier principal qui règle le comportement du serveur! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utilisez IIS, vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le chemin physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'). Utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier '''.cgi''' et '''.py''' avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez ajouter également ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmoins de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).<br /> <br /> Cette page indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dites sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien dans le répertoire Subversion d'où vous êtes parti. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos donnes sur le Web). Si vous n'envisagez pas de l'utiliser, il n'est pas nécessaire de l'installer. Mais sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation, et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> <br /> <br /> Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez toujours installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de données. Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais au niveau de l'environnement Python. Le BPS peut toutefois vous guider dans leur installation. <br /> <br /> Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données 'MySQL', cliquez sur le lien pour télécharger le module 'MySQL', trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> <br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]], actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessaire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=546 2012-04-10T16:10:47Z

<p>FranckTheeten: /* Téléchargement du logiciel fournisseur */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le [[BeginnersGuide_(French)|Guide du Débutant]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit, soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel, ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine vers la base de données à publier, soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système que vous utilisez.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est Python 2.5 (en fait il s'agît plutôt de la dernière sous-version stable de la branche 2.5, que nous notons 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le site Web du driver(par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). <br /> <br /> Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous effectuez l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier ''C:/Program Files'' par défaut. <br /> <br /> En effet, lorsqu'il est placé à cet endroit, le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit sous forme d'archive zippée, ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou ''SVN'' est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion auparavant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur en permettant au monde extérieur de voir vos fichiers de configuration , qui incluent des mots de passe. Par exemple, si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre serveur est ''d:\biocase\www'' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache (mais sous Ubuntu;, il est placé dans ''/etc/apache2/sites-available'' et lié sous forme de raccourci à ''/etc/apache2/sites-enabled''). Si vous installez BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez dans tous les cas en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier, car il s'agît du fichier principal qui règle le comportement du serveur! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utilisez IIS, vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le chemin physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'). Utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier '''.cgi''' et '''.py''' avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez ajouter également ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmoins de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).<br /> <br /> Cette page indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dites sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien dans le répertoire Subversion d'où vous êtes parti. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos donnes sur le Web). Si vous n'envisagez pas de l'utiliser, il n'est pas nécessaire de l'installer. Mais sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation, et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> <br /> <br /> Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez toujours installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de données. Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais au niveau de l'environnement Python. Le BPS peut toutefois vous guider dans leur installation. <br /> <br /> Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données 'MySQL', cliquez sur le lien pour télécharger le module 'MySQL', trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> <br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]], actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessaire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=545 2012-04-10T16:10:04Z

<p>FranckTheeten: /* Téléchargement du logiciel fournisseur */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le [[BeginnersGuide_(French)|Guide du Débutant]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit, soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel, ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine vers la base de données à publier, soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système que vous utilisez.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est Python 2.5 (en fait il s'agît plutôt de la dernière sous-version stable de la branche 2.5, que nous notons 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le site Web du driver(par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). <br /> <br /> Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous effectuez l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier ''C:/Program Files'' par défaut. <br /> <br /> En effet, lorsqu'il est placé à cet endroit, le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit sous forme d'archive zippée, ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou ''SVN'' est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur en permettant au monde extérieur de voir vos fichiers de configuration , qui incluent des mots de passe. Par exemple, si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre serveur est ''d:\biocase\www'' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache (mais sous Ubuntu;, il est placé dans ''/etc/apache2/sites-available'' et lié sous forme de raccourci à ''/etc/apache2/sites-enabled''). Si vous installez BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez dans tous les cas en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier, car il s'agît du fichier principal qui règle le comportement du serveur! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utilisez IIS, vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le chemin physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'). Utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier '''.cgi''' et '''.py''' avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez ajouter également ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmoins de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).<br /> <br /> Cette page indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dites sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien dans le répertoire Subversion d'où vous êtes parti. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos donnes sur le Web). Si vous n'envisagez pas de l'utiliser, il n'est pas nécessaire de l'installer. Mais sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation, et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> <br /> <br /> Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez toujours installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de données. Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais au niveau de l'environnement Python. Le BPS peut toutefois vous guider dans leur installation. <br /> <br /> Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données 'MySQL', cliquez sur le lien pour télécharger le module 'MySQL', trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> <br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]], actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessaire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=544 2012-04-10T16:09:28Z

<p>FranckTheeten: /* Installation de Apache / IIS et Python */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le [[BeginnersGuide_(French)|Guide du Débutant]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit, soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel, ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine vers la base de données à publier, soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système que vous utilisez.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est Python 2.5 (en fait il s'agît plutôt de la dernière sous-version stable de la branche 2.5, que nous notons 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le site Web du driver(par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). <br /> <br /> Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous effectuez l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier ''C:/Program Files'' par défaut. <br /> <br /> En effet, lorsqu'il est placé à cet endroit, le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur en permettant au monde extérieur de voir vos fichiers de configuration , qui incluent des mots de passe. Par exemple, si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre serveur est ''d:\biocase\www'' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache (mais sous Ubuntu;, il est placé dans ''/etc/apache2/sites-available'' et lié sous forme de raccourci à ''/etc/apache2/sites-enabled''). Si vous installez BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez dans tous les cas en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier, car il s'agît du fichier principal qui règle le comportement du serveur! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utilisez IIS, vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le chemin physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'). Utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier '''.cgi''' et '''.py''' avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez ajouter également ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmoins de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).<br /> <br /> Cette page indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dites sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien dans le répertoire Subversion d'où vous êtes parti. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos donnes sur le Web). Si vous n'envisagez pas de l'utiliser, il n'est pas nécessaire de l'installer. Mais sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation, et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> <br /> <br /> Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez toujours installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de données. Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais au niveau de l'environnement Python. Le BPS peut toutefois vous guider dans leur installation. <br /> <br /> Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données 'MySQL', cliquez sur le lien pour télécharger le module 'MySQL', trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> <br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]], actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessaire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=542 2012-04-10T16:07:01Z

<p>FranckTheeten: /* Installation de Apache / IIS et Python */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le [[BeginnersGuide_(French)|Guide du Débutant]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit, soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel, ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine vers la base de données à publier, soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système que vous utilisez.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est Python 2.5 (en fait il s'agît plutôt de la dernière sous-version stable de la branche 2.5, que nous notons 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le bib site Web (par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous faites l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier Program Files par défaut. En effet à cet endroit le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur en permettant au monde extérieur de voir vos fichiers de configuration , qui incluent des mots de passe. Par exemple, si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre serveur est ''d:\biocase\www'' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache (mais sous Ubuntu;, il est placé dans ''/etc/apache2/sites-available'' et lié sous forme de raccourci à ''/etc/apache2/sites-enabled''). Si vous installez BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez dans tous les cas en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier, car il s'agît du fichier principal qui règle le comportement du serveur! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utilisez IIS, vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le chemin physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'). Utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier '''.cgi''' et '''.py''' avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez ajouter également ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmoins de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).<br /> <br /> Cette page indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dites sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien dans le répertoire Subversion d'où vous êtes parti. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos donnes sur le Web). Si vous n'envisagez pas de l'utiliser, il n'est pas nécessaire de l'installer. Mais sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation, et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> <br /> <br /> Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez toujours installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de données. Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais au niveau de l'environnement Python. Le BPS peut toutefois vous guider dans leur installation. <br /> <br /> Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données 'MySQL', cliquez sur le lien pour télécharger le module 'MySQL', trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> <br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]], actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessaire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=541 2012-04-10T16:06:12Z

<p>FranckTheeten: /* Installation de Apache / IIS et Python */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le [[BeginnersGuide_(French)|Guide du Débutant]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit, soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel, ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine vers la base de données à publier, soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système que vous utilisez.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est de 2.5 Python (en fait la dernière sous-version stable de la branche 2.5: 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le bib site Web (par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous faites l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier Program Files par défaut. En effet à cet endroit le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur en permettant au monde extérieur de voir vos fichiers de configuration , qui incluent des mots de passe. Par exemple, si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre serveur est ''d:\biocase\www'' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache (mais sous Ubuntu;, il est placé dans ''/etc/apache2/sites-available'' et lié sous forme de raccourci à ''/etc/apache2/sites-enabled''). Si vous installez BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez dans tous les cas en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier, car il s'agît du fichier principal qui règle le comportement du serveur! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utilisez IIS, vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le chemin physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'). Utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier '''.cgi''' et '''.py''' avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez ajouter également ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmoins de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).<br /> <br /> Cette page indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dites sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien dans le répertoire Subversion d'où vous êtes parti. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos donnes sur le Web). Si vous n'envisagez pas de l'utiliser, il n'est pas nécessaire de l'installer. Mais sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation, et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> <br /> <br /> Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez toujours installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de données. Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais au niveau de l'environnement Python. Le BPS peut toutefois vous guider dans leur installation. <br /> <br /> Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données 'MySQL', cliquez sur le lien pour télécharger le module 'MySQL', trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> <br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]], actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessaire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=540 2012-04-10T16:05:00Z

<p>FranckTheeten: /* Prérequis */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le [[BeginnersGuide_(French)|Guide du Débutant]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit, soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel, ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine vers la base de données à publier, soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est de 2.5 Python (en fait la dernière sous-version stable de la branche 2.5: 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le bib site Web (par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous faites l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier Program Files par défaut. En effet à cet endroit le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur en permettant au monde extérieur de voir vos fichiers de configuration , qui incluent des mots de passe. Par exemple, si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre serveur est ''d:\biocase\www'' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache (mais sous Ubuntu;, il est placé dans ''/etc/apache2/sites-available'' et lié sous forme de raccourci à ''/etc/apache2/sites-enabled''). Si vous installez BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez dans tous les cas en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier, car il s'agît du fichier principal qui règle le comportement du serveur! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utilisez IIS, vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le chemin physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'). Utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier '''.cgi''' et '''.py''' avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez ajouter également ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmoins de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).<br /> <br /> Cette page indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dites sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien dans le répertoire Subversion d'où vous êtes parti. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos donnes sur le Web). Si vous n'envisagez pas de l'utiliser, il n'est pas nécessaire de l'installer. Mais sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation, et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> <br /> <br /> Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez toujours installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de données. Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais au niveau de l'environnement Python. Le BPS peut toutefois vous guider dans leur installation. <br /> <br /> Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données 'MySQL', cliquez sur le lien pour télécharger le module 'MySQL', trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> <br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]], actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessaire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=539 2012-04-10T16:04:15Z

<p>FranckTheeten: /* Prérequis */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le [[BeginnersGuide_(French)|Guide du Débutant]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit, soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel, ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine à la base de données à publier - soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est de 2.5 Python (en fait la dernière sous-version stable de la branche 2.5: 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le bib site Web (par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous faites l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier Program Files par défaut. En effet à cet endroit le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur en permettant au monde extérieur de voir vos fichiers de configuration , qui incluent des mots de passe. Par exemple, si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre serveur est ''d:\biocase\www'' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache (mais sous Ubuntu;, il est placé dans ''/etc/apache2/sites-available'' et lié sous forme de raccourci à ''/etc/apache2/sites-enabled''). Si vous installez BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez dans tous les cas en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier, car il s'agît du fichier principal qui règle le comportement du serveur! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utilisez IIS, vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le chemin physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'). Utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier '''.cgi''' et '''.py''' avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez ajouter également ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmoins de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).<br /> <br /> Cette page indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dites sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien dans le répertoire Subversion d'où vous êtes parti. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos donnes sur le Web). Si vous n'envisagez pas de l'utiliser, il n'est pas nécessaire de l'installer. Mais sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation, et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> <br /> <br /> Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez toujours installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de données. Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais au niveau de l'environnement Python. Le BPS peut toutefois vous guider dans leur installation. <br /> <br /> Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données 'MySQL', cliquez sur le lien pour télécharger le module 'MySQL', trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> <br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]], actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessaire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=538 2012-04-10T16:03:36Z

<p>FranckTheeten: </p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le [[BeginnersGuide_(French)|Guide du Débutant]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine à la base de données à publier - soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est de 2.5 Python (en fait la dernière sous-version stable de la branche 2.5: 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le bib site Web (par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous faites l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier Program Files par défaut. En effet à cet endroit le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur en permettant au monde extérieur de voir vos fichiers de configuration , qui incluent des mots de passe. Par exemple, si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre serveur est ''d:\biocase\www'' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache (mais sous Ubuntu;, il est placé dans ''/etc/apache2/sites-available'' et lié sous forme de raccourci à ''/etc/apache2/sites-enabled''). Si vous installez BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez dans tous les cas en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier, car il s'agît du fichier principal qui règle le comportement du serveur! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utilisez IIS, vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le chemin physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'). Utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier '''.cgi''' et '''.py''' avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez ajouter également ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmoins de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).<br /> <br /> Cette page indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dites sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien dans le répertoire Subversion d'où vous êtes parti. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos donnes sur le Web). Si vous n'envisagez pas de l'utiliser, il n'est pas nécessaire de l'installer. Mais sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation, et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> <br /> <br /> Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez toujours installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de données. Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais au niveau de l'environnement Python. Le BPS peut toutefois vous guider dans leur installation. <br /> <br /> Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données 'MySQL', cliquez sur le lien pour télécharger le module 'MySQL', trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> <br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]], actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessaire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=537 2012-04-10T15:58:44Z

<p>FranckTheeten: /* Apache */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le Guide du Débutant [[BeginnersGuide|Beginner’s Guide]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine à la base de données à publier - soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est de 2.5 Python (en fait la dernière sous-version stable de la branche 2.5: 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le bib site Web (par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous faites l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier Program Files par défaut. En effet à cet endroit le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur en permettant au monde extérieur de voir vos fichiers de configuration , qui incluent des mots de passe. Par exemple, si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre serveur est ''d:\biocase\www'' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache (mais sous Ubuntu;, il est placé dans ''/etc/apache2/sites-available'' et lié sous forme de raccourci à ''/etc/apache2/sites-enabled''). Si vous installez BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez dans tous les cas en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier, car il s'agît du fichier principal qui règle le comportement du serveur! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utilisez IIS, vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le chemin physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'). Utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier '''.cgi''' et '''.py''' avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez ajouter également ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmoins de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).<br /> <br /> Cette page indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dites sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien dans le répertoire Subversion d'où vous êtes parti. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos donnes sur le Web). Si vous n'envisagez pas de l'utiliser, il n'est pas nécessaire de l'installer. Mais sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation, et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> <br /> <br /> Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez toujours installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de données. Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais au niveau de l'environnement Python. Le BPS peut toutefois vous guider dans leur installation. <br /> <br /> Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données 'MySQL', cliquez sur le lien pour télécharger le module 'MySQL', trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> <br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]], actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessaire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=536 2012-04-10T15:57:45Z

<p>FranckTheeten: /* Apache */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le Guide du Débutant [[BeginnersGuide|Beginner’s Guide]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine à la base de données à publier - soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est de 2.5 Python (en fait la dernière sous-version stable de la branche 2.5: 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le bib site Web (par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous faites l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier Program Files par défaut. En effet à cet endroit le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur en permettant au monde extérieur de voir vos fichiers de configuration , qui incluent des mots de passe. Par exemple, si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre serveur est ''d:\biocase\www'' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache (mais sous Ubuntu;, il est placé dans ''/etc/apache2/sites-available'' et lié sous forme de raccourci à ''/etc/apache2/sites-enabled''). Si vous installez BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez dans tous les cas en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utilisez IIS, vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le chemin physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'). Utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier '''.cgi''' et '''.py''' avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez ajouter également ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmoins de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).<br /> <br /> Cette page indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dites sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien dans le répertoire Subversion d'où vous êtes parti. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos donnes sur le Web). Si vous n'envisagez pas de l'utiliser, il n'est pas nécessaire de l'installer. Mais sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation, et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> <br /> <br /> Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez toujours installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de données. Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais au niveau de l'environnement Python. Le BPS peut toutefois vous guider dans leur installation. <br /> <br /> Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données 'MySQL', cliquez sur le lien pour télécharger le module 'MySQL', trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> <br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]], actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessaire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=535 2012-04-10T15:55:44Z

<p>FranckTheeten: /* Configurer votre serveur Web pour BioCASe */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le Guide du Débutant [[BeginnersGuide|Beginner’s Guide]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine à la base de données à publier - soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est de 2.5 Python (en fait la dernière sous-version stable de la branche 2.5: 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le bib site Web (par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous faites l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier Program Files par défaut. En effet à cet endroit le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur en permettant au monde extérieur de voir vos fichiers de configuration , qui incluent des mots de passe. Par exemple, si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre serveur est ''d:\biocase\www'' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache. Si vous installer BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utilisez IIS, vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le chemin physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'). Utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier '''.cgi''' et '''.py''' avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez ajouter également ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmoins de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).<br /> <br /> Cette page indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dites sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien dans le répertoire Subversion d'où vous êtes parti. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos donnes sur le Web). Si vous n'envisagez pas de l'utiliser, il n'est pas nécessaire de l'installer. Mais sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation, et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> <br /> <br /> Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez toujours installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de données. Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais au niveau de l'environnement Python. Le BPS peut toutefois vous guider dans leur installation. <br /> <br /> Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données 'MySQL', cliquez sur le lien pour télécharger le module 'MySQL', trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> <br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]], actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessaire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=534 2012-04-10T15:52:50Z

<p>FranckTheeten: /* Configurer votre serveur Web pour BioCASe */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le Guide du Débutant [[BeginnersGuide|Beginner’s Guide]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine à la base de données à publier - soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est de 2.5 Python (en fait la dernière sous-version stable de la branche 2.5: 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le bib site Web (par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous faites l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier Program Files par défaut. En effet à cet endroit le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur en permettant au monde extérieur de voir vos fichiers de configuration , qui incluent des mots de passe. Par exemple, si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre serveur est ''d:\biocase\www' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache. Si vous installer BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utilisez IIS, vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le chemin physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'). Utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier '''.cgi''' et '''.py''' avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez ajouter également ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmoins de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).<br /> <br /> Cette page indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dites sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien dans le répertoire Subversion d'où vous êtes parti. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos donnes sur le Web). Si vous n'envisagez pas de l'utiliser, il n'est pas nécessaire de l'installer. Mais sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation, et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> <br /> <br /> Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez toujours installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de données. Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais au niveau de l'environnement Python. Le BPS peut toutefois vous guider dans leur installation. <br /> <br /> Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données 'MySQL', cliquez sur le lien pour télécharger le module 'MySQL', trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> <br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]], actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessaire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=533 2012-04-10T15:51:32Z

<p>FranckTheeten: /* Internet Information Server (IIS) */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le Guide du Débutant [[BeginnersGuide|Beginner’s Guide]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine à la base de données à publier - soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est de 2.5 Python (en fait la dernière sous-version stable de la branche 2.5: 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le bib site Web (par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous faites l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier Program Files par défaut. En effet à cet endroit le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur et permettre au modne extérieur de voir vos fichiers de configuration (qui incluent des mots de passe). Ainsi si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre server est ''d:\biocase\www' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache. Si vous installer BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utilisez IIS, vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le chemin physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'). Utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier '''.cgi''' et '''.py''' avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez ajouter également ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmoins de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).<br /> <br /> Cette page indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dites sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien dans le répertoire Subversion d'où vous êtes parti. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos donnes sur le Web). Si vous n'envisagez pas de l'utiliser, il n'est pas nécessaire de l'installer. Mais sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation, et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> <br /> <br /> Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez toujours installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de données. Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais au niveau de l'environnement Python. Le BPS peut toutefois vous guider dans leur installation. <br /> <br /> Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données 'MySQL', cliquez sur le lien pour télécharger le module 'MySQL', trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> <br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]], actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessaire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=532 2012-04-10T15:50:09Z

<p>FranckTheeten: /* Installer les paquets additionnels Python */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le Guide du Débutant [[BeginnersGuide|Beginner’s Guide]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine à la base de données à publier - soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est de 2.5 Python (en fait la dernière sous-version stable de la branche 2.5: 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le bib site Web (par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous faites l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier Program Files par défaut. En effet à cet endroit le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur et permettre au modne extérieur de voir vos fichiers de configuration (qui incluent des mots de passe). Ainsi si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre server est ''d:\biocase\www' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache. Si vous installer BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utlisez IIS vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le répertoire physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'), utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier .cgi and .py avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez aussi aussi ajouter ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmons de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).<br /> <br /> Cette page indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dites sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien dans le répertoire Subversion d'où vous êtes parti. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos donnes sur le Web). Si vous n'envisagez pas de l'utiliser, il n'est pas nécessaire de l'installer. Mais sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation, et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> <br /> <br /> Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez toujours installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de données. Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais au niveau de l'environnement Python. Le BPS peut toutefois vous guider dans leur installation. <br /> <br /> Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données 'MySQL', cliquez sur le lien pour télécharger le module 'MySQL', trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> <br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]], actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessaire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=531 2012-04-10T15:49:42Z

<p>FranckTheeten: /* Installer les paquets additionnels Python */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le Guide du Débutant [[BeginnersGuide|Beginner’s Guide]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine à la base de données à publier - soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est de 2.5 Python (en fait la dernière sous-version stable de la branche 2.5: 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le bib site Web (par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous faites l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier Program Files par défaut. En effet à cet endroit le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur et permettre au modne extérieur de voir vos fichiers de configuration (qui incluent des mots de passe). Ainsi si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre server est ''d:\biocase\www' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache. Si vous installer BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utlisez IIS vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le répertoire physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'), utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier .cgi and .py avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez aussi aussi ajouter ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmons de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).<br /> <br /> Cette page indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dites sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien dans le répertoire Subversion d'où vous êtes parti. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos donnes sur le Web). Si vous n'envisagez pas de l'utiliser, il n'est pas nécessaire de l'installer. Mais sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation, et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> <br /> <br /> Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez toujours installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de données. Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais au niveau de l'environnement Python. Le BPS peut toutefois vous guider dans leur installation. <br /> <br /> Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données 'MySQL', cliquez sur le lien pour télécharger le module 'MySQL', trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> <br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]] actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=530 2012-04-10T15:49:04Z

<p>FranckTheeten: /* Installer les paquets additionnels Python */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le Guide du Débutant [[BeginnersGuide|Beginner’s Guide]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine à la base de données à publier - soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est de 2.5 Python (en fait la dernière sous-version stable de la branche 2.5: 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le bib site Web (par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous faites l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier Program Files par défaut. En effet à cet endroit le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur et permettre au modne extérieur de voir vos fichiers de configuration (qui incluent des mots de passe). Ainsi si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre server est ''d:\biocase\www' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache. Si vous installer BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utlisez IIS vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le répertoire physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'), utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier .cgi and .py avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez aussi aussi ajouter ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmons de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).<br /> <br /> Cette page indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dites sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien dans le répertoire Subversion d'où vous êtes parti. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos donnes sur le Web). Si vous n'envisagez pas de l'utiliser, il n'est pas nécessaire de l'installer. Mais sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation, et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez toujours installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de données. Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais au niveau de l'environnement Python. Le BPS peut toutefois vous guider dans leur installation. <br /> <br /> Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données MySQL, cliquez sur le lien pour télécharger le module MySQL, trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> <br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]] actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=529 2012-04-10T15:47:01Z

<p>FranckTheeten: /* Installer les paquets additionnels Python */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le Guide du Débutant [[BeginnersGuide|Beginner’s Guide]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine à la base de données à publier - soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est de 2.5 Python (en fait la dernière sous-version stable de la branche 2.5: 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le bib site Web (par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous faites l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier Program Files par défaut. En effet à cet endroit le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur et permettre au modne extérieur de voir vos fichiers de configuration (qui incluent des mots de passe). Ainsi si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre server est ''d:\biocase\www' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache. Si vous installer BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utlisez IIS vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le répertoire physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'), utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier .cgi and .py avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez aussi aussi ajouter ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmons de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du type de logiciel de la base de données à publier ainsi que des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes).<br /> <br /> Cette page indique également si cette librairie est présente sur le système et, si dans ce cas, avec quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dite sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien le répertoire Subversion d'où vous êtes partis. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos don&quot;nes sur le Web) – ainsi si vous n'envisagez pas de l'utiliser il n'est pas nécessaire de l'installer. Sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> Néanmoins, Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de donénes . Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais à celui de l'environnement Python; mais néanmoins le BPS peut vous guider dans leur installation. Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données MySQL, cliquez sur le lien pour télécharger le module MySQL, trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]] actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

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<p>FranckTheeten: /* Changer le mot de passe par défaut */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le Guide du Débutant [[BeginnersGuide|Beginner’s Guide]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine à la base de données à publier - soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est de 2.5 Python (en fait la dernière sous-version stable de la branche 2.5: 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le bib site Web (par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous faites l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier Program Files par défaut. En effet à cet endroit le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur et permettre au modne extérieur de voir vos fichiers de configuration (qui incluent des mots de passe). Ainsi si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre server est ''d:\biocase\www' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache. Si vous installer BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utlisez IIS vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le répertoire physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'), utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier .cgi and .py avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez aussi aussi ajouter ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmons de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du logiciel utilisé pour la base de données à publier et des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes), qui indique également si cette librairie est présente sur le système et, si ou, dans quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dite sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien le répertoire Subversion d'où vous êtes partis. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos don&quot;nes sur le Web) – ainsi si vous n'envisagez pas de l'utiliser il n'est pas nécessaire de l'installer. Sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> Néanmoins, Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de donénes . Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais à celui de l'environnement Python; mais néanmoins le BPS peut vous guider dans leur installation. Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données MySQL, cliquez sur le lien pour télécharger le module MySQL, trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]] actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les paramètres du BPS, dont le mot de passe. <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la page 'Configuration' dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation. Nous supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''. Vous pouvez encoder un nouveau mot de passe à la quatrièrme ligne de cet écran. Soyez précautionneux en le tapant. Si jamais vous l'oubliez, il est toutefois possible de le réinitialiser en modifiant directement les fichiers de configuration. Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sur votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''). Sur un système Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=527 2012-04-10T15:43:09Z

<p>FranckTheeten: /* Vérifiez votre Installation */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le Guide du Débutant [[BeginnersGuide|Beginner’s Guide]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine à la base de données à publier - soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est de 2.5 Python (en fait la dernière sous-version stable de la branche 2.5: 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le bib site Web (par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous faites l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier Program Files par défaut. En effet à cet endroit le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur et permettre au modne extérieur de voir vos fichiers de configuration (qui incluent des mots de passe). Ainsi si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre server est ''d:\biocase\www' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache. Si vous installer BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utlisez IIS vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le répertoire physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'), utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier .cgi and .py avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez aussi aussi ajouter ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmons de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du logiciel utilisé pour la base de données à publier et des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes), qui indique également si cette librairie est présente sur le système et, si ou, dans quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dite sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien le répertoire Subversion d'où vous êtes partis. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos don&quot;nes sur le Web) – ainsi si vous n'envisagez pas de l'utiliser il n'est pas nécessaire de l'installer. Sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> Néanmoins, Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de donénes . Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais à celui de l'environnement Python; mais néanmoins le BPS peut vous guider dans leur installation. Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données MySQL, cliquez sur le lien pour télécharger le module MySQL, trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]] actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les pramètres du BPS. A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la magde Configuration dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation (nosu supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''). A la quatrième ligne, vous pouvez encoder un nouveau mot de passe. Soyez précautionneux en le tapant (si jamais vous l'oubliez, il est toujours possible de le réintialiser en modifiant directement le fichier de configuration). Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sut votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''), sous Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier qui pose problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=526 2012-04-10T15:42:36Z

<p>FranckTheeten: /* Vérifiez votre Installation */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le Guide du Débutant [[BeginnersGuide|Beginner’s Guide]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine à la base de données à publier - soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est de 2.5 Python (en fait la dernière sous-version stable de la branche 2.5: 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le bib site Web (par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous faites l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier Program Files par défaut. En effet à cet endroit le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur et permettre au modne extérieur de voir vos fichiers de configuration (qui incluent des mots de passe). Ainsi si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre server est ''d:\biocase\www' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache. Si vous installer BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utlisez IIS vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le répertoire physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'), utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier .cgi and .py avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez aussi aussi ajouter ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmons de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du logiciel utilisé pour la base de données à publier et des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes), qui indique également si cette librairie est présente sur le système et, si ou, dans quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dite sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien le répertoire Subversion d'où vous êtes partis. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos don&quot;nes sur le Web) – ainsi si vous n'envisagez pas de l'utiliser il n'est pas nécessaire de l'installer. Sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> Néanmoins, Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de donénes . Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais à celui de l'environnement Python; mais néanmoins le BPS peut vous guider dans leur installation. Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données MySQL, cliquez sur le lien pour télécharger le module MySQL, trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]] actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les pramètres du BPS. A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la magde Configuration dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation (nosu supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''). A la quatrième ligne, vous pouvez encoder un nouveau mot de passe. Soyez précautionneux en le tapant (si jamais vous l'oubliez, il est toujours possible de le réintialiser en modifiant directement le fichier de configuration). Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sut votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''), sous Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Tapez ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Si ce n'est pas le cas, le chemin vers le fichier posent problème sera montré. Veuillez vous assurer que Python et/ou Apache peuvent écrire sur ce fichier. Par par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' <br /> &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=525 2012-04-10T15:41:30Z

<p>FranckTheeten: /* Vérifiez votre Installation */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le Guide du Débutant [[BeginnersGuide|Beginner’s Guide]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine à la base de données à publier - soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est de 2.5 Python (en fait la dernière sous-version stable de la branche 2.5: 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le bib site Web (par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous faites l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier Program Files par défaut. En effet à cet endroit le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur et permettre au modne extérieur de voir vos fichiers de configuration (qui incluent des mots de passe). Ainsi si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre server est ''d:\biocase\www' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache. Si vous installer BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utlisez IIS vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le répertoire physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'), utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier .cgi and .py avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez aussi aussi ajouter ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmons de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du logiciel utilisé pour la base de données à publier et des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes), qui indique également si cette librairie est présente sur le système et, si ou, dans quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dite sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien le répertoire Subversion d'où vous êtes partis. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos don&quot;nes sur le Web) – ainsi si vous n'envisagez pas de l'utiliser il n'est pas nécessaire de l'installer. Sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> Néanmoins, Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de donénes . Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais à celui de l'environnement Python; mais néanmoins le BPS peut vous guider dans leur installation. Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données MySQL, cliquez sur le lien pour télécharger le module MySQL, trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]] actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les pramètres du BPS. A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la magde Configuration dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation (nosu supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''). A la quatrième ligne, vous pouvez encoder un nouveau mot de passe. Soyez précautionneux en le tapant (si jamais vous l'oubliez, il est toujours possible de le réintialiser en modifiant directement le fichier de configuration). Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sut votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''), sous Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connexion à une base de données), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Taper ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modifiables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les 'Logs' (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Sinon, le chemin vers le fichier posent problème sera montré –. Veuillez vous assurer que Python et.ou Apache peuvent écrire sur ce fichier (par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utilisateur appelé 'www-data' &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;).<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=524 2012-04-10T15:41:01Z

<p>FranckTheeten: /* Exécution du script d&#039;installation */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le Guide du Débutant [[BeginnersGuide|Beginner’s Guide]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine à la base de données à publier - soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est de 2.5 Python (en fait la dernière sous-version stable de la branche 2.5: 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le bib site Web (par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous faites l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier Program Files par défaut. En effet à cet endroit le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python figurant dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur et permettre au modne extérieur de voir vos fichiers de configuration (qui incluent des mots de passe). Ainsi si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre server est ''d:\biocase\www' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache. Si vous installer BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utlisez IIS vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le répertoire physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'), utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier .cgi and .py avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez aussi aussi ajouter ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmons de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du logiciel utilisé pour la base de données à publier et des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes), qui indique également si cette librairie est présente sur le système et, si ou, dans quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dite sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien le répertoire Subversion d'où vous êtes partis. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos don&quot;nes sur le Web) – ainsi si vous n'envisagez pas de l'utiliser il n'est pas nécessaire de l'installer. Sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> Néanmoins, Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de donénes . Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais à celui de l'environnement Python; mais néanmoins le BPS peut vous guider dans leur installation. Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données MySQL, cliquez sur le lien pour télécharger le module MySQL, trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]] actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les pramètres du BPS. A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la magde Configuration dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation (nosu supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''). A la quatrième ligne, vous pouvez encoder un nouveau mot de passe. Soyez précautionneux en le tapant (si jamais vous l'oubliez, il est toujours possible de le réintialiser en modifiant directement le fichier de configuration). Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sut votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''), sous Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connection à une base de donénes), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Taper ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modificables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les Logs (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Sinon, le chemin vers le fichier posent problème sera montré –. Veuillez vous assurer que Python et.ou Apache peuvent écrire sur ce fichier (par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utlsiateur appelé 'www-data' &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;).<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=523 2012-04-10T15:40:36Z

<p>FranckTheeten: /* Exécution du script d&#039;installation */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le Guide du Débutant [[BeginnersGuide|Beginner’s Guide]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine à la base de données à publier - soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est de 2.5 Python (en fait la dernière sous-version stable de la branche 2.5: 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le bib site Web (par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous faites l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier Program Files par défaut. En effet à cet endroit le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Ci dessous un exemple sous DOs pour Windows, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python donnée dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur et permettre au modne extérieur de voir vos fichiers de configuration (qui incluent des mots de passe). Ainsi si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre server est ''d:\biocase\www' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache. Si vous installer BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utlisez IIS vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le répertoire physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'), utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier .cgi and .py avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez aussi aussi ajouter ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmons de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du logiciel utilisé pour la base de données à publier et des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes), qui indique également si cette librairie est présente sur le système et, si ou, dans quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dite sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien le répertoire Subversion d'où vous êtes partis. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos don&quot;nes sur le Web) – ainsi si vous n'envisagez pas de l'utiliser il n'est pas nécessaire de l'installer. Sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> Néanmoins, Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de donénes . Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais à celui de l'environnement Python; mais néanmoins le BPS peut vous guider dans leur installation. Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données MySQL, cliquez sur le lien pour télécharger le module MySQL, trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]] actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les pramètres du BPS. A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la magde Configuration dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation (nosu supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''). A la quatrième ligne, vous pouvez encoder un nouveau mot de passe. Soyez précautionneux en le tapant (si jamais vous l'oubliez, il est toujours possible de le réintialiser en modifiant directement le fichier de configuration). Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sut votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''), sous Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connection à une base de donénes), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Taper ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modificables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les Logs (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Sinon, le chemin vers le fichier posent problème sera montré –. Veuillez vous assurer que Python et.ou Apache peuvent écrire sur ce fichier (par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utlsiateur appelé 'www-data' &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;).<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=522 2012-04-10T15:39:49Z

<p>FranckTheeten: /* Exécution du script d&#039;installation */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le Guide du Débutant [[BeginnersGuide|Beginner’s Guide]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine à la base de données à publier - soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est de 2.5 Python (en fait la dernière sous-version stable de la branche 2.5: 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le bib site Web (par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous faites l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier Program Files par défaut. En effet à cet endroit le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement ''D:\\biocase'' tapez &lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt; Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> <br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Exemple sous Windows et DOS, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python donnée dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur et permettre au modne extérieur de voir vos fichiers de configuration (qui incluent des mots de passe). Ainsi si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre server est ''d:\biocase\www' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache. Si vous installer BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utlisez IIS vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le répertoire physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'), utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier .cgi and .py avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez aussi aussi ajouter ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmons de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du logiciel utilisé pour la base de données à publier et des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes), qui indique également si cette librairie est présente sur le système et, si ou, dans quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dite sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien le répertoire Subversion d'où vous êtes partis. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos don&quot;nes sur le Web) – ainsi si vous n'envisagez pas de l'utiliser il n'est pas nécessaire de l'installer. Sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> Néanmoins, Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de donénes . Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais à celui de l'environnement Python; mais néanmoins le BPS peut vous guider dans leur installation. Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données MySQL, cliquez sur le lien pour télécharger le module MySQL, trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]] actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les pramètres du BPS. A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la magde Configuration dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation (nosu supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''). A la quatrième ligne, vous pouvez encoder un nouveau mot de passe. Soyez précautionneux en le tapant (si jamais vous l'oubliez, il est toujours possible de le réintialiser en modifiant directement le fichier de configuration). Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sut votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''), sous Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connection à une base de donénes), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Taper ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modificables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les Logs (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Sinon, le chemin vers le fichier posent problème sera montré –. Veuillez vous assurer que Python et.ou Apache peuvent écrire sur ce fichier (par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utlsiateur appelé 'www-data' &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;).<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=Installation_(French)&diff=521 2012-04-10T15:39:14Z

<p>FranckTheeten: /* Exécution du script d&#039;installation */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> Cette partie du Wiki explique comment installer le logiciel fournisseur de données BioCASe (‘BioCASe Provider Software’ aussi appelé &quot;BPS&quot;). Cela devrait prendre entre 15 et 60 minutes en fonction de votre degré de familiarité avec Python et Apache. Si vous êtes un débutant, veuillez lire le Guide du Débutant [[BeginnersGuide|Beginner’s Guide]] en premier lieu.<br /> <br /> == Prérequis ==<br /> Avant de commencer l’installation, assurez-vous que le système sur lequel vous avez l'intention d'installer le BPS remplit les conditions suivantes:<br /> <br /> # Vous avez des privilèges d'administrateur sur cette machine, c'est à dire les droits d'utilisateur pour installer de nouveaux logiciels.<br /> # Il est accessible de l'extérieur de votre établissement. Cela signifie qu'il doit soit être à l'extérieur d'un pare-feu institutionnel ou que, plus probablement, le port HTTP pour un accès Web est ouvert pour un pare-feu existant [note : il n’est pas nécessaire de satisfaire cette condition si vous installez BioCASe a des fins de test ou sur votre propre ordinateur pour vous entraîner individuellement].<br /> # Une connexion directe peut être établie à partir de cette machine à la base de données à publier - soit parce qu'il n'y a pas de pare-feu entre les deux, ou bien que le port utilisé par le SGBD est ouvert (par exemple 3306 pour MySQL, 5432 pour PostGres, 1433 pour Microsoft SQL Server). Si le logiciel BioCASe est installé sur la même machine que le serveur de base de données, le pare-feu n’a normalement pas à être ouvert.<br /> <br /> Si une de ces conditions n'est pas remplie, veuillez contacter votre administrateur système pour de l'aide, lisez la [[FAQ]] ou [[Special:Contact|prenez contact avec l'équipe BioCASe]].<br /> <br /> == Installation de Apache / IIS et Python ==<br /> Si vous utilisez un système Linux, vous n'avez probablement pas besoin d'installer ces logiciels, car Apache et Python sont généralement préinstallés. Il en va de même pour MacOS X, mais vous devriez malgré tout jeter un oeil aux discussions et à la documentations accessible sur le web pour obtenir plus d'information sur les emplacements de fichiers dans le système.<br /> <br /> Même si le provider fonctionne avec Apache et Internet Information Server (IIS) de Microsoft , nous vous recommandons d'utiliser Apache, qui est beaucoup plus facile à configurer. Toutefois, si vous utilisez déjà IIS, vous souhaitez peut-être le conserver. Les versions d'Apache recommandées sont 2.0 et 2.2.<br /> <br /> Le BPS nécessite la version 2.5 de Python afin de fonctionner. Même s’il peut fonctionner également avec les versions 2.6 et 2.7, la version recommandée est de 2.5 Python (en fait la dernière sous-version stable de la branche 2.5: 2.5+). Pour les versions ultérieures, les librairies nécessaires pour la connexion du BPS à la base de données utilisé ne sont peut être pas encore disponible. Vous pouvez aller à la [http://ww3.bgbm.org/biocase/utilities/testlibs.cgi page de test des librairies de l'installation du Musée et Jardin Botanique de Berlin] pour vous procurer le paquet d'installation du driver de votre base de données, et vérifier sa disponibilité pour de nouvelles versions de Python sur le bib site Web (par exemple, la bibliothèque 4SuiteXML utilisée pour l'exécution de l’interface de requête locale est actuellement uniquement disponibles pour Python 2.5). Soit dit en passant: vous pouvez installer plusieurs versions différentes de Python sur la même machine sans conflits.<br /> <br /> Si vous faites l’installation sur un ordinateur Windows Vista ou Windows 7, nous vous recommandons de ne pas installer Apache dans le dossier Program Files par défaut. En effet à cet endroit le serveur Apache a un comportement imprévisible qui peut vous causer des ennuis lors de la modification de fichiers de configuration. Il suffit de choisir un autre chemin (par exemple C:\\Apache22 ou D:\\Apache22) pour parer à cet inconvénient.<br /> <br /> Dès que vous avez installé avec succès Apache et Python, vous pouvez procéder à l'étape suivante.<br /> <br /> == Téléchargement du logiciel fournisseur ==<br /> <br /> Vous pouvez télécharger le BPS soit comme une archive zippée g-ou directement à partir du Subversion du BGBM (Subversion ou SVN est un logiciel qui permet à plusieurs programmeurs de travailler en parallèles sur le même code, il facilite aussi l'archivage des versions du code et la documentation des changements en les stockant sur un réseau). La première option est la plus facile si vous n'êtes pas familier avec Subversion. Avec la deuxième option, il sera plus facile de mettre à jour votre installation ultérieurement. Si vous n'avez jamais utilisé Subversion avant et ne prévoyez pas de mise à jour régulière de votre installation, choisissez l'archive. Mais si vous prévoyez de mettre en place une installation de production, qui devrait être mise à jour, vous devriez opter plutôt pour le dépôt Subversion.<br /> <br /> === Téléchargement du fichier d'archive ===<br /> Il suffit de télécharger l'archive à partir de la partie [http://www.biocase.org/products/provider_software Téléchargement] du site BioCASe et de décompresser le contenu du dossier de destination.<br /> <br /> === Téléchargement à partir du dépôt Subversion ===<br /> <br /> Si vous utilisez Windows, vous devez installer un client Subversion premier (vous pouvez essayer [http://tortoisesvn.net Tortoise], qui est livré avec une jolie interface très commode). Linux et MacOS contiennent habituellement un client Subversion préinstallé.<br /> <br /> L'URL de la dernière version stable est http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable, que nous vous recommandons d'utiliser. La mise à jour de votre installation avec la dernière version BPS est alors facile, et revient à exécuter la commande « update » de Subversion. Si vous voulez télécharger une version définie, l'URL serait (exemple dans le cas de la version 2.6.0) http://ww2.biocase.org/svn/bps2/tags/release_2.6.0 .<br /> <br /> Pour télécharger le BPS avec le client Subversion en ligne de commande (pré-installé sur Linux / MacOS), allez simplement au répertoire sur lequel vous voulez décompressez l’archive et introduisez : &lt;pre&gt;svn co http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable biocase&lt;/pre&gt; <br /> <br /> Vous vous connectez alors au serveur du Jardin et Musée Botanique de Berlin avec un accès anonyme et télécharger tous les fichiers du sous-répertoire ''biocase''. Dans le cas où vous utilisez Tortoise sous Windows, faites ub clic-droit sur le répertoire de destination dans l'explorateur Windows et choisissez «&lt;small&gt;Checkout&lt;/small&gt;». Introduisez l'URL (http://ww2.biocase.org/svn/bps2/branches/stable), changez le nom du dossier de destination sur votre machine pour qu’il soit significatif et facilement reconnaissable par vous et appuyez sur OK:<br /> <br /> [[image:instTortoiseMenu.png|180px]][[image:instTortoiseDialog.png|450px]]<br /> <br /> Nous supposerons dans la suite de cette explication que vous avez installé le logiciel BPS dans un dossier nommé BioCASe, qui devrait ressembler à ceci maintenant:<br /> <br /> [[image:instBiocaseFolder.png|480px]]<br /> <br /> == Exécution du script d'installation ==<br /> <br /> Le script d'installation va paramétrer les fichiers de configuration avec les valeurs que vous lui fournissez (en fonction de votre installayion) et lier les fichiers de script à votre installation de Python. Vous pouvez ré-exécuter le script de configuration dans le cas où vous modifiez l’emplacement d’Apache, Python ou du logiciel BioCASe lui-même sur votre ordinateur. Si vous souhaitez modifier ou corriger l'un des paramètres que vous avez déclarés pendant l'installation, vous pouvez également changer les valeurs en relançant à nouveau le script d’installation.<br /> <br /> Pour exécuter le script, ouvrez une fenêtre de terminal (appelée «invite de commande&quot;, &quot;commandes MS-DOS&quot; ou encore &quot;command prompt&quot; en anglais dans Windows) à laquelle vous pouvez accéder sur Windows via le sous-menu « accessoire » du menu général, ou bien en tapant «cmd» dans le menu « exécuter ». Changez le répertoire de travail vers le dossier que vous avez téléchargé le BPS P Oar exemple si votre provider est installé à l'emplacement tapez ''D:\\biocase''&lt;pre&gt;D:&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;cd D://biocase&lt;/pre&gt;. Tapez ensuite:&lt;pre&gt;python setup.py&lt;/pre&gt;<br /> Si la commande ne marche pas, vous devez peut-être ajouter le nom de chemin complet vers l'exécutable Python pour que la fenêtre d'installation puisse le trouver. <br /> Exemple sous Windows et DOS, en supposant que vous avez installé Python dans sa version 2.5 et dans le répertoire C:\Python25:<br /> &lt;pre&gt;C:\Python25\python.exe setup.py&lt;/pre&gt;<br /> ...adaptez les valeurs en fonction de la situation sur votre ordinateur)<br /> Assurez-vous que la version de Python donnée dans la cinquième ligne de la sortie correspond à celle que vous désirez (sinon ajoutez le chemin complet vers la bonne version de interpréteur comme montré ci-dessous):<br /> <br /> [[image:instSetupScriptStart.png|480px]]<br /> <br /> Les questions posées par le script de configuration proposent des valeurs par défaut. Si vous souhaitez les conserver, il suffit d'appuyer sur &lt;small&gt;Entrée&lt;/small&gt;.<br /> <br /> &lt;strong&gt;Webserver domain:&lt;/strong&gt; Il s'agit du nom de domaine du serveur Web que vous installez sur BioCASE, par exemple, '''http://www.moninstitution.org'''. Vous pouvez conserver la valeur par défaut ''localhost'' tant que vous configurez et testez l'installation localement, mais pour une machine la production réellement accessible par Internet, vous aurez besoin de changer cela dans le nom de domaine correct (ou adresse IP) ultérieurement. <br /> <br /> &lt;strong&gt;Base URL:&lt;/strong&gt; Ce sera la deuxième partie de l'URL de votre installation (l’adresse du site dans le serveur, par exemple ''http://moninstitution.org/monbiocase/'' ). Si vous gardez la valeur par défaut, votre installation sera accessible plus tard à ''www.myinstitution.org/biocase''. Ce paramètre correspond à une option des paramètres Apache.<br /> <br /> Après avoir répondu à ces deux questions, le script mettra à jour vos fichiers. À la fin de la sortie que vous pouvez trouver les lignes dont vous aurez besoin plus tard pour créer le lien entre BioCASe et votre serveur web. Il ne faut donc pas fermer la fenêtre!<br /> <br /> [[image:instSetupScriptDone.png|480px]]<br /> <br /> == Configurer votre serveur Web pour BioCASe ==<br /> <br /> Les fichiers et programmes visibles publiquement depuis le Web sont placés dans le sous-répertoire '''www''' de votre installation BioCASe et doivent être configurés sur votre serveur pour un accès en lecture depuis l'extérieur. Vous devriez toujours configurer cela à l'aide d'un répertoire virtuel: c'est à dire que vous ne devez pas installer BioCASe à la racine de votre serveur Web (par exemple sur '/var/www' sur Ubuntu). Sinon vous pouvez compromettre la confidentialité de votre serveur et permettre au modne extérieur de voir vos fichiers de configuration (qui incluent des mots de passe). Ainsi si vous avez installé BioCASe sur ''d:\biocase'', le répertoire que vous devez déclarer comme répertoire virtuel dans la configuration de votre server est ''d:\biocase\www' et sera accessible par Internet via ''http://www.moninstitution.org/biocase''. <br /> <br /> === Apache ===<br /> Si vous utilisez Apache, l'ajout du répertoire BioCASe dans votre environnement se fait simplement en copiant les directives affichées à la fin du script d'installation dans le fichier de configuration d'Apache (''httpd.conf'' dans le cas de la plupart des installations sur Windows). Ce fichier est le plus souvent situé dans le sous-répertoire ''conf'' de votre installation d'Apache. Si vous installer BioCASe sur un serveur qui est déjà utilisé pour publier des sites webs, veuillez en informer l'administrateur avant de modifier ce fichier! <br /> <br /> [[image:instHttpdConf.png|480px]] <br /> <br /> Sauvez le fichier et redémarrez Apache pour mettre en vigueur les modifications (sous Windows ce redémarrage est souvent possible via l'interface graphique de votre Apache ou du package WAMP que vous avez installés, sous Linux via une commande Shell, comme sous Ubuntu&lt;pre&gt;sudo /etc/init.d/apache2 force-reload&lt;/pre&gt; .<br /> <br /> === Internet Information Server (IIS) ===<br /> <br /> Si vous utlisez IIS vous devez créer d'abord un répertoire virtuel pour le répertoire physique ''c:\biocase\www'' en utilisant l'outil ''IIS Server Manager''. Allouez tous les droits pour ce répertoire ('Read', 'Write', 'Script Execution', 'Directory listing'), utilisez le bouton &lt;small&gt;Configure&lt;/small&gt; sur l'onglet ''virtual directory'' et associez finalement les extensions de fichier .cgi and .py avec le chemin de votre fichier exécutable Python. Vous devriez aussi aussi ajouter ''index.html'' à la des documents par défaut (&lt;small&gt;Virtual Directory &gt; Properties &gt; Documents &gt; Default&lt;/small&gt;).<br /> <br /> Nous savons que configurer d'une manière générale Python pour IIS est souvent fastidieux. On trouve néanmons de bonnes explications sur le web, par exemple:<br /> * http://www.ecp.cc/pyiis.html<br /> * http://support.microsoft.com/kb/276494<br /> * http://python.markrowsoft.com/iiswse.asp<br /> <br /> Dès que vous avez terminé, vous pouvez tester votre installation de BioCASe en ouvrant un navigateur et en allant sur ''http://localhost/biocase'' (replacez ''localhost'' par le domaine sur laquelle vous avez installé BioCASe si vous ne travaillez pas localement). Vous devriez alors voir la page d'accueil du BPS:<br /> <br /> [[image:instBiocaseStartpage.png|500px]]<br /> <br /> == Installer les paquets additionnels Python ==<br /> <br /> Avant de pouvoir configurer votre installation, vous devez installer des extensions, en fonction du logiciel utilisé pour la base de données à publier et des fonctionnalités du BPS que vous souhaitez utiliser.<br /> <br /> Sur la page d'accueil du BPS, cliquez sur &lt;small&gt;Utilities&lt;/small&gt;, puis &lt;small&gt;library test&lt;/small&gt; pour naviguer sur la page permettant de tester la librairie (paquet de programmes), qui indique également si cette librairie est présente sur le système et, si ou, dans quelle version. Sur une installation neuve, vous devriez voir un écran similaire à celui-ci:<br /> <br /> [[image:instLibrariesVanilla.png|450px]]<br /> <br /> Les librairies spécifiques à BioCASe proprement dite sont déjà inclues dans le fichier d'archive que vous avez installé ou bien le répertoire Subversion d'où vous êtes partis. La librairie '4SuiteXML' est le nécessaire pour Local Query Tool (une interface de recherche pré-configurées qui vous permet d'accéder à vos don&quot;nes sur le Web) – ainsi si vous n'envisagez pas de l'utiliser il n'est pas nécessaire de l'installer. Sinon cliquez sur le lien 'Download', trouvez le fichier d'installation qui convient à votre système d'exploitation et installez 4SuiteXML à partir du fichier téléchargé.<br /> <br /> Néanmoins, Pour chaque type de base de données (SGBDR ou Système Gestionnaire be base de données Relationnelle dans le jargon), vous devrez installer le package ou driver Python correspondant. Ce driver permet à un programme Python de se connecter à une base de donénes . Il doit être installé et configuré non pas au niveau de BioCASe, mais à celui de l'environnement Python; mais néanmoins le BPS peut vous guider dans leur installation. Si votre collection est par exemple stockée dans une base de données MySQL, cliquez sur le lien pour télécharger le module MySQL, trouvez le fichier d'installation qui correspond à votre version de Python et à votre système d'exploitation et faites l'installation. Une fois l'installation achevée, rechargez la page de test des libraires dans votre navigateur. La ligne de la liste qui correspond au driver devrait passer de l'orange pour 'non installé' à une indication verte mentionnant la version de la libraire. Répétez cette opérations si vous devez connecter d'autres types de base de données.<br /> <br /> La librairie &quot;Graphviz&quot; figurant parmi les librairies extérieures optionnelles est utilisée par le BPS pour créer une représentation graphique du modèle de donénes de votre bases de données dans la partie du site web utilisée pour enregistrer les tables (plus d'information sur cela dans [[DatasourceSetup#Setting_up_the_Database_Structure|Table Setup]] actuellement en anglais). Si votre modèle de données est très simple (c'est à dire, si la structure de votre BDD ne contient pas plus de 3 ou 4 tables), il n'est sans doute pas nécessire d'installer Graphviz. Dans le cas contraire nous vous recommandons l'installation : cliquez simplement sur le lien 'Download link', trouvez le fichier d'installation adéquat, et faites comme mentionné plus haut pour les autres librairies.<br /> <br /> == Changer le mot de passe par défaut ==<br /> <br /> L'outil de configuration ('configuration tool' en anglais) est une interface web qui vous permet de configurer presque tous les pramètres du BPS. A la fin de la procédure de configuration, vous devriez changer le mot de passe.<br /> <br /> Retournez à l'écran d'accueil du BPS (cliquez sur &lt;small&gt;Start&lt;/small&gt; au sommet de la page, ou allez sur ''http://localhost/biocase'' si le serveur est sur votre machine), choisissez &lt;small&gt;Config Tool&lt;/small&gt;, cliquez alors sur &lt;small&gt;System Administration&lt;/small&gt;. L'interface vous demandera alors un mot de passe. Tapez le mot de passe par défaut ''ACDC'', cliquez finalement sur &lt;small&gt;Submit&lt;/small&gt;.<br /> <br /> Vous serez alors redirigés vers la magde Configuration dont la partie supérieure devrait ressembler à:<br /> <br /> [[image:instConfigTool.png|500px]]<br /> <br /> Dans les deux premières lignes, vous verrez les valeurs que vous avez entrer en exécutant le fichier d'installation (nosu supposons ici que vous avez laissé les valeurs par défaut ''localhost'' et ''biocase''). A la quatrième ligne, vous pouvez encoder un nouveau mot de passe. Soyez précautionneux en le tapant (si jamais vous l'oubliez, il est toujours possible de le réintialiser en modifiant directement le fichier de configuration). Appuyez sur &lt;small&gt;Update config&lt;/small&gt; pour sauvegarder le nouveau mot de passe dans les fichiers de configuration. <br /> <br /> Si vous avez installé Graphviz, vous devrez préciser au BPS l'emplacement des fichiers binaires, car Graphviz n'est pas une librairie Python enregistrée directement au niveau de la configuration globale de Python. Pour ce faire, localisez l'emplacement de Graphviz sut votre disque dur et entrez le chemin de l'exécutable dans la zone de texte marquée par &lt;small&gt;Graphviz dot binary&lt;/small&gt;. Sur des machines Linux elle devrait être similaire à l'emplacement par défaut (''/usr/local/bin/dot''), sous Windows ce sera probablement quelque chose comme ''C:\Program Files\Graphviz2.26.3\bin\dot.exe''. Pressez &lt;small&gt;update config&lt;/small&gt; pour sauver ce chemin.<br /> <br /> == Vérifiez votre Installation ==<br /> <br /> Avant de passer à l'étape suivante (configuration d'une connection à une base de donénes), vous devriez vous assurer que tout est installé correctement:<br /> <br /> # Taper ''http://localhost/biocase'' (ou bien le nom de domaine et l'adresse qui correspond à votre installation) vous mène à la page d'acceuil du logiciel BioCASe (comme décrit à la section [[#Configurer_votre_serveur_Web_pour_BioCASe|#Configurer votre serveur Web pour BioCASe]]).<br /> # La page de test des librairies (&lt;small&gt;Utilities &gt; library test&lt;/small&gt;) mentionne que vous avez installé les paquets ou drivers pour votre BDD, 4SuiteXML (si vous souhaitez utiliser le Local Query Tool)et Graphviz Dot (optionnel, voir plis haut).<br /> # &lt;small&gt;Status of writeable directories&lt;/small&gt; ('Statut des répertoires modificables') montre &lt;small&gt;writeable&lt;/small&gt; ('inscriptible') en vert à la fois pour les Logs (fichiers qui enregistrent les opérations sur la machine) et la configuration. Sinon, le chemin vers le fichier posent problème sera montré –. Veuillez vous assurer que Python et.ou Apache peuvent écrire sur ce fichier (par exemple sur Ubuntu où Apache correspond à un compte utlsiateur appelé 'www-data' &lt;pre&gt;sudo chown -R www-data:www-data /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;&lt;pre&gt;sudo chmod -R 755 /var/www/biocase/log /var/www/biocase/config&lt;/pre&gt;).<br /> <br /> Supposons, par exemple, que vous avez choisi d'utiliser BioCASe en combinaison avec deux bases de données, l'une en PostgreSQL et l'autre en Microsoft Access (pour laquelle il faut une connexion via la librairie ODBC) et que vous ne souhaitez pas utiliser le Query Tool, la page de vérification des librairies devrait alors ressembler à cela:<br /> <br /> <br /> [[image:instLibrariesDone.png|450px]]</div>

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<p>FranckTheeten: /* Support */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> == Qu'est ce que le Logiciel Fournisseur de données BioCASe? ==<br /> <br /> Le logiciel fournisseur de données BioCASe (abrégé '''BPS'' pour '''BioCASe Provider Software''' en anglais ) est un middleware, c'est à dire un logiciel situéà une position intermédiaire entre une base de données et une interface graphique. Il produit des données en XML, afin de les publier sur un réseau d'information scientifique. Après l'installation de BioCASe et sa configuration pour un type de base de données particulier, l'information publiée sera accessible sous la forme d'un web service de type BioCASe. Cela veut dire que l'information pourra être interrogée et recherchée avec des requêtes au format BioCASe, car BioCASe désigne également un protocole XML pour envoyer des messages à un web service. L'intérêt de ce type de logiciel est qu'il est &quot;agnostique&quot; par rapport au modèle de données de la base de données d'origine, c'est à dire que les requêtes envoyées au web services n'ont pas besoin de connaître la structure de la base de données pour fonctionner. Il peut être également utilisé avec n'importe quel type de schéma conceptuel de données en XML.<br /> <br /> Le BPS est un ensemble d'outils qui doivent être installée sur un serveur Web installé chez le fournisseur de données. Son composant central est le '''PyWrapper''', une interface XML/CGI, écrite en Python, pour se connecter à des bases de données . Il permet un accès standardisé (c'est à dire via des procédures uniformes qui peuvent être ainsi partagée par tous les acteurs d'un réseau d'information) à une large gamme de systèmes de base de données dont la structure est arbitraire (c'est à dire définie par le fournisseur de données seul). Un certain nombre d'outils est réuni autour du BPS pour configurer, tester et débugger une installation ou un web service BioCASe.<br /> <br /> Même si BioCASe peut être utilisé avec n'importe quel schéma conceptuel défini en XML, son domaine de prédilection est la publication de données d'occurrence provenant de bases de données contenant des spécimens ou des observations sur des réseaux d'information primaire sur la biodiversité, comme le [http://www.biocase.org réseau BioCASe] et le [http://www.gbif.org GBIF (Global Biodiversity Information Facility)].<br /> <br /> == Prérequis pour utiliser le BPS ==<br /> <br /> Avant d'utiliser le logiciel fournisseur de données BioCASe, trois conditions doivent être vérifiées:<br /> <br /> * D'une part, les données à publier doivent être stockées dans une système gestionnaires de base de données relationnelles (parfois abrégé '''SGBDR''' ou '''RDBMS''' en anglais) compatible avec le langage '''SQL'''. Son modèle de données doit être bien documenté, ou, au minimum, présent à l'esprit d'un gestionnaire de données. Les bases de données non compatibles avec SQL ne sont pas supportées par BioCASe. Actuellement, le logiciel peut se connecter au bases de données suivantes: Microsoft Access, Microsoft SQL Server, MySQL, Postgres, Oracle, Foxpro, Sybase, 4D, DB2, Firebird.<br /> <br /> * Pour installer BioCASe, vous devez avoir un logiciel de serveur Web (Apache ou Microsoft IIS) accessible en permanence depuis l'Internet. Cela peut être le serveur d'une institution académique ou scientifique, ou un service d'hébergement. Il est parfois pénible dans ce second cas d'obtenir les droits d'installation auprès d'un service d'hébergement. Une connexion commutée peer to peer ou 'Dial-up' ne fonctionnera pas. Notez qu'il est tout à fait possible d'installer un serveur Internet sur votre propre machine, isolé du reste de l'Internet, et de faire fonctionner BioCASe dessus à des fins d'entraînement, de formation ou de développement, . Il sera alors accessible localement pour l'ordinateur seul (via le nom http://localhost ou l'adresse IP réservée 127.0.0.1)<br /> <br /> * Vous devez avoir la possibilité d'installer Python sur le serveur web en question (si jamais ce n'est pas le cas) ainsi que des librairies ou paquets complémentaires Python. Cela peut être effectué relativement facilement par un informaticien ou quelqu'un ayant de bonnes connaissances techniques, mais assurez vous que cela ne pose pas problèmes par rapport aux procédures et règles techniques qui pourraient être en vigueur dans votre institution.<br /> <br /> == Etapes ==<br /> <br /> Une fois que vous vous êtes assurez que le BioCASe Provider Software est un choix pertinent pour vos besoins ([[Special:Contact|contactez l'équipe BioCASe]] si vous souhaitez plus d'information avant de prendre une décision), vous devez exécuter les étapes suivantes:<br /> <br /> # Pensez à l'information que vous souhaitez publier sur le réseau. Cela implique d'avoir réfléchi et répondu à la question de la propriété des données et des termes d'utilisation, licences, copyright et restrictions dans l'utilisation qui s'appliquent à leur publication. Vous devriez aussi vous demander si certaines information ne devraient '''pas''' être publiées car cela pourrait avoir une conséquence sur des espèces menacées. une solution possible est de soustraire certaines occurrence du jeu de données publier, ou de rendre moins précise une information exacte sur la localité d'observation.<br /> # Préparez la base de données comme décrit dans le tutoriel [[Preparation]]. C'est à cette étape que doit être prise la décision de publier soit directement la base de données principale qui est utilisée pour les mises à jour, soit un 'snapshot' (c'est à dire une copie de tout ou une partie des données prise à un moment précis), de créer une table de métadonnées (informations sur la base de données elle-même) et, dans certains cas, de transformer la présentation des données.<br /> # Suivez le tutoriel d'[[Installation_(French)|Installation]] pour installer le Fournisseur de données BioCASe.<br /> # Configurez un jeu de données BioCASe viale logiciel et connectez-le à votre base de données. Configurez alors le jeu de données comme décrit dans le tutoriel [[DatasourceSetup]].<br /> # Suivez le tutoriel [[ABCD2Mapping| ABCD2Mapping (pour l'instant en anglais)]] pour créer un mapping (un mapping est une correspondance entre la structure de votre bases de données et un schéma XML) pour le schéma de données (par exemple DarwinCore ou ABCD) que vous voulez utiliser.<br /> # Testez et débuggez votre web service BioCASe. Lisez le tutoriel [[Debugging]] pour plus d'informations à ce sujet.<br /> # Quand vous avez terminé avec l'installation et la configuration du BioCASE Provider Software, vous pouvez enregistrer le web service BioCASe auprès du réseau sur lequel vous souhaitez publier vos données, par exemple le [http://www.gbif.org GBIF]. Nous vous recommandons de contacter l'[[Special:Contact|équipe BioCASe]] pour vérifier au préalable votre web service. Ils pourront alors diagnostiquer lors de cette étape préalable des problèmes éventuels qui seraient plus compliqués à résoudre après l'enregistrement à un réseau.<br /> <br /> == Support ==<br /> En cas de difficultés lors de l'installation et de la configuration, vous devriez:<br /> * jeter un œil sur le [[FAQ]] qui contient peut-être une réponse à votre question<br /> * demander l'aide au staff technique d'un projet lié à BioCASe (comme CABIN ou OpenUp!)<br /> * demander l'aide d'autres utilisateurs de BioCASe <br /> * contacter l'[[Special:Contact|équipe BioCASe]](qui est plutôt anglophone mais peut si nécessaire transmettre des questions en français à des techniciens francophones).<br /> <br /> Décrivez le plus précisément possible votre environnement (système d'exploitation et système de bases de données utlisés), l'étape où le problème apparaît, et tous les messages d'erreurs ou informations techniques retourné par le logiciel. Il est recommandé d'envoyer des '''copies d'écran''' à vos interlocuteurs pour faciliter l'identification du problème.</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=BeginnersGuide_(French)&diff=519 2012-04-10T15:38:11Z

<p>FranckTheeten: /* Support */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> == Qu'est ce que le Logiciel Fournisseur de données BioCASe? ==<br /> <br /> Le logiciel fournisseur de données BioCASe (abrégé '''BPS'' pour '''BioCASe Provider Software''' en anglais ) est un middleware, c'est à dire un logiciel situéà une position intermédiaire entre une base de données et une interface graphique. Il produit des données en XML, afin de les publier sur un réseau d'information scientifique. Après l'installation de BioCASe et sa configuration pour un type de base de données particulier, l'information publiée sera accessible sous la forme d'un web service de type BioCASe. Cela veut dire que l'information pourra être interrogée et recherchée avec des requêtes au format BioCASe, car BioCASe désigne également un protocole XML pour envoyer des messages à un web service. L'intérêt de ce type de logiciel est qu'il est &quot;agnostique&quot; par rapport au modèle de données de la base de données d'origine, c'est à dire que les requêtes envoyées au web services n'ont pas besoin de connaître la structure de la base de données pour fonctionner. Il peut être également utilisé avec n'importe quel type de schéma conceptuel de données en XML.<br /> <br /> Le BPS est un ensemble d'outils qui doivent être installée sur un serveur Web installé chez le fournisseur de données. Son composant central est le '''PyWrapper''', une interface XML/CGI, écrite en Python, pour se connecter à des bases de données . Il permet un accès standardisé (c'est à dire via des procédures uniformes qui peuvent être ainsi partagée par tous les acteurs d'un réseau d'information) à une large gamme de systèmes de base de données dont la structure est arbitraire (c'est à dire définie par le fournisseur de données seul). Un certain nombre d'outils est réuni autour du BPS pour configurer, tester et débugger une installation ou un web service BioCASe.<br /> <br /> Même si BioCASe peut être utilisé avec n'importe quel schéma conceptuel défini en XML, son domaine de prédilection est la publication de données d'occurrence provenant de bases de données contenant des spécimens ou des observations sur des réseaux d'information primaire sur la biodiversité, comme le [http://www.biocase.org réseau BioCASe] et le [http://www.gbif.org GBIF (Global Biodiversity Information Facility)].<br /> <br /> == Prérequis pour utiliser le BPS ==<br /> <br /> Avant d'utiliser le logiciel fournisseur de données BioCASe, trois conditions doivent être vérifiées:<br /> <br /> * D'une part, les données à publier doivent être stockées dans une système gestionnaires de base de données relationnelles (parfois abrégé '''SGBDR''' ou '''RDBMS''' en anglais) compatible avec le langage '''SQL'''. Son modèle de données doit être bien documenté, ou, au minimum, présent à l'esprit d'un gestionnaire de données. Les bases de données non compatibles avec SQL ne sont pas supportées par BioCASe. Actuellement, le logiciel peut se connecter au bases de données suivantes: Microsoft Access, Microsoft SQL Server, MySQL, Postgres, Oracle, Foxpro, Sybase, 4D, DB2, Firebird.<br /> <br /> * Pour installer BioCASe, vous devez avoir un logiciel de serveur Web (Apache ou Microsoft IIS) accessible en permanence depuis l'Internet. Cela peut être le serveur d'une institution académique ou scientifique, ou un service d'hébergement. Il est parfois pénible dans ce second cas d'obtenir les droits d'installation auprès d'un service d'hébergement. Une connexion commutée peer to peer ou 'Dial-up' ne fonctionnera pas. Notez qu'il est tout à fait possible d'installer un serveur Internet sur votre propre machine, isolé du reste de l'Internet, et de faire fonctionner BioCASe dessus à des fins d'entraînement, de formation ou de développement, . Il sera alors accessible localement pour l'ordinateur seul (via le nom http://localhost ou l'adresse IP réservée 127.0.0.1)<br /> <br /> * Vous devez avoir la possibilité d'installer Python sur le serveur web en question (si jamais ce n'est pas le cas) ainsi que des librairies ou paquets complémentaires Python. Cela peut être effectué relativement facilement par un informaticien ou quelqu'un ayant de bonnes connaissances techniques, mais assurez vous que cela ne pose pas problèmes par rapport aux procédures et règles techniques qui pourraient être en vigueur dans votre institution.<br /> <br /> == Etapes ==<br /> <br /> Une fois que vous vous êtes assurez que le BioCASe Provider Software est un choix pertinent pour vos besoins ([[Special:Contact|contactez l'équipe BioCASe]] si vous souhaitez plus d'information avant de prendre une décision), vous devez exécuter les étapes suivantes:<br /> <br /> # Pensez à l'information que vous souhaitez publier sur le réseau. Cela implique d'avoir réfléchi et répondu à la question de la propriété des données et des termes d'utilisation, licences, copyright et restrictions dans l'utilisation qui s'appliquent à leur publication. Vous devriez aussi vous demander si certaines information ne devraient '''pas''' être publiées car cela pourrait avoir une conséquence sur des espèces menacées. une solution possible est de soustraire certaines occurrence du jeu de données publier, ou de rendre moins précise une information exacte sur la localité d'observation.<br /> # Préparez la base de données comme décrit dans le tutoriel [[Preparation]]. C'est à cette étape que doit être prise la décision de publier soit directement la base de données principale qui est utilisée pour les mises à jour, soit un 'snapshot' (c'est à dire une copie de tout ou une partie des données prise à un moment précis), de créer une table de métadonnées (informations sur la base de données elle-même) et, dans certains cas, de transformer la présentation des données.<br /> # Suivez le tutoriel d'[[Installation_(French)|Installation]] pour installer le Fournisseur de données BioCASe.<br /> # Configurez un jeu de données BioCASe viale logiciel et connectez-le à votre base de données. Configurez alors le jeu de données comme décrit dans le tutoriel [[DatasourceSetup]].<br /> # Suivez le tutoriel [[ABCD2Mapping| ABCD2Mapping (pour l'instant en anglais)]] pour créer un mapping (un mapping est une correspondance entre la structure de votre bases de données et un schéma XML) pour le schéma de données (par exemple DarwinCore ou ABCD) que vous voulez utiliser.<br /> # Testez et débuggez votre web service BioCASe. Lisez le tutoriel [[Debugging]] pour plus d'informations à ce sujet.<br /> # Quand vous avez terminé avec l'installation et la configuration du BioCASE Provider Software, vous pouvez enregistrer le web service BioCASe auprès du réseau sur lequel vous souhaitez publier vos données, par exemple le [http://www.gbif.org GBIF]. Nous vous recommandons de contacter l'[[Special:Contact|équipe BioCASe]] pour vérifier au préalable votre web service. Ils pourront alors diagnostiquer lors de cette étape préalable des problèmes éventuels qui seraient plus compliqués à résoudre après l'enregistrement à un réseau.<br /> <br /> == Support ==<br /> En cas de difficultés lors de l'installation et de la configuration, vous devriez:<br /> * jeter un œil sur le [[FAQ]] qui contient peut-être une réponse à votre question<br /> * demander l'aide au staff technique d'un projet lié à BioCASe (comme CABIN ou OpenUp!)<br /> * demander l'aide d'autres utilisateurs de BioCASe <br /> * contacter l'[[Special:Contact|équipe BioCASe]](qui est plutôt anglophone mais peut si nécessaire transmettre des questions en français à des techniciens francophones).<br /> <br /> Décrivez le plus précisément possible votre environnement (système d'exploitation et système de bases de données utlisés), l'étape où le problème apparaît, et tous les messages d'erreurs ou informations techniques retourné par le logiciel. Il est recommandé d'envoyer des '''copies d'écran''' à vos interlocuteurs pour faciltier l'identification du problème.</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=BeginnersGuide_(French)&diff=518 2012-04-10T15:36:48Z

<p>FranckTheeten: /* Support */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> == Qu'est ce que le Logiciel Fournisseur de données BioCASe? ==<br /> <br /> Le logiciel fournisseur de données BioCASe (abrégé '''BPS'' pour '''BioCASe Provider Software''' en anglais ) est un middleware, c'est à dire un logiciel situéà une position intermédiaire entre une base de données et une interface graphique. Il produit des données en XML, afin de les publier sur un réseau d'information scientifique. Après l'installation de BioCASe et sa configuration pour un type de base de données particulier, l'information publiée sera accessible sous la forme d'un web service de type BioCASe. Cela veut dire que l'information pourra être interrogée et recherchée avec des requêtes au format BioCASe, car BioCASe désigne également un protocole XML pour envoyer des messages à un web service. L'intérêt de ce type de logiciel est qu'il est &quot;agnostique&quot; par rapport au modèle de données de la base de données d'origine, c'est à dire que les requêtes envoyées au web services n'ont pas besoin de connaître la structure de la base de données pour fonctionner. Il peut être également utilisé avec n'importe quel type de schéma conceptuel de données en XML.<br /> <br /> Le BPS est un ensemble d'outils qui doivent être installée sur un serveur Web installé chez le fournisseur de données. Son composant central est le '''PyWrapper''', une interface XML/CGI, écrite en Python, pour se connecter à des bases de données . Il permet un accès standardisé (c'est à dire via des procédures uniformes qui peuvent être ainsi partagée par tous les acteurs d'un réseau d'information) à une large gamme de systèmes de base de données dont la structure est arbitraire (c'est à dire définie par le fournisseur de données seul). Un certain nombre d'outils est réuni autour du BPS pour configurer, tester et débugger une installation ou un web service BioCASe.<br /> <br /> Même si BioCASe peut être utilisé avec n'importe quel schéma conceptuel défini en XML, son domaine de prédilection est la publication de données d'occurrence provenant de bases de données contenant des spécimens ou des observations sur des réseaux d'information primaire sur la biodiversité, comme le [http://www.biocase.org réseau BioCASe] et le [http://www.gbif.org GBIF (Global Biodiversity Information Facility)].<br /> <br /> == Prérequis pour utiliser le BPS ==<br /> <br /> Avant d'utiliser le logiciel fournisseur de données BioCASe, trois conditions doivent être vérifiées:<br /> <br /> * D'une part, les données à publier doivent être stockées dans une système gestionnaires de base de données relationnelles (parfois abrégé '''SGBDR''' ou '''RDBMS''' en anglais) compatible avec le langage '''SQL'''. Son modèle de données doit être bien documenté, ou, au minimum, présent à l'esprit d'un gestionnaire de données. Les bases de données non compatibles avec SQL ne sont pas supportées par BioCASe. Actuellement, le logiciel peut se connecter au bases de données suivantes: Microsoft Access, Microsoft SQL Server, MySQL, Postgres, Oracle, Foxpro, Sybase, 4D, DB2, Firebird.<br /> <br /> * Pour installer BioCASe, vous devez avoir un logiciel de serveur Web (Apache ou Microsoft IIS) accessible en permanence depuis l'Internet. Cela peut être le serveur d'une institution académique ou scientifique, ou un service d'hébergement. Il est parfois pénible dans ce second cas d'obtenir les droits d'installation auprès d'un service d'hébergement. Une connexion commutée peer to peer ou 'Dial-up' ne fonctionnera pas. Notez qu'il est tout à fait possible d'installer un serveur Internet sur votre propre machine, isolé du reste de l'Internet, et de faire fonctionner BioCASe dessus à des fins d'entraînement, de formation ou de développement, . Il sera alors accessible localement pour l'ordinateur seul (via le nom http://localhost ou l'adresse IP réservée 127.0.0.1)<br /> <br /> * Vous devez avoir la possibilité d'installer Python sur le serveur web en question (si jamais ce n'est pas le cas) ainsi que des librairies ou paquets complémentaires Python. Cela peut être effectué relativement facilement par un informaticien ou quelqu'un ayant de bonnes connaissances techniques, mais assurez vous que cela ne pose pas problèmes par rapport aux procédures et règles techniques qui pourraient être en vigueur dans votre institution.<br /> <br /> == Etapes ==<br /> <br /> Une fois que vous vous êtes assurez que le BioCASe Provider Software est un choix pertinent pour vos besoins ([[Special:Contact|contactez l'équipe BioCASe]] si vous souhaitez plus d'information avant de prendre une décision), vous devez exécuter les étapes suivantes:<br /> <br /> # Pensez à l'information que vous souhaitez publier sur le réseau. Cela implique d'avoir réfléchi et répondu à la question de la propriété des données et des termes d'utilisation, licences, copyright et restrictions dans l'utilisation qui s'appliquent à leur publication. Vous devriez aussi vous demander si certaines information ne devraient '''pas''' être publiées car cela pourrait avoir une conséquence sur des espèces menacées. une solution possible est de soustraire certaines occurrence du jeu de données publier, ou de rendre moins précise une information exacte sur la localité d'observation.<br /> # Préparez la base de données comme décrit dans le tutoriel [[Preparation]]. C'est à cette étape que doit être prise la décision de publier soit directement la base de données principale qui est utilisée pour les mises à jour, soit un 'snapshot' (c'est à dire une copie de tout ou une partie des données prise à un moment précis), de créer une table de métadonnées (informations sur la base de données elle-même) et, dans certains cas, de transformer la présentation des données.<br /> # Suivez le tutoriel d'[[Installation_(French)|Installation]] pour installer le Fournisseur de données BioCASe.<br /> # Configurez un jeu de données BioCASe viale logiciel et connectez-le à votre base de données. Configurez alors le jeu de données comme décrit dans le tutoriel [[DatasourceSetup]].<br /> # Suivez le tutoriel [[ABCD2Mapping| ABCD2Mapping (pour l'instant en anglais)]] pour créer un mapping (un mapping est une correspondance entre la structure de votre bases de données et un schéma XML) pour le schéma de données (par exemple DarwinCore ou ABCD) que vous voulez utiliser.<br /> # Testez et débuggez votre web service BioCASe. Lisez le tutoriel [[Debugging]] pour plus d'informations à ce sujet.<br /> # Quand vous avez terminé avec l'installation et la configuration du BioCASE Provider Software, vous pouvez enregistrer le web service BioCASe auprès du réseau sur lequel vous souhaitez publier vos données, par exemple le [http://www.gbif.org GBIF]. Nous vous recommandons de contacter l'[[Special:Contact|équipe BioCASe]] pour vérifier au préalable votre web service. Ils pourront alors diagnostiquer lors de cette étape préalable des problèmes éventuels qui seraient plus compliqués à résoudre après l'enregistrement à un réseau.<br /> <br /> == Support ==<br /> En cas de difficultés lors de l'installation et de la configuration, vous devriez:<br /> * jeter un œil sur le [[FAQ]] qui contient peut-être une réponse à votre question<br /> * demander l'aide au staff technique d'un projet lié à BioCASe (comme CABIN ou OpenUp!)<br /> * demander l'aide d'autres utilisateurs de BioCASe <br /> * contacter l'[[Special:Contact|BioCASe team]], qui est plutôt anglophone.<br /> Décrivez le plus précisément possible votre environnement (système d'exploitation et système de bases de données utlisés), l'étape où le problème apparaît, et tous les messages d'erreurs ou informations techniques retourné par le logiciel. Il est recommendé d'envoyer des copies d'écran à vos interlocuteurs pour ce type de problème.</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=BeginnersGuide_(French)&diff=517 2012-04-10T15:36:36Z

<p>FranckTheeten: /* Support */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> == Qu'est ce que le Logiciel Fournisseur de données BioCASe? ==<br /> <br /> Le logiciel fournisseur de données BioCASe (abrégé '''BPS'' pour '''BioCASe Provider Software''' en anglais ) est un middleware, c'est à dire un logiciel situéà une position intermédiaire entre une base de données et une interface graphique. Il produit des données en XML, afin de les publier sur un réseau d'information scientifique. Après l'installation de BioCASe et sa configuration pour un type de base de données particulier, l'information publiée sera accessible sous la forme d'un web service de type BioCASe. Cela veut dire que l'information pourra être interrogée et recherchée avec des requêtes au format BioCASe, car BioCASe désigne également un protocole XML pour envoyer des messages à un web service. L'intérêt de ce type de logiciel est qu'il est &quot;agnostique&quot; par rapport au modèle de données de la base de données d'origine, c'est à dire que les requêtes envoyées au web services n'ont pas besoin de connaître la structure de la base de données pour fonctionner. Il peut être également utilisé avec n'importe quel type de schéma conceptuel de données en XML.<br /> <br /> Le BPS est un ensemble d'outils qui doivent être installée sur un serveur Web installé chez le fournisseur de données. Son composant central est le '''PyWrapper''', une interface XML/CGI, écrite en Python, pour se connecter à des bases de données . Il permet un accès standardisé (c'est à dire via des procédures uniformes qui peuvent être ainsi partagée par tous les acteurs d'un réseau d'information) à une large gamme de systèmes de base de données dont la structure est arbitraire (c'est à dire définie par le fournisseur de données seul). Un certain nombre d'outils est réuni autour du BPS pour configurer, tester et débugger une installation ou un web service BioCASe.<br /> <br /> Même si BioCASe peut être utilisé avec n'importe quel schéma conceptuel défini en XML, son domaine de prédilection est la publication de données d'occurrence provenant de bases de données contenant des spécimens ou des observations sur des réseaux d'information primaire sur la biodiversité, comme le [http://www.biocase.org réseau BioCASe] et le [http://www.gbif.org GBIF (Global Biodiversity Information Facility)].<br /> <br /> == Prérequis pour utiliser le BPS ==<br /> <br /> Avant d'utiliser le logiciel fournisseur de données BioCASe, trois conditions doivent être vérifiées:<br /> <br /> * D'une part, les données à publier doivent être stockées dans une système gestionnaires de base de données relationnelles (parfois abrégé '''SGBDR''' ou '''RDBMS''' en anglais) compatible avec le langage '''SQL'''. Son modèle de données doit être bien documenté, ou, au minimum, présent à l'esprit d'un gestionnaire de données. Les bases de données non compatibles avec SQL ne sont pas supportées par BioCASe. Actuellement, le logiciel peut se connecter au bases de données suivantes: Microsoft Access, Microsoft SQL Server, MySQL, Postgres, Oracle, Foxpro, Sybase, 4D, DB2, Firebird.<br /> <br /> * Pour installer BioCASe, vous devez avoir un logiciel de serveur Web (Apache ou Microsoft IIS) accessible en permanence depuis l'Internet. Cela peut être le serveur d'une institution académique ou scientifique, ou un service d'hébergement. Il est parfois pénible dans ce second cas d'obtenir les droits d'installation auprès d'un service d'hébergement. Une connexion commutée peer to peer ou 'Dial-up' ne fonctionnera pas. Notez qu'il est tout à fait possible d'installer un serveur Internet sur votre propre machine, isolé du reste de l'Internet, et de faire fonctionner BioCASe dessus à des fins d'entraînement, de formation ou de développement, . Il sera alors accessible localement pour l'ordinateur seul (via le nom http://localhost ou l'adresse IP réservée 127.0.0.1)<br /> <br /> * Vous devez avoir la possibilité d'installer Python sur le serveur web en question (si jamais ce n'est pas le cas) ainsi que des librairies ou paquets complémentaires Python. Cela peut être effectué relativement facilement par un informaticien ou quelqu'un ayant de bonnes connaissances techniques, mais assurez vous que cela ne pose pas problèmes par rapport aux procédures et règles techniques qui pourraient être en vigueur dans votre institution.<br /> <br /> == Etapes ==<br /> <br /> Une fois que vous vous êtes assurez que le BioCASe Provider Software est un choix pertinent pour vos besoins ([[Special:Contact|contactez l'équipe BioCASe]] si vous souhaitez plus d'information avant de prendre une décision), vous devez exécuter les étapes suivantes:<br /> <br /> # Pensez à l'information que vous souhaitez publier sur le réseau. Cela implique d'avoir réfléchi et répondu à la question de la propriété des données et des termes d'utilisation, licences, copyright et restrictions dans l'utilisation qui s'appliquent à leur publication. Vous devriez aussi vous demander si certaines information ne devraient '''pas''' être publiées car cela pourrait avoir une conséquence sur des espèces menacées. une solution possible est de soustraire certaines occurrence du jeu de données publier, ou de rendre moins précise une information exacte sur la localité d'observation.<br /> # Préparez la base de données comme décrit dans le tutoriel [[Preparation]]. C'est à cette étape que doit être prise la décision de publier soit directement la base de données principale qui est utilisée pour les mises à jour, soit un 'snapshot' (c'est à dire une copie de tout ou une partie des données prise à un moment précis), de créer une table de métadonnées (informations sur la base de données elle-même) et, dans certains cas, de transformer la présentation des données.<br /> # Suivez le tutoriel d'[[Installation_(French)|Installation]] pour installer le Fournisseur de données BioCASe.<br /> # Configurez un jeu de données BioCASe viale logiciel et connectez-le à votre base de données. Configurez alors le jeu de données comme décrit dans le tutoriel [[DatasourceSetup]].<br /> # Suivez le tutoriel [[ABCD2Mapping| ABCD2Mapping (pour l'instant en anglais)]] pour créer un mapping (un mapping est une correspondance entre la structure de votre bases de données et un schéma XML) pour le schéma de données (par exemple DarwinCore ou ABCD) que vous voulez utiliser.<br /> # Testez et débuggez votre web service BioCASe. Lisez le tutoriel [[Debugging]] pour plus d'informations à ce sujet.<br /> # Quand vous avez terminé avec l'installation et la configuration du BioCASE Provider Software, vous pouvez enregistrer le web service BioCASe auprès du réseau sur lequel vous souhaitez publier vos données, par exemple le [http://www.gbif.org GBIF]. Nous vous recommandons de contacter l'[[Special:Contact|équipe BioCASe]] pour vérifier au préalable votre web service. Ils pourront alors diagnostiquer lors de cette étape préalable des problèmes éventuels qui seraient plus compliqués à résoudre après l'enregistrement à un réseau.<br /> <br /> == Support ==<br /> En cas de difficultés lors de l'installation et de la configuration, vous devriez:<br /> * jeter un oeil sur le [[FAQ]] qui contient peut-être une réponse à votre question<br /> * demander l'aide au staff technique d'un projet lié à BioCASe (comme CABIN ou OpenUp!)<br /> * demander l'aide d'autres utilisateurs de BioCASe <br /> * contacter l'[[Special:Contact|BioCASe team]], qui est plutôt anglophone.<br /> Décrivez le plus précisément possible votre environnement (système d'exploitation et système de bases de données utlisés), l'étape où le problème apparaît, et tous les messages d'erreurs ou informations techniques retourné par le logiciel. Il est recommendé d'envoyer des copies d'écran à vos interlocuteurs pour ce type de problème.</div>

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<p>FranckTheeten: /* Etapes */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> == Qu'est ce que le Logiciel Fournisseur de données BioCASe? ==<br /> <br /> Le logiciel fournisseur de données BioCASe (abrégé '''BPS'' pour '''BioCASe Provider Software''' en anglais ) est un middleware, c'est à dire un logiciel situéà une position intermédiaire entre une base de données et une interface graphique. Il produit des données en XML, afin de les publier sur un réseau d'information scientifique. Après l'installation de BioCASe et sa configuration pour un type de base de données particulier, l'information publiée sera accessible sous la forme d'un web service de type BioCASe. Cela veut dire que l'information pourra être interrogée et recherchée avec des requêtes au format BioCASe, car BioCASe désigne également un protocole XML pour envoyer des messages à un web service. L'intérêt de ce type de logiciel est qu'il est &quot;agnostique&quot; par rapport au modèle de données de la base de données d'origine, c'est à dire que les requêtes envoyées au web services n'ont pas besoin de connaître la structure de la base de données pour fonctionner. Il peut être également utilisé avec n'importe quel type de schéma conceptuel de données en XML.<br /> <br /> Le BPS est un ensemble d'outils qui doivent être installée sur un serveur Web installé chez le fournisseur de données. Son composant central est le '''PyWrapper''', une interface XML/CGI, écrite en Python, pour se connecter à des bases de données . Il permet un accès standardisé (c'est à dire via des procédures uniformes qui peuvent être ainsi partagée par tous les acteurs d'un réseau d'information) à une large gamme de systèmes de base de données dont la structure est arbitraire (c'est à dire définie par le fournisseur de données seul). Un certain nombre d'outils est réuni autour du BPS pour configurer, tester et débugger une installation ou un web service BioCASe.<br /> <br /> Même si BioCASe peut être utilisé avec n'importe quel schéma conceptuel défini en XML, son domaine de prédilection est la publication de données d'occurrence provenant de bases de données contenant des spécimens ou des observations sur des réseaux d'information primaire sur la biodiversité, comme le [http://www.biocase.org réseau BioCASe] et le [http://www.gbif.org GBIF (Global Biodiversity Information Facility)].<br /> <br /> == Prérequis pour utiliser le BPS ==<br /> <br /> Avant d'utiliser le logiciel fournisseur de données BioCASe, trois conditions doivent être vérifiées:<br /> <br /> * D'une part, les données à publier doivent être stockées dans une système gestionnaires de base de données relationnelles (parfois abrégé '''SGBDR''' ou '''RDBMS''' en anglais) compatible avec le langage '''SQL'''. Son modèle de données doit être bien documenté, ou, au minimum, présent à l'esprit d'un gestionnaire de données. Les bases de données non compatibles avec SQL ne sont pas supportées par BioCASe. Actuellement, le logiciel peut se connecter au bases de données suivantes: Microsoft Access, Microsoft SQL Server, MySQL, Postgres, Oracle, Foxpro, Sybase, 4D, DB2, Firebird.<br /> <br /> * Pour installer BioCASe, vous devez avoir un logiciel de serveur Web (Apache ou Microsoft IIS) accessible en permanence depuis l'Internet. Cela peut être le serveur d'une institution académique ou scientifique, ou un service d'hébergement. Il est parfois pénible dans ce second cas d'obtenir les droits d'installation auprès d'un service d'hébergement. Une connexion commutée peer to peer ou 'Dial-up' ne fonctionnera pas. Notez qu'il est tout à fait possible d'installer un serveur Internet sur votre propre machine, isolé du reste de l'Internet, et de faire fonctionner BioCASe dessus à des fins d'entraînement, de formation ou de développement, . Il sera alors accessible localement pour l'ordinateur seul (via le nom http://localhost ou l'adresse IP réservée 127.0.0.1)<br /> <br /> * Vous devez avoir la possibilité d'installer Python sur le serveur web en question (si jamais ce n'est pas le cas) ainsi que des librairies ou paquets complémentaires Python. Cela peut être effectué relativement facilement par un informaticien ou quelqu'un ayant de bonnes connaissances techniques, mais assurez vous que cela ne pose pas problèmes par rapport aux procédures et règles techniques qui pourraient être en vigueur dans votre institution.<br /> <br /> == Etapes ==<br /> <br /> Une fois que vous vous êtes assurez que le BioCASe Provider Software est un choix pertinent pour vos besoins ([[Special:Contact|contactez l'équipe BioCASe]] si vous souhaitez plus d'information avant de prendre une décision), vous devez exécuter les étapes suivantes:<br /> <br /> # Pensez à l'information que vous souhaitez publier sur le réseau. Cela implique d'avoir réfléchi et répondu à la question de la propriété des données et des termes d'utilisation, licences, copyright et restrictions dans l'utilisation qui s'appliquent à leur publication. Vous devriez aussi vous demander si certaines information ne devraient '''pas''' être publiées car cela pourrait avoir une conséquence sur des espèces menacées. une solution possible est de soustraire certaines occurrence du jeu de données publier, ou de rendre moins précise une information exacte sur la localité d'observation.<br /> # Préparez la base de données comme décrit dans le tutoriel [[Preparation]]. C'est à cette étape que doit être prise la décision de publier soit directement la base de données principale qui est utilisée pour les mises à jour, soit un 'snapshot' (c'est à dire une copie de tout ou une partie des données prise à un moment précis), de créer une table de métadonnées (informations sur la base de données elle-même) et, dans certains cas, de transformer la présentation des données.<br /> # Suivez le tutoriel d'[[Installation_(French)|Installation]] pour installer le Fournisseur de données BioCASe.<br /> # Configurez un jeu de données BioCASe viale logiciel et connectez-le à votre base de données. Configurez alors le jeu de données comme décrit dans le tutoriel [[DatasourceSetup]].<br /> # Suivez le tutoriel [[ABCD2Mapping| ABCD2Mapping (pour l'instant en anglais)]] pour créer un mapping (un mapping est une correspondance entre la structure de votre bases de données et un schéma XML) pour le schéma de données (par exemple DarwinCore ou ABCD) que vous voulez utiliser.<br /> # Testez et débuggez votre web service BioCASe. Lisez le tutoriel [[Debugging]] pour plus d'informations à ce sujet.<br /> # Quand vous avez terminé avec l'installation et la configuration du BioCASE Provider Software, vous pouvez enregistrer le web service BioCASe auprès du réseau sur lequel vous souhaitez publier vos données, par exemple le [http://www.gbif.org GBIF]. Nous vous recommandons de contacter l'[[Special:Contact|équipe BioCASe]] pour vérifier au préalable votre web service. Ils pourront alors diagnostiquer lors de cette étape préalable des problèmes éventuels qui seraient plus compliqués à résoudre après l'enregistrement à un réseau.<br /> <br /> == Support ==<br /> En cas de difficultés lors de l'installation et de la configuration, sous devriez:<br /> * jeter un oeil sur le [[FAQ]] qui contient peut-être une réponse à votre question<br /> * demander l'aide au staff technique d'un projet lié à BioCASe (comme CABIN ou OpenUp!)<br /> * demander l'aide d'autres utilisateurs de BioCASe <br /> * contacter l'[[Special:Contact|BioCASe team]], qui est plutôt anglophone.<br /> Décrivez le plus précisément possible votre environnement (système d'exploitation et système de bases de données utlisés), l'étape où le problème apparaît, et tous les messages d'erreurs ou informations techniques retourné par le logiciel. Il est recommendé d'envoyer des copies d'écran à vos interlocuteurs pour ce type de problème.</div>

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<p>FranckTheeten: /* Etapes */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> == Qu'est ce que le Logiciel Fournisseur de données BioCASe? ==<br /> <br /> Le logiciel fournisseur de données BioCASe (abrégé '''BPS'' pour '''BioCASe Provider Software''' en anglais ) est un middleware, c'est à dire un logiciel situéà une position intermédiaire entre une base de données et une interface graphique. Il produit des données en XML, afin de les publier sur un réseau d'information scientifique. Après l'installation de BioCASe et sa configuration pour un type de base de données particulier, l'information publiée sera accessible sous la forme d'un web service de type BioCASe. Cela veut dire que l'information pourra être interrogée et recherchée avec des requêtes au format BioCASe, car BioCASe désigne également un protocole XML pour envoyer des messages à un web service. L'intérêt de ce type de logiciel est qu'il est &quot;agnostique&quot; par rapport au modèle de données de la base de données d'origine, c'est à dire que les requêtes envoyées au web services n'ont pas besoin de connaître la structure de la base de données pour fonctionner. Il peut être également utilisé avec n'importe quel type de schéma conceptuel de données en XML.<br /> <br /> Le BPS est un ensemble d'outils qui doivent être installée sur un serveur Web installé chez le fournisseur de données. Son composant central est le '''PyWrapper''', une interface XML/CGI, écrite en Python, pour se connecter à des bases de données . Il permet un accès standardisé (c'est à dire via des procédures uniformes qui peuvent être ainsi partagée par tous les acteurs d'un réseau d'information) à une large gamme de systèmes de base de données dont la structure est arbitraire (c'est à dire définie par le fournisseur de données seul). Un certain nombre d'outils est réuni autour du BPS pour configurer, tester et débugger une installation ou un web service BioCASe.<br /> <br /> Même si BioCASe peut être utilisé avec n'importe quel schéma conceptuel défini en XML, son domaine de prédilection est la publication de données d'occurrence provenant de bases de données contenant des spécimens ou des observations sur des réseaux d'information primaire sur la biodiversité, comme le [http://www.biocase.org réseau BioCASe] et le [http://www.gbif.org GBIF (Global Biodiversity Information Facility)].<br /> <br /> == Prérequis pour utiliser le BPS ==<br /> <br /> Avant d'utiliser le logiciel fournisseur de données BioCASe, trois conditions doivent être vérifiées:<br /> <br /> * D'une part, les données à publier doivent être stockées dans une système gestionnaires de base de données relationnelles (parfois abrégé '''SGBDR''' ou '''RDBMS''' en anglais) compatible avec le langage '''SQL'''. Son modèle de données doit être bien documenté, ou, au minimum, présent à l'esprit d'un gestionnaire de données. Les bases de données non compatibles avec SQL ne sont pas supportées par BioCASe. Actuellement, le logiciel peut se connecter au bases de données suivantes: Microsoft Access, Microsoft SQL Server, MySQL, Postgres, Oracle, Foxpro, Sybase, 4D, DB2, Firebird.<br /> <br /> * Pour installer BioCASe, vous devez avoir un logiciel de serveur Web (Apache ou Microsoft IIS) accessible en permanence depuis l'Internet. Cela peut être le serveur d'une institution académique ou scientifique, ou un service d'hébergement. Il est parfois pénible dans ce second cas d'obtenir les droits d'installation auprès d'un service d'hébergement. Une connexion commutée peer to peer ou 'Dial-up' ne fonctionnera pas. Notez qu'il est tout à fait possible d'installer un serveur Internet sur votre propre machine, isolé du reste de l'Internet, et de faire fonctionner BioCASe dessus à des fins d'entraînement, de formation ou de développement, . Il sera alors accessible localement pour l'ordinateur seul (via le nom http://localhost ou l'adresse IP réservée 127.0.0.1)<br /> <br /> * Vous devez avoir la possibilité d'installer Python sur le serveur web en question (si jamais ce n'est pas le cas) ainsi que des librairies ou paquets complémentaires Python. Cela peut être effectué relativement facilement par un informaticien ou quelqu'un ayant de bonnes connaissances techniques, mais assurez vous que cela ne pose pas problèmes par rapport aux procédures et règles techniques qui pourraient être en vigueur dans votre institution.<br /> <br /> == Etapes ==<br /> <br /> Une fois que vous vous êtes assurez que le BioCASe Provider Software est un choix pertinent pour vos besoins ([[Special:Contact|contactez l'équipe BioCASe]] si vous souhaitez plus d'information avant de prendre une décision), vous devez exécuter les étapes suivantes:<br /> <br /> # Pensez à l'information que vous souhaitez publier sur le réseau. Cela implique d'avoir réfléchi et répondu à la question de la propriété des données et des termes d'utilisation, licences, copyright et restrictions dans l'utilisation qui s'appliquent à leur publication. Vous devriez aussi vous demander si certaines information ne devraient '''pas''' être publiées car cela pourrait avoir une conséquence sur des espèces menacées. une solution possible est de soustraire certaines occurrence du jeu de données publier, ou de rendre moins précise une information exacte sur la localité d'observation.<br /> # Préparez la base de données comme décrit dans le tutoriel [[Preparation]]. C'est à cette étape que doit être prise la décision de publier soit directement la base de données principale qui est utilisée pour les mises à jour, soit un 'snapshot' (c'est à dire une copie de tout ou une partie des données prise à un moment précis), de créer une table de métadonnées (informations sur la base de données elle-même) et, dans certains cas, de transformer la présentation des données.<br /> # Suivez le tutoriel d'[[Installation_(French)|Installation]] pour installer le Fournisseur de données BioCASe.<br /> # Configurez un jeu de données BioCASe viale logiciel et connectez-le à votre base de données. Configurez alors le jeu de données comme décrit dans le tutoriel [[DatasourceSetup]].<br /> # Suivez le tutoriel [[ABCD2Mapping| ABCD2Mapping (pour l'instant en anglais)]] pour créer un mapping (un mapping est une correspondance entre la structure de votre bases de données et un schéma XML) pour le schéma de données (par exemple DarwinCore ou ABCD) que vous voulez utiliser.<br /> # Testez et débuggez votre web service BioCASe. Lisez le tutoriel [[Debugging]] pour plus d'informations à ce sujet.<br /> # Quand vous avez terminé avec l'installation et la configuration du BioCASE Provider Software, vous pouvez enregistrer le wen service BioCASe auprès du réseau sur lequel vous souhaitez publiser vos données, par exemple le [http://www.gbif.org GBIF]. Nous vous recommandons de contacter l'[[Special:Contact|équipe BioCASe]] pour vérifier au préalable votre web service nous pourrons alors diagnistiquer des problèmes plus compliqué à résoudre après cet enregistrement.<br /> <br /> == Support ==<br /> En cas de difficultés lors de l'installation et de la configuration, sous devriez:<br /> * jeter un oeil sur le [[FAQ]] qui contient peut-être une réponse à votre question<br /> * demander l'aide au staff technique d'un projet lié à BioCASe (comme CABIN ou OpenUp!)<br /> * demander l'aide d'autres utilisateurs de BioCASe <br /> * contacter l'[[Special:Contact|BioCASe team]], qui est plutôt anglophone.<br /> Décrivez le plus précisément possible votre environnement (système d'exploitation et système de bases de données utlisés), l'étape où le problème apparaît, et tous les messages d'erreurs ou informations techniques retourné par le logiciel. Il est recommendé d'envoyer des copies d'écran à vos interlocuteurs pour ce type de problème.</div>

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<p>FranckTheeten: /* Etapes */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> == Qu'est ce que le Logiciel Fournisseur de données BioCASe? ==<br /> <br /> Le logiciel fournisseur de données BioCASe (abrégé '''BPS'' pour '''BioCASe Provider Software''' en anglais ) est un middleware, c'est à dire un logiciel situéà une position intermédiaire entre une base de données et une interface graphique. Il produit des données en XML, afin de les publier sur un réseau d'information scientifique. Après l'installation de BioCASe et sa configuration pour un type de base de données particulier, l'information publiée sera accessible sous la forme d'un web service de type BioCASe. Cela veut dire que l'information pourra être interrogée et recherchée avec des requêtes au format BioCASe, car BioCASe désigne également un protocole XML pour envoyer des messages à un web service. L'intérêt de ce type de logiciel est qu'il est &quot;agnostique&quot; par rapport au modèle de données de la base de données d'origine, c'est à dire que les requêtes envoyées au web services n'ont pas besoin de connaître la structure de la base de données pour fonctionner. Il peut être également utilisé avec n'importe quel type de schéma conceptuel de données en XML.<br /> <br /> Le BPS est un ensemble d'outils qui doivent être installée sur un serveur Web installé chez le fournisseur de données. Son composant central est le '''PyWrapper''', une interface XML/CGI, écrite en Python, pour se connecter à des bases de données . Il permet un accès standardisé (c'est à dire via des procédures uniformes qui peuvent être ainsi partagée par tous les acteurs d'un réseau d'information) à une large gamme de systèmes de base de données dont la structure est arbitraire (c'est à dire définie par le fournisseur de données seul). Un certain nombre d'outils est réuni autour du BPS pour configurer, tester et débugger une installation ou un web service BioCASe.<br /> <br /> Même si BioCASe peut être utilisé avec n'importe quel schéma conceptuel défini en XML, son domaine de prédilection est la publication de données d'occurrence provenant de bases de données contenant des spécimens ou des observations sur des réseaux d'information primaire sur la biodiversité, comme le [http://www.biocase.org réseau BioCASe] et le [http://www.gbif.org GBIF (Global Biodiversity Information Facility)].<br /> <br /> == Prérequis pour utiliser le BPS ==<br /> <br /> Avant d'utiliser le logiciel fournisseur de données BioCASe, trois conditions doivent être vérifiées:<br /> <br /> * D'une part, les données à publier doivent être stockées dans une système gestionnaires de base de données relationnelles (parfois abrégé '''SGBDR''' ou '''RDBMS''' en anglais) compatible avec le langage '''SQL'''. Son modèle de données doit être bien documenté, ou, au minimum, présent à l'esprit d'un gestionnaire de données. Les bases de données non compatibles avec SQL ne sont pas supportées par BioCASe. Actuellement, le logiciel peut se connecter au bases de données suivantes: Microsoft Access, Microsoft SQL Server, MySQL, Postgres, Oracle, Foxpro, Sybase, 4D, DB2, Firebird.<br /> <br /> * Pour installer BioCASe, vous devez avoir un logiciel de serveur Web (Apache ou Microsoft IIS) accessible en permanence depuis l'Internet. Cela peut être le serveur d'une institution académique ou scientifique, ou un service d'hébergement. Il est parfois pénible dans ce second cas d'obtenir les droits d'installation auprès d'un service d'hébergement. Une connexion commutée peer to peer ou 'Dial-up' ne fonctionnera pas. Notez qu'il est tout à fait possible d'installer un serveur Internet sur votre propre machine, isolé du reste de l'Internet, et de faire fonctionner BioCASe dessus à des fins d'entraînement, de formation ou de développement, . Il sera alors accessible localement pour l'ordinateur seul (via le nom http://localhost ou l'adresse IP réservée 127.0.0.1)<br /> <br /> * Vous devez avoir la possibilité d'installer Python sur le serveur web en question (si jamais ce n'est pas le cas) ainsi que des librairies ou paquets complémentaires Python. Cela peut être effectué relativement facilement par un informaticien ou quelqu'un ayant de bonnes connaissances techniques, mais assurez vous que cela ne pose pas problèmes par rapport aux procédures et règles techniques qui pourraient être en vigueur dans votre institution.<br /> <br /> == Etapes ==<br /> <br /> Une fois que vous vous êtes assurez que le BioCASe Provider Software est un choix pertinent pour vos besoins ([[Special:Contact|contactez l'équipe BioCASe]] si vous souhaitez plus d'information avant de prendre une décision), vous devez exécuter les étapes suivantes:<br /> <br /> # Pensez à l'information que vous souhaitez publier sur le réseau. Cela implique d'avoir réfléchi et répondu à la question de la propriété des données et des termes d'utilisation, licences, copyright et restrictions dans l'utilisation qui s'appliquent à leur publication. Vous devriez aussi vous demander si certaines information ne devraient '''pas''' être publiées car cela pourrait avoir une conséquence sur des espèces menacées. une solution possible est de soustraire certaines occurrence du jeu de données publier, ou de rendre moins précise une information exacte sur la localité d'observation.<br /> # Préparez la base de données comme décrit dans le tutoriel [[Preparation]]. C'est à cette étape que doit être prise la décision de publier soit directement la base de données principale qui est utilisée pour les mises à jour, soit un 'snapshot' (c'est à dire une copie de tout ou une partie des données prise à un moment précis), de créer une table de métadonnées (informations sur la base de données elle-même) et, dans certains cas, de transformer la présentation des données.<br /> # Suivez le tutoriel d'[[Installation_(French)|Installation]] pour installer le Fournisseur de données BioCASe.<br /> # Configurez un jeu de données BioCASe viale logiciel et connectez-le à votre base de données. Configurez alors le jeu de données comme décrit dans le tutoriel [[DatasourceSetup]].<br /> # Suiviez le tutoriel [[ABCD2Mapping| ABCD2Mapping (pour l'instant en anglais)]] pour créer un mapping (un mapping est une correspondance entre la structure de votre bases de données et un schéma XML) pour le schéma de données (par exemple DarwinCore ou ABCD) que vous voulez utiliser.<br /> # Testez et débuggez votre web service BioCASe. Lisez le tutoriel [[Debugging]] pour plus d'informations à ce sujet.<br /> # Quand vous avez terminé avec l'installation et la configuration du BioCASE Provider Software, vous pouvez enregistrer le wen service BioCASe auprès du réseau sur lequel vous souhaitez publiser vos données, par exemple le [http://www.gbif.org GBIF]. Nous vous recommandons de contacter l'[[Special:Contact|équipe BioCASe]] pour vérifier au préalable votre web service nous pourrons alors diagnistiquer des problèmes plus compliqué à résoudre après cet enregistrement.<br /> <br /> == Support ==<br /> En cas de difficultés lors de l'installation et de la configuration, sous devriez:<br /> * jeter un oeil sur le [[FAQ]] qui contient peut-être une réponse à votre question<br /> * demander l'aide au staff technique d'un projet lié à BioCASe (comme CABIN ou OpenUp!)<br /> * demander l'aide d'autres utilisateurs de BioCASe <br /> * contacter l'[[Special:Contact|BioCASe team]], qui est plutôt anglophone.<br /> Décrivez le plus précisément possible votre environnement (système d'exploitation et système de bases de données utlisés), l'étape où le problème apparaît, et tous les messages d'erreurs ou informations techniques retourné par le logiciel. Il est recommendé d'envoyer des copies d'écran à vos interlocuteurs pour ce type de problème.</div>

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<p>FranckTheeten: /* Etapes */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> == Qu'est ce que le Logiciel Fournisseur de données BioCASe? ==<br /> <br /> Le logiciel fournisseur de données BioCASe (abrégé '''BPS'' pour '''BioCASe Provider Software''' en anglais ) est un middleware, c'est à dire un logiciel situéà une position intermédiaire entre une base de données et une interface graphique. Il produit des données en XML, afin de les publier sur un réseau d'information scientifique. Après l'installation de BioCASe et sa configuration pour un type de base de données particulier, l'information publiée sera accessible sous la forme d'un web service de type BioCASe. Cela veut dire que l'information pourra être interrogée et recherchée avec des requêtes au format BioCASe, car BioCASe désigne également un protocole XML pour envoyer des messages à un web service. L'intérêt de ce type de logiciel est qu'il est &quot;agnostique&quot; par rapport au modèle de données de la base de données d'origine, c'est à dire que les requêtes envoyées au web services n'ont pas besoin de connaître la structure de la base de données pour fonctionner. Il peut être également utilisé avec n'importe quel type de schéma conceptuel de données en XML.<br /> <br /> Le BPS est un ensemble d'outils qui doivent être installée sur un serveur Web installé chez le fournisseur de données. Son composant central est le '''PyWrapper''', une interface XML/CGI, écrite en Python, pour se connecter à des bases de données . Il permet un accès standardisé (c'est à dire via des procédures uniformes qui peuvent être ainsi partagée par tous les acteurs d'un réseau d'information) à une large gamme de systèmes de base de données dont la structure est arbitraire (c'est à dire définie par le fournisseur de données seul). Un certain nombre d'outils est réuni autour du BPS pour configurer, tester et débugger une installation ou un web service BioCASe.<br /> <br /> Même si BioCASe peut être utilisé avec n'importe quel schéma conceptuel défini en XML, son domaine de prédilection est la publication de données d'occurrence provenant de bases de données contenant des spécimens ou des observations sur des réseaux d'information primaire sur la biodiversité, comme le [http://www.biocase.org réseau BioCASe] et le [http://www.gbif.org GBIF (Global Biodiversity Information Facility)].<br /> <br /> == Prérequis pour utiliser le BPS ==<br /> <br /> Avant d'utiliser le logiciel fournisseur de données BioCASe, trois conditions doivent être vérifiées:<br /> <br /> * D'une part, les données à publier doivent être stockées dans une système gestionnaires de base de données relationnelles (parfois abrégé '''SGBDR''' ou '''RDBMS''' en anglais) compatible avec le langage '''SQL'''. Son modèle de données doit être bien documenté, ou, au minimum, présent à l'esprit d'un gestionnaire de données. Les bases de données non compatibles avec SQL ne sont pas supportées par BioCASe. Actuellement, le logiciel peut se connecter au bases de données suivantes: Microsoft Access, Microsoft SQL Server, MySQL, Postgres, Oracle, Foxpro, Sybase, 4D, DB2, Firebird.<br /> <br /> * Pour installer BioCASe, vous devez avoir un logiciel de serveur Web (Apache ou Microsoft IIS) accessible en permanence depuis l'Internet. Cela peut être le serveur d'une institution académique ou scientifique, ou un service d'hébergement. Il est parfois pénible dans ce second cas d'obtenir les droits d'installation auprès d'un service d'hébergement. Une connexion commutée peer to peer ou 'Dial-up' ne fonctionnera pas. Notez qu'il est tout à fait possible d'installer un serveur Internet sur votre propre machine, isolé du reste de l'Internet, et de faire fonctionner BioCASe dessus à des fins d'entraînement, de formation ou de développement, . Il sera alors accessible localement pour l'ordinateur seul (via le nom http://localhost ou l'adresse IP réservée 127.0.0.1)<br /> <br /> * Vous devez avoir la possibilité d'installer Python sur le serveur web en question (si jamais ce n'est pas le cas) ainsi que des librairies ou paquets complémentaires Python. Cela peut être effectué relativement facilement par un informaticien ou quelqu'un ayant de bonnes connaissances techniques, mais assurez vous que cela ne pose pas problèmes par rapport aux procédures et règles techniques qui pourraient être en vigueur dans votre institution.<br /> <br /> == Etapes ==<br /> <br /> Une fois que vous vous êtes assurez que le BioCASe Provider Software est un choix pertinent pour vos besoins ([[Special:Contact|contactez l'équipe BioCASe]] si vous souhaitez plus d'information avant de prendre une décision), vous devez exécuter les étapes suivantes:<br /> <br /> # Pensez à l'information que vous souhaitez publier sur le réseau. Cela implique d'avoir réfléchi et répondu à la question de la propriété des données et des termes d'utilisation, licences, copyright et restrictions dans l'utilisation qui s'appliquent à leur publication. Vous devriez aussi vous demander si certaines information ne devraient '''pas''' être publiées car cela pourrait avoir une conséquence sur des espèces menacées. une solution possible est de soustraire certaines occurrence du jeu de données publier, ou de rendre moins précise une information exacte sur la localité d'observation.<br /> # Préparez la base de données comme décrit dans le tutoriel [[Preparation]]. C'est à cette étape que doit être prise la décision de publier soit directement la base de données principale qui est utilisée pour les mises à jour, soit un 'snapshot' (c'est à dire une copie de tout ou une partie des données prise à un moment précis), de créer une table de métadonnées (informations sur la base de données elle-même) et, dans certains cas, de transformer la présentation des données.<br /> # Suivez le tutoriel d'[[Installation_(French)|Installation]] pour installer le Fournisseur de données BioCASe.<br /> # Configurez un jeu de données BioCASe viale logiciel et connectez-le à votre base de données. Configurez alors le jeu de données comme décrit dans le tutoriel [[DatasourceSetup]].<br /> # Suiviez le tutoriel [[ABCD2Mapping| ABCD2Mapping (pur l'instant en anglais)]] pour créer un mapping (un mapping est une correspondance entre la structure de votre bases de données et un schéma XML) pour le schéma de données (par exemple DarwinCore ou ABCD) que vous voulez utiliser.<br /> # Testez et débuggez votre web service BioCASe. Lisez le tutoriel [[Debugging]] pour plus d'informations à ce sujet.<br /> # Quand vous avez terminé avec l'installation et la configuration du BioCASE Provider Software, vous pouvez enregistrer le wen service BioCASe auprès du réseau sur lequel vous souhaitez publiser vos données, par exemple le [http://www.gbif.org GBIF]. Nous vous recommandons de contacter l'[[Special:Contact|équipe BioCASe]] pour vérifier au préalable votre web service nous pourrons alors diagnistiquer des problèmes plus compliqué à résoudre après cet enregistrement.<br /> <br /> == Support ==<br /> En cas de difficultés lors de l'installation et de la configuration, sous devriez:<br /> * jeter un oeil sur le [[FAQ]] qui contient peut-être une réponse à votre question<br /> * demander l'aide au staff technique d'un projet lié à BioCASe (comme CABIN ou OpenUp!)<br /> * demander l'aide d'autres utilisateurs de BioCASe <br /> * contacter l'[[Special:Contact|BioCASe team]], qui est plutôt anglophone.<br /> Décrivez le plus précisément possible votre environnement (système d'exploitation et système de bases de données utlisés), l'étape où le problème apparaît, et tous les messages d'erreurs ou informations techniques retourné par le logiciel. Il est recommendé d'envoyer des copies d'écran à vos interlocuteurs pour ce type de problème.</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=BeginnersGuide_(French)&diff=512 2012-04-10T15:33:50Z

<p>FranckTheeten: /* Etapes */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> == Qu'est ce que le Logiciel Fournisseur de données BioCASe? ==<br /> <br /> Le logiciel fournisseur de données BioCASe (abrégé '''BPS'' pour '''BioCASe Provider Software''' en anglais ) est un middleware, c'est à dire un logiciel situéà une position intermédiaire entre une base de données et une interface graphique. Il produit des données en XML, afin de les publier sur un réseau d'information scientifique. Après l'installation de BioCASe et sa configuration pour un type de base de données particulier, l'information publiée sera accessible sous la forme d'un web service de type BioCASe. Cela veut dire que l'information pourra être interrogée et recherchée avec des requêtes au format BioCASe, car BioCASe désigne également un protocole XML pour envoyer des messages à un web service. L'intérêt de ce type de logiciel est qu'il est &quot;agnostique&quot; par rapport au modèle de données de la base de données d'origine, c'est à dire que les requêtes envoyées au web services n'ont pas besoin de connaître la structure de la base de données pour fonctionner. Il peut être également utilisé avec n'importe quel type de schéma conceptuel de données en XML.<br /> <br /> Le BPS est un ensemble d'outils qui doivent être installée sur un serveur Web installé chez le fournisseur de données. Son composant central est le '''PyWrapper''', une interface XML/CGI, écrite en Python, pour se connecter à des bases de données . Il permet un accès standardisé (c'est à dire via des procédures uniformes qui peuvent être ainsi partagée par tous les acteurs d'un réseau d'information) à une large gamme de systèmes de base de données dont la structure est arbitraire (c'est à dire définie par le fournisseur de données seul). Un certain nombre d'outils est réuni autour du BPS pour configurer, tester et débugger une installation ou un web service BioCASe.<br /> <br /> Même si BioCASe peut être utilisé avec n'importe quel schéma conceptuel défini en XML, son domaine de prédilection est la publication de données d'occurrence provenant de bases de données contenant des spécimens ou des observations sur des réseaux d'information primaire sur la biodiversité, comme le [http://www.biocase.org réseau BioCASe] et le [http://www.gbif.org GBIF (Global Biodiversity Information Facility)].<br /> <br /> == Prérequis pour utiliser le BPS ==<br /> <br /> Avant d'utiliser le logiciel fournisseur de données BioCASe, trois conditions doivent être vérifiées:<br /> <br /> * D'une part, les données à publier doivent être stockées dans une système gestionnaires de base de données relationnelles (parfois abrégé '''SGBDR''' ou '''RDBMS''' en anglais) compatible avec le langage '''SQL'''. Son modèle de données doit être bien documenté, ou, au minimum, présent à l'esprit d'un gestionnaire de données. Les bases de données non compatibles avec SQL ne sont pas supportées par BioCASe. Actuellement, le logiciel peut se connecter au bases de données suivantes: Microsoft Access, Microsoft SQL Server, MySQL, Postgres, Oracle, Foxpro, Sybase, 4D, DB2, Firebird.<br /> <br /> * Pour installer BioCASe, vous devez avoir un logiciel de serveur Web (Apache ou Microsoft IIS) accessible en permanence depuis l'Internet. Cela peut être le serveur d'une institution académique ou scientifique, ou un service d'hébergement. Il est parfois pénible dans ce second cas d'obtenir les droits d'installation auprès d'un service d'hébergement. Une connexion commutée peer to peer ou 'Dial-up' ne fonctionnera pas. Notez qu'il est tout à fait possible d'installer un serveur Internet sur votre propre machine, isolé du reste de l'Internet, et de faire fonctionner BioCASe dessus à des fins d'entraînement, de formation ou de développement, . Il sera alors accessible localement pour l'ordinateur seul (via le nom http://localhost ou l'adresse IP réservée 127.0.0.1)<br /> <br /> * Vous devez avoir la possibilité d'installer Python sur le serveur web en question (si jamais ce n'est pas le cas) ainsi que des librairies ou paquets complémentaires Python. Cela peut être effectué relativement facilement par un informaticien ou quelqu'un ayant de bonnes connaissances techniques, mais assurez vous que cela ne pose pas problèmes par rapport aux procédures et règles techniques qui pourraient être en vigueur dans votre institution.<br /> <br /> == Etapes ==<br /> <br /> Une fois que vous vous êtes assurez que le BioCASe Provider Software est un choix pertinent pour vos besoins ([[Special:Contact|contactez l'équipe BioCASe]] si vous souhaitez plus d'information avant de prendre une décision), vous devez exécuter les étapes suivantes:<br /> <br /> # Pensez à l'information que vous souhaitez publier sur le réseau. Cela implique d'avoir réfléchi et répondu à la question de la propriété des données et des termes d'utilisation, licences, copyright et restrictions dans l'utilisation qui s'appliquent à leur publication. Vous devriez aussi vous demander si certaines information ne devraient '''pas''' être publiées car cela pourrait avoir une conséquence sur des espèces menacées. une solution possible est de soustraire certaines occurrence du jeu de données publier, ou de rendre moins précise une information exacte sur la localité d'observation.<br /> # Préparez la base de données comme décrit dans le tutoriel [[Preparation]]. C'est à cette étape que doit être prise la décision de publier soit directement la base de données principale qui est utilisée pour les mises à jour, soit un 'snapshot' (c'est à dire une copie de tout ou une partie des données prise à un moment précis), de créer une table de métadonnées (informations sur la base de données elle-même) et, dans certains cas, de transformer la présentation des données.<br /> # Suivez le tutoriel d'[[Installation_(French)|Installation]] pour installer le Fournisseur de données BioCASe.<br /> # Configurez un jeu de données BioCASe viale logiciel et connectez-le à votre base de données. Configurez alors le jeu de données comme décrit dans le tutoriel [[DatasourceSetup]].<br /> # Suiviez le tutoriel [[ABCD2Mapping| ABCD2Mapping pour créer un mapping]] (un mapping est une correspondance entre la structure de votre bases de données et un schéma XML) pour le schéma de données (par exemple DarwinCore ou ABCD) que vous voulez utiliser.<br /> # Testez et débuggez votre web service BioCASe. Lisez le tutoriel [[Debugging]] pour plus d'informations à ce sujet.<br /> # Quand vous avez terminé avec l'installation et la configuration du BioCASE Provider Software, vous pouvez enregistrer le wen service BioCASe auprès du réseau sur lequel vous souhaitez publiser vos données, par exemple le [http://www.gbif.org GBIF]. Nous vous recommandons de contacter l'[[Special:Contact|équipe BioCASe]] pour vérifier au préalable votre web service nous pourrons alors diagnistiquer des problèmes plus compliqué à résoudre après cet enregistrement.<br /> <br /> == Support ==<br /> En cas de difficultés lors de l'installation et de la configuration, sous devriez:<br /> * jeter un oeil sur le [[FAQ]] qui contient peut-être une réponse à votre question<br /> * demander l'aide au staff technique d'un projet lié à BioCASe (comme CABIN ou OpenUp!)<br /> * demander l'aide d'autres utilisateurs de BioCASe <br /> * contacter l'[[Special:Contact|BioCASe team]], qui est plutôt anglophone.<br /> Décrivez le plus précisément possible votre environnement (système d'exploitation et système de bases de données utlisés), l'étape où le problème apparaît, et tous les messages d'erreurs ou informations techniques retourné par le logiciel. Il est recommendé d'envoyer des copies d'écran à vos interlocuteurs pour ce type de problème.</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=BeginnersGuide_(French)&diff=511 2012-04-10T15:32:42Z

<p>FranckTheeten: /* Etapes */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> == Qu'est ce que le Logiciel Fournisseur de données BioCASe? ==<br /> <br /> Le logiciel fournisseur de données BioCASe (abrégé '''BPS'' pour '''BioCASe Provider Software''' en anglais ) est un middleware, c'est à dire un logiciel situéà une position intermédiaire entre une base de données et une interface graphique. Il produit des données en XML, afin de les publier sur un réseau d'information scientifique. Après l'installation de BioCASe et sa configuration pour un type de base de données particulier, l'information publiée sera accessible sous la forme d'un web service de type BioCASe. Cela veut dire que l'information pourra être interrogée et recherchée avec des requêtes au format BioCASe, car BioCASe désigne également un protocole XML pour envoyer des messages à un web service. L'intérêt de ce type de logiciel est qu'il est &quot;agnostique&quot; par rapport au modèle de données de la base de données d'origine, c'est à dire que les requêtes envoyées au web services n'ont pas besoin de connaître la structure de la base de données pour fonctionner. Il peut être également utilisé avec n'importe quel type de schéma conceptuel de données en XML.<br /> <br /> Le BPS est un ensemble d'outils qui doivent être installée sur un serveur Web installé chez le fournisseur de données. Son composant central est le '''PyWrapper''', une interface XML/CGI, écrite en Python, pour se connecter à des bases de données . Il permet un accès standardisé (c'est à dire via des procédures uniformes qui peuvent être ainsi partagée par tous les acteurs d'un réseau d'information) à une large gamme de systèmes de base de données dont la structure est arbitraire (c'est à dire définie par le fournisseur de données seul). Un certain nombre d'outils est réuni autour du BPS pour configurer, tester et débugger une installation ou un web service BioCASe.<br /> <br /> Même si BioCASe peut être utilisé avec n'importe quel schéma conceptuel défini en XML, son domaine de prédilection est la publication de données d'occurrence provenant de bases de données contenant des spécimens ou des observations sur des réseaux d'information primaire sur la biodiversité, comme le [http://www.biocase.org réseau BioCASe] et le [http://www.gbif.org GBIF (Global Biodiversity Information Facility)].<br /> <br /> == Prérequis pour utiliser le BPS ==<br /> <br /> Avant d'utiliser le logiciel fournisseur de données BioCASe, trois conditions doivent être vérifiées:<br /> <br /> * D'une part, les données à publier doivent être stockées dans une système gestionnaires de base de données relationnelles (parfois abrégé '''SGBDR''' ou '''RDBMS''' en anglais) compatible avec le langage '''SQL'''. Son modèle de données doit être bien documenté, ou, au minimum, présent à l'esprit d'un gestionnaire de données. Les bases de données non compatibles avec SQL ne sont pas supportées par BioCASe. Actuellement, le logiciel peut se connecter au bases de données suivantes: Microsoft Access, Microsoft SQL Server, MySQL, Postgres, Oracle, Foxpro, Sybase, 4D, DB2, Firebird.<br /> <br /> * Pour installer BioCASe, vous devez avoir un logiciel de serveur Web (Apache ou Microsoft IIS) accessible en permanence depuis l'Internet. Cela peut être le serveur d'une institution académique ou scientifique, ou un service d'hébergement. Il est parfois pénible dans ce second cas d'obtenir les droits d'installation auprès d'un service d'hébergement. Une connexion commutée peer to peer ou 'Dial-up' ne fonctionnera pas. Notez qu'il est tout à fait possible d'installer un serveur Internet sur votre propre machine, isolé du reste de l'Internet, et de faire fonctionner BioCASe dessus à des fins d'entraînement, de formation ou de développement, . Il sera alors accessible localement pour l'ordinateur seul (via le nom http://localhost ou l'adresse IP réservée 127.0.0.1)<br /> <br /> * Vous devez avoir la possibilité d'installer Python sur le serveur web en question (si jamais ce n'est pas le cas) ainsi que des librairies ou paquets complémentaires Python. Cela peut être effectué relativement facilement par un informaticien ou quelqu'un ayant de bonnes connaissances techniques, mais assurez vous que cela ne pose pas problèmes par rapport aux procédures et règles techniques qui pourraient être en vigueur dans votre institution.<br /> <br /> == Etapes ==<br /> <br /> Une fois que vous vous êtes assurez que le BioCASe Provider Software est un choix pertinent pour vos besoins ([[Special:Contact|contactez l'équipe BioCASe]] si vous souhaitez plus d'information avant de prendre une décision), vous devez exécuter les étapes suivantes:<br /> <br /> # Pensez à l'information que vous souhaitez publier sur le réseau. Cela implique d'avoir réfléchi et répondu à la question de la propriété des données et des termes d'utilisation, licences, copyright et restrictions dans l'utilisation qui s'appliquent à leur publication. Vous devriez aussi vous demander si certaines information ne devraient '''pas''' être publiées car cela pourrait avoir une conséquence sur des espèces menacées. une solution possible est de soustraire certaines occurrence du jeu de données publier, ou de rendre moins précise une information exacte sur la localité d'observation.<br /> # Préparez la base de données comme décrit dans le tutoriel [[Preparation]]. C'est à cette étape que doit être prise la décision de publier soit directement la base de données principale qui est utilisée pour les mises à jour, soit un 'snapshot' (c'est à dire une copie de tout ou une partie des données prise à un moment précis), de créer une table de métadonnées (informations sur la base de données elle-même) et, dans certains cas, de transformer la présentation des données.<br /> # Suivez le tutoriel d'[[Installation_(French)|Installation]] pour installer le Fournisseur de données BioCASe.<br /> # Configurez un jeu de données BioCASe viale logiciel et connectez-le à votre base de données. Configurez alors le jeu de données comme décrit dans le tutoriel [[DatasourceSetup]].<br /> # Suiviez le tutoriel [[ABCD2Mapping pour créer un mapping]] pour le schéma de données (par exemple DarwinCore ou ABCD) que vous voulez utiliser.<br /> # Testez et débuggez votre web service BioCASe. Lisez le tutoriel [[Debugging]] pour plus d'informations à ce sujet.<br /> # Quand vous avez terminé avec l'installation et la configuration du BioCASE Provider Software, vous pouvez enregistrer le wen service BioCASe auprès du réseau sur lequel vous souhaitez publiser vos données, par exemple le [http://www.gbif.org GBIF]. Nous vous recommandons de contacter l'[[Special:Contact|équipe BioCASe]] pour vérifier au préalable votre web service nous pourrons alors diagnistiquer des problèmes plus compliqué à résoudre après cet enregistrement.<br /> <br /> == Support ==<br /> En cas de difficultés lors de l'installation et de la configuration, sous devriez:<br /> * jeter un oeil sur le [[FAQ]] qui contient peut-être une réponse à votre question<br /> * demander l'aide au staff technique d'un projet lié à BioCASe (comme CABIN ou OpenUp!)<br /> * demander l'aide d'autres utilisateurs de BioCASe <br /> * contacter l'[[Special:Contact|BioCASe team]], qui est plutôt anglophone.<br /> Décrivez le plus précisément possible votre environnement (système d'exploitation et système de bases de données utlisés), l'étape où le problème apparaît, et tous les messages d'erreurs ou informations techniques retourné par le logiciel. Il est recommendé d'envoyer des copies d'écran à vos interlocuteurs pour ce type de problème.</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=BeginnersGuide_(French)&diff=510 2012-04-10T15:32:14Z

<p>FranckTheeten: /* Etapes */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> == Qu'est ce que le Logiciel Fournisseur de données BioCASe? ==<br /> <br /> Le logiciel fournisseur de données BioCASe (abrégé '''BPS'' pour '''BioCASe Provider Software''' en anglais ) est un middleware, c'est à dire un logiciel situéà une position intermédiaire entre une base de données et une interface graphique. Il produit des données en XML, afin de les publier sur un réseau d'information scientifique. Après l'installation de BioCASe et sa configuration pour un type de base de données particulier, l'information publiée sera accessible sous la forme d'un web service de type BioCASe. Cela veut dire que l'information pourra être interrogée et recherchée avec des requêtes au format BioCASe, car BioCASe désigne également un protocole XML pour envoyer des messages à un web service. L'intérêt de ce type de logiciel est qu'il est &quot;agnostique&quot; par rapport au modèle de données de la base de données d'origine, c'est à dire que les requêtes envoyées au web services n'ont pas besoin de connaître la structure de la base de données pour fonctionner. Il peut être également utilisé avec n'importe quel type de schéma conceptuel de données en XML.<br /> <br /> Le BPS est un ensemble d'outils qui doivent être installée sur un serveur Web installé chez le fournisseur de données. Son composant central est le '''PyWrapper''', une interface XML/CGI, écrite en Python, pour se connecter à des bases de données . Il permet un accès standardisé (c'est à dire via des procédures uniformes qui peuvent être ainsi partagée par tous les acteurs d'un réseau d'information) à une large gamme de systèmes de base de données dont la structure est arbitraire (c'est à dire définie par le fournisseur de données seul). Un certain nombre d'outils est réuni autour du BPS pour configurer, tester et débugger une installation ou un web service BioCASe.<br /> <br /> Même si BioCASe peut être utilisé avec n'importe quel schéma conceptuel défini en XML, son domaine de prédilection est la publication de données d'occurrence provenant de bases de données contenant des spécimens ou des observations sur des réseaux d'information primaire sur la biodiversité, comme le [http://www.biocase.org réseau BioCASe] et le [http://www.gbif.org GBIF (Global Biodiversity Information Facility)].<br /> <br /> == Prérequis pour utiliser le BPS ==<br /> <br /> Avant d'utiliser le logiciel fournisseur de données BioCASe, trois conditions doivent être vérifiées:<br /> <br /> * D'une part, les données à publier doivent être stockées dans une système gestionnaires de base de données relationnelles (parfois abrégé '''SGBDR''' ou '''RDBMS''' en anglais) compatible avec le langage '''SQL'''. Son modèle de données doit être bien documenté, ou, au minimum, présent à l'esprit d'un gestionnaire de données. Les bases de données non compatibles avec SQL ne sont pas supportées par BioCASe. Actuellement, le logiciel peut se connecter au bases de données suivantes: Microsoft Access, Microsoft SQL Server, MySQL, Postgres, Oracle, Foxpro, Sybase, 4D, DB2, Firebird.<br /> <br /> * Pour installer BioCASe, vous devez avoir un logiciel de serveur Web (Apache ou Microsoft IIS) accessible en permanence depuis l'Internet. Cela peut être le serveur d'une institution académique ou scientifique, ou un service d'hébergement. Il est parfois pénible dans ce second cas d'obtenir les droits d'installation auprès d'un service d'hébergement. Une connexion commutée peer to peer ou 'Dial-up' ne fonctionnera pas. Notez qu'il est tout à fait possible d'installer un serveur Internet sur votre propre machine, isolé du reste de l'Internet, et de faire fonctionner BioCASe dessus à des fins d'entraînement, de formation ou de développement, . Il sera alors accessible localement pour l'ordinateur seul (via le nom http://localhost ou l'adresse IP réservée 127.0.0.1)<br /> <br /> * Vous devez avoir la possibilité d'installer Python sur le serveur web en question (si jamais ce n'est pas le cas) ainsi que des librairies ou paquets complémentaires Python. Cela peut être effectué relativement facilement par un informaticien ou quelqu'un ayant de bonnes connaissances techniques, mais assurez vous que cela ne pose pas problèmes par rapport aux procédures et règles techniques qui pourraient être en vigueur dans votre institution.<br /> <br /> == Etapes ==<br /> <br /> Une fois que vous vous êtes assurez que le BioCASe Provider Software est un choix pertinent pour vos besoins ([[Special:Contact|contactez l'équipe BioCASe]] si vous souhaitez plus d'information avant de prendre une décision), vous devez exécuter les étapes suivantes:<br /> <br /> # Pensez à l'information que vous souhaitez publier sur le réseau. Cela implique d'avoir réfléchi et répondu à la question de la propriété des données et des termes d'utilisation, licences, copyright et restrictions dans l'utilisation qui s'appliquent à leur publication. Vous devriez aussi vous demander si certaines information ne devraient '''pas''' être publiées car cela pourrait avoir une conséquence sur des espèces menacées. une solution possible est de soustraire certaines occurrence du jeu de données publier, ou de rendre moins précise une information exacte sur la localité d'observation.<br /> # Préparez la base de données comme décrit dans le tutoriel [[Preparation]]. C'est à cette étape que doit être prise la décision de publier soit directement la base de données principale qui est utilisée pour les mises à jour, soit un 'snapshot' (c'est à dire une copie de tout ou une partie des données prise à un moment précis), de créer une table de métadonnées (informations sur la base de données elle-même) et, dans certains cas, de transformer la présentation des données.<br /> # Suivez le tutoriel d'[[Installation_(French)|Installation]] pour installer le Fournisseur de données BioCASe.<br /> # Configurez un jeu de données BioCASe dans le logiciel et connectez-le à votre base de données. Configuez alors le jeu de données comme décrit dans le tutoriel [[DatasourceSetup]].<br /> # Suiviez le tutoriel [[ABCD2Mapping pour créer un mapping]] pour le schéma de données (par exemple DarwinCore ou ABCD) que vous voulez utiliser.<br /> # Testez et débuggez votre web service BioCASe. Lisez le tutoriel [[Debugging]] pour plus d'informations à ce sujet.<br /> # Quand vous avez terminé avec l'installation et la configuration du BioCASE Provider Software, vous pouvez enregistrer le wen service BioCASe auprès du réseau sur lequel vous souhaitez publiser vos données, par exemple le [http://www.gbif.org GBIF]. Nous vous recommandons de contacter l'[[Special:Contact|équipe BioCASe]] pour vérifier au préalable votre web service nous pourrons alors diagnistiquer des problèmes plus compliqué à résoudre après cet enregistrement.<br /> <br /> == Support ==<br /> En cas de difficultés lors de l'installation et de la configuration, sous devriez:<br /> * jeter un oeil sur le [[FAQ]] qui contient peut-être une réponse à votre question<br /> * demander l'aide au staff technique d'un projet lié à BioCASe (comme CABIN ou OpenUp!)<br /> * demander l'aide d'autres utilisateurs de BioCASe <br /> * contacter l'[[Special:Contact|BioCASe team]], qui est plutôt anglophone.<br /> Décrivez le plus précisément possible votre environnement (système d'exploitation et système de bases de données utlisés), l'étape où le problème apparaît, et tous les messages d'erreurs ou informations techniques retourné par le logiciel. Il est recommendé d'envoyer des copies d'écran à vos interlocuteurs pour ce type de problème.</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=BeginnersGuide_(French)&diff=509 2012-04-10T15:31:42Z

<p>FranckTheeten: /* Etapes */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> == Qu'est ce que le Logiciel Fournisseur de données BioCASe? ==<br /> <br /> Le logiciel fournisseur de données BioCASe (abrégé '''BPS'' pour '''BioCASe Provider Software''' en anglais ) est un middleware, c'est à dire un logiciel situéà une position intermédiaire entre une base de données et une interface graphique. Il produit des données en XML, afin de les publier sur un réseau d'information scientifique. Après l'installation de BioCASe et sa configuration pour un type de base de données particulier, l'information publiée sera accessible sous la forme d'un web service de type BioCASe. Cela veut dire que l'information pourra être interrogée et recherchée avec des requêtes au format BioCASe, car BioCASe désigne également un protocole XML pour envoyer des messages à un web service. L'intérêt de ce type de logiciel est qu'il est &quot;agnostique&quot; par rapport au modèle de données de la base de données d'origine, c'est à dire que les requêtes envoyées au web services n'ont pas besoin de connaître la structure de la base de données pour fonctionner. Il peut être également utilisé avec n'importe quel type de schéma conceptuel de données en XML.<br /> <br /> Le BPS est un ensemble d'outils qui doivent être installée sur un serveur Web installé chez le fournisseur de données. Son composant central est le '''PyWrapper''', une interface XML/CGI, écrite en Python, pour se connecter à des bases de données . Il permet un accès standardisé (c'est à dire via des procédures uniformes qui peuvent être ainsi partagée par tous les acteurs d'un réseau d'information) à une large gamme de systèmes de base de données dont la structure est arbitraire (c'est à dire définie par le fournisseur de données seul). Un certain nombre d'outils est réuni autour du BPS pour configurer, tester et débugger une installation ou un web service BioCASe.<br /> <br /> Même si BioCASe peut être utilisé avec n'importe quel schéma conceptuel défini en XML, son domaine de prédilection est la publication de données d'occurrence provenant de bases de données contenant des spécimens ou des observations sur des réseaux d'information primaire sur la biodiversité, comme le [http://www.biocase.org réseau BioCASe] et le [http://www.gbif.org GBIF (Global Biodiversity Information Facility)].<br /> <br /> == Prérequis pour utiliser le BPS ==<br /> <br /> Avant d'utiliser le logiciel fournisseur de données BioCASe, trois conditions doivent être vérifiées:<br /> <br /> * D'une part, les données à publier doivent être stockées dans une système gestionnaires de base de données relationnelles (parfois abrégé '''SGBDR''' ou '''RDBMS''' en anglais) compatible avec le langage '''SQL'''. Son modèle de données doit être bien documenté, ou, au minimum, présent à l'esprit d'un gestionnaire de données. Les bases de données non compatibles avec SQL ne sont pas supportées par BioCASe. Actuellement, le logiciel peut se connecter au bases de données suivantes: Microsoft Access, Microsoft SQL Server, MySQL, Postgres, Oracle, Foxpro, Sybase, 4D, DB2, Firebird.<br /> <br /> * Pour installer BioCASe, vous devez avoir un logiciel de serveur Web (Apache ou Microsoft IIS) accessible en permanence depuis l'Internet. Cela peut être le serveur d'une institution académique ou scientifique, ou un service d'hébergement. Il est parfois pénible dans ce second cas d'obtenir les droits d'installation auprès d'un service d'hébergement. Une connexion commutée peer to peer ou 'Dial-up' ne fonctionnera pas. Notez qu'il est tout à fait possible d'installer un serveur Internet sur votre propre machine, isolé du reste de l'Internet, et de faire fonctionner BioCASe dessus à des fins d'entraînement, de formation ou de développement, . Il sera alors accessible localement pour l'ordinateur seul (via le nom http://localhost ou l'adresse IP réservée 127.0.0.1)<br /> <br /> * Vous devez avoir la possibilité d'installer Python sur le serveur web en question (si jamais ce n'est pas le cas) ainsi que des librairies ou paquets complémentaires Python. Cela peut être effectué relativement facilement par un informaticien ou quelqu'un ayant de bonnes connaissances techniques, mais assurez vous que cela ne pose pas problèmes par rapport aux procédures et règles techniques qui pourraient être en vigueur dans votre institution.<br /> <br /> == Etapes ==<br /> <br /> Une fois que vous vous êtes assurez que le BioCASe Provider Software est un choix pertinent pour vos besoins ([[Special:Contact|contactez l'équipe BioCASe]] si vous souhaitez plus d'information avant de prendre une décision), vous devez exécuter les étapes suivantes:<br /> <br /> # Pensez à l'information que vous souhaitez publier sur le réseau. Cela implique d'avoir réfléchi et répondu à la question de la propriété des données et des termes d'utilisation, licences, copyright et restrictions dans l'utilisation qui s'appliquent à leur publication. Vous devriez aussi vous demander si certaines information ne devraient '''pas''' être publiées car cela pourrait avoir une conséquence sur des espèces menacées. une solution possible est de soustraire certaines occurrence du jeu de données publier, ou de rendre moins précise une information exacte sur la localité d'observation.<br /> # Préparez la base de données comme décrit dans le tutoriel [[Preparation]]. C'est à cette étape que doit être prise la décision de publier soit directement la base de données principale qui est utilisée pour les mises à jour, soit un 'snapshot' (c'est à dire une copie de tout ou une partie des données prise à un moment précis), de créer une table de métadonnées (informations sur la base de données elle-même) et, dans certains cas, de transformer la présentation des données.<br /> # Suivez le tutoriel d'[[Installation_(French) Installation]] pour installer le Fournisseur de données BioCASe.<br /> # Configurez un jeu de données BioCASe dans le logiciel et connectez-le à votre base de données. Configuez alors le jeu de données comme décrit dans le tutoriel [[DatasourceSetup]].<br /> # Suiviez le tutoriel [[ABCD2Mapping pour créer un mapping]] pour le schéma de données (par exemple DarwinCore ou ABCD) que vous voulez utiliser.<br /> # Testez et débuggez votre web service BioCASe. Lisez le tutoriel [[Debugging]] pour plus d'informations à ce sujet.<br /> # Quand vous avez terminé avec l'installation et la configuration du BioCASE Provider Software, vous pouvez enregistrer le wen service BioCASe auprès du réseau sur lequel vous souhaitez publiser vos données, par exemple le [http://www.gbif.org GBIF]. Nous vous recommandons de contacter l'[[Special:Contact|équipe BioCASe]] pour vérifier au préalable votre web service nous pourrons alors diagnistiquer des problèmes plus compliqué à résoudre après cet enregistrement.<br /> <br /> == Support ==<br /> En cas de difficultés lors de l'installation et de la configuration, sous devriez:<br /> * jeter un oeil sur le [[FAQ]] qui contient peut-être une réponse à votre question<br /> * demander l'aide au staff technique d'un projet lié à BioCASe (comme CABIN ou OpenUp!)<br /> * demander l'aide d'autres utilisateurs de BioCASe <br /> * contacter l'[[Special:Contact|BioCASe team]], qui est plutôt anglophone.<br /> Décrivez le plus précisément possible votre environnement (système d'exploitation et système de bases de données utlisés), l'étape où le problème apparaît, et tous les messages d'erreurs ou informations techniques retourné par le logiciel. Il est recommendé d'envoyer des copies d'écran à vos interlocuteurs pour ce type de problème.</div>

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<p>FranckTheeten: /* Etapes */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> == Qu'est ce que le Logiciel Fournisseur de données BioCASe? ==<br /> <br /> Le logiciel fournisseur de données BioCASe (abrégé '''BPS'' pour '''BioCASe Provider Software''' en anglais ) est un middleware, c'est à dire un logiciel situéà une position intermédiaire entre une base de données et une interface graphique. Il produit des données en XML, afin de les publier sur un réseau d'information scientifique. Après l'installation de BioCASe et sa configuration pour un type de base de données particulier, l'information publiée sera accessible sous la forme d'un web service de type BioCASe. Cela veut dire que l'information pourra être interrogée et recherchée avec des requêtes au format BioCASe, car BioCASe désigne également un protocole XML pour envoyer des messages à un web service. L'intérêt de ce type de logiciel est qu'il est &quot;agnostique&quot; par rapport au modèle de données de la base de données d'origine, c'est à dire que les requêtes envoyées au web services n'ont pas besoin de connaître la structure de la base de données pour fonctionner. Il peut être également utilisé avec n'importe quel type de schéma conceptuel de données en XML.<br /> <br /> Le BPS est un ensemble d'outils qui doivent être installée sur un serveur Web installé chez le fournisseur de données. Son composant central est le '''PyWrapper''', une interface XML/CGI, écrite en Python, pour se connecter à des bases de données . Il permet un accès standardisé (c'est à dire via des procédures uniformes qui peuvent être ainsi partagée par tous les acteurs d'un réseau d'information) à une large gamme de systèmes de base de données dont la structure est arbitraire (c'est à dire définie par le fournisseur de données seul). Un certain nombre d'outils est réuni autour du BPS pour configurer, tester et débugger une installation ou un web service BioCASe.<br /> <br /> Même si BioCASe peut être utilisé avec n'importe quel schéma conceptuel défini en XML, son domaine de prédilection est la publication de données d'occurrence provenant de bases de données contenant des spécimens ou des observations sur des réseaux d'information primaire sur la biodiversité, comme le [http://www.biocase.org réseau BioCASe] et le [http://www.gbif.org GBIF (Global Biodiversity Information Facility)].<br /> <br /> == Prérequis pour utiliser le BPS ==<br /> <br /> Avant d'utiliser le logiciel fournisseur de données BioCASe, trois conditions doivent être vérifiées:<br /> <br /> * D'une part, les données à publier doivent être stockées dans une système gestionnaires de base de données relationnelles (parfois abrégé '''SGBDR''' ou '''RDBMS''' en anglais) compatible avec le langage '''SQL'''. Son modèle de données doit être bien documenté, ou, au minimum, présent à l'esprit d'un gestionnaire de données. Les bases de données non compatibles avec SQL ne sont pas supportées par BioCASe. Actuellement, le logiciel peut se connecter au bases de données suivantes: Microsoft Access, Microsoft SQL Server, MySQL, Postgres, Oracle, Foxpro, Sybase, 4D, DB2, Firebird.<br /> <br /> * Pour installer BioCASe, vous devez avoir un logiciel de serveur Web (Apache ou Microsoft IIS) accessible en permanence depuis l'Internet. Cela peut être le serveur d'une institution académique ou scientifique, ou un service d'hébergement. Il est parfois pénible dans ce second cas d'obtenir les droits d'installation auprès d'un service d'hébergement. Une connexion commutée peer to peer ou 'Dial-up' ne fonctionnera pas. Notez qu'il est tout à fait possible d'installer un serveur Internet sur votre propre machine, isolé du reste de l'Internet, et de faire fonctionner BioCASe dessus à des fins d'entraînement, de formation ou de développement, . Il sera alors accessible localement pour l'ordinateur seul (via le nom http://localhost ou l'adresse IP réservée 127.0.0.1)<br /> <br /> * Vous devez avoir la possibilité d'installer Python sur le serveur web en question (si jamais ce n'est pas le cas) ainsi que des librairies ou paquets complémentaires Python. Cela peut être effectué relativement facilement par un informaticien ou quelqu'un ayant de bonnes connaissances techniques, mais assurez vous que cela ne pose pas problèmes par rapport aux procédures et règles techniques qui pourraient être en vigueur dans votre institution.<br /> <br /> == Etapes ==<br /> <br /> Une fois que vous vous êtes assurez que le BioCASe Provider Software est un choix pertinent pour vos besoins ([[Special:Contact|contactez l'équipe BioCASe]] si vous souhaitez plus d'information avant de prendre une décision), vous devez exécuter les étapes suivantes:<br /> <br /> # Pensez à l'information que vous souhaitez publier sur le réseau. Cela implique d'avoir réfléchi et répondu à la question de la propriété des données et des termes d'utilisation, licences, copyright et restrictions dans l'utilisation qui s'appliquent à leur publication. Vous devriez aussi vous demander si certaines information ne devraient '''pas''' être publiées car cela pourrait avoir une conséquence sur des espèces menacées. une solution possible est de soustraire certaines occurrence du jeu de données publier, ou de rendre moins précise une information exacte sur la localité d'observation.<br /> # Préparez la base de données comme décrit dans le tutoriel [[Preparation]]. C'est à cette étape que doit être prise la décision de publier soit directement la base de données principale qui est utilisée pour les mises à jour, soit un 'snapshot' (c'est à dire une copie de tout ou une partie des données prise à un moment précis), de créer une table de métadonnées (informations sur la base de données elle-même) et, dans certains cas, de transformer la présentation des données.<br /> # Suivez le tutoriel d'[[Installation]] pour installer le Fournisseur de données BioCASe.<br /> # Configurez un jeu de données BioCASe dans le logiciel et connectez-le à votre base de données. Configuez alors le jeu de données comme décrit dans le tutoriel [[DatasourceSetup]].<br /> # Suiviez le tutoriel [[ABCD2Mapping pour créer un mapping]] pour le schéma de données (par exemple DarwinCore ou ABCD) que vous voulez utiliser.<br /> # Testez et débuggez votre web service BioCASe. Lisez le tutoriel [[Debugging]] pour plus d'informations à ce sujet.<br /> # Quand vous avez terminé avec l'installation et la configuration du BioCASE Provider Software, vous pouvez enregistrer le wen service BioCASe auprès du réseau sur lequel vous souhaitez publiser vos données, par exemple le [http://www.gbif.org GBIF]. Nous vous recommandons de contacter l'[[Special:Contact|équipe BioCASe]] pour vérifier au préalable votre web service nous pourrons alors diagnistiquer des problèmes plus compliqué à résoudre après cet enregistrement.<br /> <br /> == Support ==<br /> En cas de difficultés lors de l'installation et de la configuration, sous devriez:<br /> * jeter un oeil sur le [[FAQ]] qui contient peut-être une réponse à votre question<br /> * demander l'aide au staff technique d'un projet lié à BioCASe (comme CABIN ou OpenUp!)<br /> * demander l'aide d'autres utilisateurs de BioCASe <br /> * contacter l'[[Special:Contact|BioCASe team]], qui est plutôt anglophone.<br /> Décrivez le plus précisément possible votre environnement (système d'exploitation et système de bases de données utlisés), l'étape où le problème apparaît, et tous les messages d'erreurs ou informations techniques retourné par le logiciel. Il est recommendé d'envoyer des copies d'écran à vos interlocuteurs pour ce type de problème.</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=BeginnersGuide_(French)&diff=507 2012-04-10T15:30:44Z

<p>FranckTheeten: /* Prérequis pour utiliser le BPS */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> == Qu'est ce que le Logiciel Fournisseur de données BioCASe? ==<br /> <br /> Le logiciel fournisseur de données BioCASe (abrégé '''BPS'' pour '''BioCASe Provider Software''' en anglais ) est un middleware, c'est à dire un logiciel situéà une position intermédiaire entre une base de données et une interface graphique. Il produit des données en XML, afin de les publier sur un réseau d'information scientifique. Après l'installation de BioCASe et sa configuration pour un type de base de données particulier, l'information publiée sera accessible sous la forme d'un web service de type BioCASe. Cela veut dire que l'information pourra être interrogée et recherchée avec des requêtes au format BioCASe, car BioCASe désigne également un protocole XML pour envoyer des messages à un web service. L'intérêt de ce type de logiciel est qu'il est &quot;agnostique&quot; par rapport au modèle de données de la base de données d'origine, c'est à dire que les requêtes envoyées au web services n'ont pas besoin de connaître la structure de la base de données pour fonctionner. Il peut être également utilisé avec n'importe quel type de schéma conceptuel de données en XML.<br /> <br /> Le BPS est un ensemble d'outils qui doivent être installée sur un serveur Web installé chez le fournisseur de données. Son composant central est le '''PyWrapper''', une interface XML/CGI, écrite en Python, pour se connecter à des bases de données . Il permet un accès standardisé (c'est à dire via des procédures uniformes qui peuvent être ainsi partagée par tous les acteurs d'un réseau d'information) à une large gamme de systèmes de base de données dont la structure est arbitraire (c'est à dire définie par le fournisseur de données seul). Un certain nombre d'outils est réuni autour du BPS pour configurer, tester et débugger une installation ou un web service BioCASe.<br /> <br /> Même si BioCASe peut être utilisé avec n'importe quel schéma conceptuel défini en XML, son domaine de prédilection est la publication de données d'occurrence provenant de bases de données contenant des spécimens ou des observations sur des réseaux d'information primaire sur la biodiversité, comme le [http://www.biocase.org réseau BioCASe] et le [http://www.gbif.org GBIF (Global Biodiversity Information Facility)].<br /> <br /> == Prérequis pour utiliser le BPS ==<br /> <br /> Avant d'utiliser le logiciel fournisseur de données BioCASe, trois conditions doivent être vérifiées:<br /> <br /> * D'une part, les données à publier doivent être stockées dans une système gestionnaires de base de données relationnelles (parfois abrégé '''SGBDR''' ou '''RDBMS''' en anglais) compatible avec le langage '''SQL'''. Son modèle de données doit être bien documenté, ou, au minimum, présent à l'esprit d'un gestionnaire de données. Les bases de données non compatibles avec SQL ne sont pas supportées par BioCASe. Actuellement, le logiciel peut se connecter au bases de données suivantes: Microsoft Access, Microsoft SQL Server, MySQL, Postgres, Oracle, Foxpro, Sybase, 4D, DB2, Firebird.<br /> <br /> * Pour installer BioCASe, vous devez avoir un logiciel de serveur Web (Apache ou Microsoft IIS) accessible en permanence depuis l'Internet. Cela peut être le serveur d'une institution académique ou scientifique, ou un service d'hébergement. Il est parfois pénible dans ce second cas d'obtenir les droits d'installation auprès d'un service d'hébergement. Une connexion commutée peer to peer ou 'Dial-up' ne fonctionnera pas. Notez qu'il est tout à fait possible d'installer un serveur Internet sur votre propre machine, isolé du reste de l'Internet, et de faire fonctionner BioCASe dessus à des fins d'entraînement, de formation ou de développement, . Il sera alors accessible localement pour l'ordinateur seul (via le nom http://localhost ou l'adresse IP réservée 127.0.0.1)<br /> <br /> * Vous devez avoir la possibilité d'installer Python sur le serveur web en question (si jamais ce n'est pas le cas) ainsi que des librairies ou paquets complémentaires Python. Cela peut être effectué relativement facilement par un informaticien ou quelqu'un ayant de bonnes connaissances techniques, mais assurez vous que cela ne pose pas problèmes par rapport aux procédures et règles techniques qui pourraient être en vigueur dans votre institution.<br /> <br /> == Etapes ==<br /> <br /> Une fois que vous vous êtes assurez que le BioCASe Provider Software est un choix pertinent pour vos besoins ([[Special:Contact|contactez l'équipe BioCASe]] si vous souhaitez plus d'information avant de prendre une décision), vous devez exécuter les étapes suivantes:<br /> <br /> # Pensez à l'information que vous souhaitez publier sur le réseau. Cela implique d'avoir réfléchi et répondu à la question de la propriété des données et des termes d'utilisation, licences, copyright et restrictions dans l'utilisation qui s'appliquent à leur publication. Vous devriez aussi vous demander si certaines information ne devraient '''pas''' être publiées car cela pourrait avoir une conséquence sur des espèces menacées. une solution possible est de soustraire certaines occurrence du jeu de données publier, ou de rendre moins précise une information exacte sur la localité d'observation.<br /> <br /> # Préparez la base de données comme décrit dans le tutoriel [[Preparation]]. C'est à cette étape que doit être prise la décision de publier soit directement la base de données principale qui est utilisée pour les mises à jour, soit un 'snapshot' (c'est à dire une copie de tout ou une partie des données prise à un moment précis), de créer une table de métadonnées (informations sur la base de données elle-même) et, dans certains cas, de transformer la présentation des données.<br /> <br /> # Suivez le tutoriel d'[[Installation]] pour installer le Fournisseur de données BioCASe.<br /> <br /> # Configurez un jeu de données BioCASe dans le logiciel et connectez-le à votre base de données. Configuez alors le jeu de données comme décrit dans le tutoriel [[DatasourceSetup]].<br /> <br /> # Suiviez le tutoriel [[ABCD2Mapping pour créer un mapping]] pour le schéma de données (par exemple DarwinCore ou ABCD) que vous voulez utiliser.<br /> <br /> # Testez et débuggez votre web service BioCASe. Lisez le tutoriel [[Debugging]] pour plus d'informations à ce sujet.<br /> <br /> # Quand vous avez terminé avec l'installation et la configuration du BioCASE Provider Software, vous pouvez enregistrer le wen service BioCASe auprès du réseau sur lequel vous souhaitez publiser vos données, par exemple le [http://www.gbif.org GBIF]. Nous vous recommandons de contacter l'[[Special:Contact|équipe BioCASe]] pour vérifier au préalable votre web service nous pourrons alors diagnistiquer des problèmes plus compliqué à résoudre après cet enregistrement.<br /> <br /> == Support ==<br /> En cas de difficultés lors de l'installation et de la configuration, sous devriez:<br /> * jeter un oeil sur le [[FAQ]] qui contient peut-être une réponse à votre question<br /> * demander l'aide au staff technique d'un projet lié à BioCASe (comme CABIN ou OpenUp!)<br /> * demander l'aide d'autres utilisateurs de BioCASe <br /> * contacter l'[[Special:Contact|BioCASe team]], qui est plutôt anglophone.<br /> Décrivez le plus précisément possible votre environnement (système d'exploitation et système de bases de données utlisés), l'étape où le problème apparaît, et tous les messages d'erreurs ou informations techniques retourné par le logiciel. Il est recommendé d'envoyer des copies d'écran à vos interlocuteurs pour ce type de problème.</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=BeginnersGuide_(French)&diff=506 2012-04-10T15:29:53Z

<p>FranckTheeten: /* Etapes */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> == Qu'est ce que le Logiciel Fournisseur de données BioCASe? ==<br /> <br /> Le logiciel fournisseur de données BioCASe (abrégé '''BPS'' pour '''BioCASe Provider Software''' en anglais ) est un middleware, c'est à dire un logiciel situéà une position intermédiaire entre une base de données et une interface graphique. Il produit des données en XML, afin de les publier sur un réseau d'information scientifique. Après l'installation de BioCASe et sa configuration pour un type de base de données particulier, l'information publiée sera accessible sous la forme d'un web service de type BioCASe. Cela veut dire que l'information pourra être interrogée et recherchée avec des requêtes au format BioCASe, car BioCASe désigne également un protocole XML pour envoyer des messages à un web service. L'intérêt de ce type de logiciel est qu'il est &quot;agnostique&quot; par rapport au modèle de données de la base de données d'origine, c'est à dire que les requêtes envoyées au web services n'ont pas besoin de connaître la structure de la base de données pour fonctionner. Il peut être également utilisé avec n'importe quel type de schéma conceptuel de données en XML.<br /> <br /> Le BPS est un ensemble d'outils qui doivent être installée sur un serveur Web installé chez le fournisseur de données. Son composant central est le '''PyWrapper''', une interface XML/CGI, écrite en Python, pour se connecter à des bases de données . Il permet un accès standardisé (c'est à dire via des procédures uniformes qui peuvent être ainsi partagée par tous les acteurs d'un réseau d'information) à une large gamme de systèmes de base de données dont la structure est arbitraire (c'est à dire définie par le fournisseur de données seul). Un certain nombre d'outils est réuni autour du BPS pour configurer, tester et débugger une installation ou un web service BioCASe.<br /> <br /> Même si BioCASe peut être utilisé avec n'importe quel schéma conceptuel défini en XML, son domaine de prédilection est la publication de données d'occurrence provenant de bases de données contenant des spécimens ou des observations sur des réseaux d'information primaire sur la biodiversité, comme le [http://www.biocase.org réseau BioCASe] et le [http://www.gbif.org GBIF (Global Biodiversity Information Facility)].<br /> <br /> == Prérequis pour utiliser le BPS ==<br /> <br /> Avant d'utiliser le logiciel fournisseur de données BioCASe, trois conditions doivent être vérifiées:<br /> <br /> * D'une part, les données à publier doivent être stockées dans une système gestionnaires de base de données relationnelles (parfois abrégé '''SGBDR''' ou '''RDBMS''' en anglais) compatible avec le langage '''SQL'''. Son modèle de données doit être bien documenté, ou, au minimum, présent à l'esprit d'un gestionnaire de données. Les bases de données non compatibles avec SQL ne sont pas supportées par BioCASe. Actuellement, le logiciel peut se connecter au bases de données suivantes: Microsoft Access, Microsoft SQL Server, MySQL, Postgres, Oracle, Foxpro, Sybase, 4D, DB2, Firebird.<br /> <br /> * Pour installer BioCASe, vous devez avoir un logiciel de serveur Web (Apache ou Microsoft IIS) accessible en permanence depuis l'Internet. Cela peut être le serveur d'une institution académique ou scientifique, ou un service d'hébergement (il est parfois pénible dans le second cas d'obtenir les droits d'installation auprès d'un service d'hébergement). Une connexion commutée (peer to peer ou 'Dial-up') ne fonctionnera pas. Notez qu'il est tout à fait possible d'installer un serveur Internet sur votre propre machine, isolé du reste de l'Internet, et de faire fonctionner BioCASe dessus à des fins d'entraînement, de formation ou de développement, . Il sera alors accessible localement pour l'ordinateur seul (via le nom http://localhost ou l'adresse IP réservée 127.0.0.1)<br /> <br /> * Vous devez avoir la possibilité d'installer Python sur le serveur web en question (si jamais ce n'est pas le cas) ainsi que des librairies ou paquets complémentaires Python. Cela peut être effectué relativement facilement par un informaticien ou quelqu'un ayant de bonnes connaissances techniques, mais assurez vous que cela ne pose pas problèmes par rapport aux procédures et règles techniques qui pourraient être en vigueur dans votre institution.<br /> <br /> == Etapes ==<br /> <br /> Une fois que vous vous êtes assurez que le BioCASe Provider Software est un choix pertinent pour vos besoins ([[Special:Contact|contactez l'équipe BioCASe]] si vous souhaitez plus d'information avant de prendre une décision), vous devez exécuter les étapes suivantes:<br /> <br /> # Pensez à l'information que vous souhaitez publier sur le réseau. Cela implique d'avoir réfléchi et répondu à la question de la propriété des données et des termes d'utilisation, licences, copyright et restrictions dans l'utilisation qui s'appliquent à leur publication. Vous devriez aussi vous demander si certaines information ne devraient '''pas''' être publiées car cela pourrait avoir une conséquence sur des espèces menacées. une solution possible est de soustraire certaines occurrence du jeu de données publier, ou de rendre moins précise une information exacte sur la localité d'observation.<br /> <br /> # Préparez la base de données comme décrit dans le tutoriel [[Preparation]]. C'est à cette étape que doit être prise la décision de publier soit directement la base de données principale qui est utilisée pour les mises à jour, soit un 'snapshot' (c'est à dire une copie de tout ou une partie des données prise à un moment précis), de créer une table de métadonnées (informations sur la base de données elle-même) et, dans certains cas, de transformer la présentation des données.<br /> <br /> # Suivez le tutoriel d'[[Installation]] pour installer le Fournisseur de données BioCASe.<br /> <br /> # Configurez un jeu de données BioCASe dans le logiciel et connectez-le à votre base de données. Configuez alors le jeu de données comme décrit dans le tutoriel [[DatasourceSetup]].<br /> <br /> # Suiviez le tutoriel [[ABCD2Mapping pour créer un mapping]] pour le schéma de données (par exemple DarwinCore ou ABCD) que vous voulez utiliser.<br /> <br /> # Testez et débuggez votre web service BioCASe. Lisez le tutoriel [[Debugging]] pour plus d'informations à ce sujet.<br /> <br /> # Quand vous avez terminé avec l'installation et la configuration du BioCASE Provider Software, vous pouvez enregistrer le wen service BioCASe auprès du réseau sur lequel vous souhaitez publiser vos données, par exemple le [http://www.gbif.org GBIF]. Nous vous recommandons de contacter l'[[Special:Contact|équipe BioCASe]] pour vérifier au préalable votre web service nous pourrons alors diagnistiquer des problèmes plus compliqué à résoudre après cet enregistrement.<br /> <br /> == Support ==<br /> En cas de difficultés lors de l'installation et de la configuration, sous devriez:<br /> * jeter un oeil sur le [[FAQ]] qui contient peut-être une réponse à votre question<br /> * demander l'aide au staff technique d'un projet lié à BioCASe (comme CABIN ou OpenUp!)<br /> * demander l'aide d'autres utilisateurs de BioCASe <br /> * contacter l'[[Special:Contact|BioCASe team]], qui est plutôt anglophone.<br /> Décrivez le plus précisément possible votre environnement (système d'exploitation et système de bases de données utlisés), l'étape où le problème apparaît, et tous les messages d'erreurs ou informations techniques retourné par le logiciel. Il est recommendé d'envoyer des copies d'écran à vos interlocuteurs pour ce type de problème.</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=BeginnersGuide_(French)&diff=505 2012-04-10T15:28:22Z

<p>FranckTheeten: /* Etapes */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> == Qu'est ce que le Logiciel Fournisseur de données BioCASe? ==<br /> <br /> Le logiciel fournisseur de données BioCASe (abrégé '''BPS'' pour '''BioCASe Provider Software''' en anglais ) est un middleware, c'est à dire un logiciel situéà une position intermédiaire entre une base de données et une interface graphique. Il produit des données en XML, afin de les publier sur un réseau d'information scientifique. Après l'installation de BioCASe et sa configuration pour un type de base de données particulier, l'information publiée sera accessible sous la forme d'un web service de type BioCASe. Cela veut dire que l'information pourra être interrogée et recherchée avec des requêtes au format BioCASe, car BioCASe désigne également un protocole XML pour envoyer des messages à un web service. L'intérêt de ce type de logiciel est qu'il est &quot;agnostique&quot; par rapport au modèle de données de la base de données d'origine, c'est à dire que les requêtes envoyées au web services n'ont pas besoin de connaître la structure de la base de données pour fonctionner. Il peut être également utilisé avec n'importe quel type de schéma conceptuel de données en XML.<br /> <br /> Le BPS est un ensemble d'outils qui doivent être installée sur un serveur Web installé chez le fournisseur de données. Son composant central est le '''PyWrapper''', une interface XML/CGI, écrite en Python, pour se connecter à des bases de données . Il permet un accès standardisé (c'est à dire via des procédures uniformes qui peuvent être ainsi partagée par tous les acteurs d'un réseau d'information) à une large gamme de systèmes de base de données dont la structure est arbitraire (c'est à dire définie par le fournisseur de données seul). Un certain nombre d'outils est réuni autour du BPS pour configurer, tester et débugger une installation ou un web service BioCASe.<br /> <br /> Même si BioCASe peut être utilisé avec n'importe quel schéma conceptuel défini en XML, son domaine de prédilection est la publication de données d'occurrence provenant de bases de données contenant des spécimens ou des observations sur des réseaux d'information primaire sur la biodiversité, comme le [http://www.biocase.org réseau BioCASe] et le [http://www.gbif.org GBIF (Global Biodiversity Information Facility)].<br /> <br /> == Prérequis pour utiliser le BPS ==<br /> <br /> Avant d'utiliser le logiciel fournisseur de données BioCASe, trois conditions doivent être vérifiées:<br /> <br /> * D'une part, les données à publier doivent être stockées dans une système gestionnaires de base de données relationnelles (parfois abrégé '''SGBDR''' ou '''RDBMS''' en anglais) compatible avec le langage '''SQL'''. Son modèle de données doit être bien documenté, ou, au minimum, présent à l'esprit d'un gestionnaire de données. Les bases de données non compatibles avec SQL ne sont pas supportées par BioCASe. Actuellement, le logiciel peut se connecter au bases de données suivantes: Microsoft Access, Microsoft SQL Server, MySQL, Postgres, Oracle, Foxpro, Sybase, 4D, DB2, Firebird.<br /> <br /> * Pour installer BioCASe, vous devez avoir un logiciel de serveur Web (Apache ou Microsoft IIS) accessible en permanence depuis l'Internet. Cela peut être le serveur d'une institution académique ou scientifique, ou un service d'hébergement (il est parfois pénible dans le second cas d'obtenir les droits d'installation auprès d'un service d'hébergement). Une connexion commutée (peer to peer ou 'Dial-up') ne fonctionnera pas. Notez qu'il est tout à fait possible d'installer un serveur Internet sur votre propre machine, isolé du reste de l'Internet, et de faire fonctionner BioCASe dessus à des fins d'entraînement, de formation ou de développement, . Il sera alors accessible localement pour l'ordinateur seul (via le nom http://localhost ou l'adresse IP réservée 127.0.0.1)<br /> <br /> * Vous devez avoir la possibilité d'installer Python sur le serveur web en question (si jamais ce n'est pas le cas) ainsi que des librairies ou paquets complémentaires Python. Cela peut être effectué relativement facilement par un informaticien ou quelqu'un ayant de bonnes connaissances techniques, mais assurez vous que cela ne pose pas problèmes par rapport aux procédures et règles techniques qui pourraient être en vigueur dans votre institution.<br /> <br /> == Etapes ==<br /> <br /> Une fois que vous vous êtes assurez que le BioCASe Provider Software est un choix pertinent pour vos besoins ([[Special:Contact|contactez l'équipe BioCASe]] si vous souhaitez plus d'information avant de prendre une décision), vous devez exécuter les étapes suivantes:<br /> <br /> # Pensez à l'information que vous souhaitez publier sur le réseau. Cela implique d'avoir réfléchi et répondu à la question de la propriété des données et des termes d'utilisation, licences, copyright et restrictions dans l'utilisation qui s'appliquent à leur publication. Vous devriez aussi vous demander si certaines information ne devraient '''pas''' être publiées car cela pourrait avoir une conséquence sur des espèces menacées (une solution possible est de soustraire certaines occurrence du jeu de données publier ou de rendre moins précise une information exacte sur la localité d'observation).<br /> # Préparez la base de données comme décrit dand le tutoriel [[Preparation]]. Il faut alors décider de publier soit directement la base de données principale qui est utlisée pour les mises à jour, soit un 'snapshot' (une copie de tout ou une partie des données prise à un moment précis), de créer uen table de métadonnées (informations sur la base de donénes elle-même) et, dans certains cas, de transformer la présentation des données.<br /> # Suivez le tutoriel d'[[Installation]] pour installer le Fournisseur de données BioCASe.<br /> # Configurez un jeu de données BioCASe dans le logiciel et connectez-le à votre base de données. Configuez alors le jeu de données comme décrit dans le tutoriel [[DatasourceSetup]].<br /> # Suiviez le tutoriel [[ABCD2Mapping pour créer un mapping]] pour le schéma de données (par exemple DarwinCore ou ABCD) que vous voulez utiliser.<br /> # Testez et debuggez votre web service BioCASe. Lisez le tutoriel [[Debugging]] pour plus d'informations à ce sujet.<br /> # Quand vous avez terminé avec l'installation et la configuration du BioCASE Provider Software, vous pouvez enregistrer le wen service BioCASe auprès du réseau sur lequel vous souhaitez publiser vos données, par exemple le [http://www.gbif.org GBIF]. Nous vous recommandons de contacter l'[[Special:Contact|équipe BioCASe]] pour vérifier au préalable votre web service nous pourrons alors diagnistiquer des problèmes plus compliqué à résoudre après cet enregistrement.<br /> <br /> == Support ==<br /> En cas de difficultés lors de l'installation et de la configuration, sous devriez:<br /> * jeter un oeil sur le [[FAQ]] qui contient peut-être une réponse à votre question<br /> * demander l'aide au staff technique d'un projet lié à BioCASe (comme CABIN ou OpenUp!)<br /> * demander l'aide d'autres utilisateurs de BioCASe <br /> * contacter l'[[Special:Contact|BioCASe team]], qui est plutôt anglophone.<br /> Décrivez le plus précisément possible votre environnement (système d'exploitation et système de bases de données utlisés), l'étape où le problème apparaît, et tous les messages d'erreurs ou informations techniques retourné par le logiciel. Il est recommendé d'envoyer des copies d'écran à vos interlocuteurs pour ce type de problème.</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=BeginnersGuide_(French)&diff=504 2012-04-10T15:26:51Z

<p>FranckTheeten: /* Prérequis pour utiliser le BPS */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> == Qu'est ce que le Logiciel Fournisseur de données BioCASe? ==<br /> <br /> Le logiciel fournisseur de données BioCASe (abrégé '''BPS'' pour '''BioCASe Provider Software''' en anglais ) est un middleware, c'est à dire un logiciel situéà une position intermédiaire entre une base de données et une interface graphique. Il produit des données en XML, afin de les publier sur un réseau d'information scientifique. Après l'installation de BioCASe et sa configuration pour un type de base de données particulier, l'information publiée sera accessible sous la forme d'un web service de type BioCASe. Cela veut dire que l'information pourra être interrogée et recherchée avec des requêtes au format BioCASe, car BioCASe désigne également un protocole XML pour envoyer des messages à un web service. L'intérêt de ce type de logiciel est qu'il est &quot;agnostique&quot; par rapport au modèle de données de la base de données d'origine, c'est à dire que les requêtes envoyées au web services n'ont pas besoin de connaître la structure de la base de données pour fonctionner. Il peut être également utilisé avec n'importe quel type de schéma conceptuel de données en XML.<br /> <br /> Le BPS est un ensemble d'outils qui doivent être installée sur un serveur Web installé chez le fournisseur de données. Son composant central est le '''PyWrapper''', une interface XML/CGI, écrite en Python, pour se connecter à des bases de données . Il permet un accès standardisé (c'est à dire via des procédures uniformes qui peuvent être ainsi partagée par tous les acteurs d'un réseau d'information) à une large gamme de systèmes de base de données dont la structure est arbitraire (c'est à dire définie par le fournisseur de données seul). Un certain nombre d'outils est réuni autour du BPS pour configurer, tester et débugger une installation ou un web service BioCASe.<br /> <br /> Même si BioCASe peut être utilisé avec n'importe quel schéma conceptuel défini en XML, son domaine de prédilection est la publication de données d'occurrence provenant de bases de données contenant des spécimens ou des observations sur des réseaux d'information primaire sur la biodiversité, comme le [http://www.biocase.org réseau BioCASe] et le [http://www.gbif.org GBIF (Global Biodiversity Information Facility)].<br /> <br /> == Prérequis pour utiliser le BPS ==<br /> <br /> Avant d'utiliser le logiciel fournisseur de données BioCASe, trois conditions doivent être vérifiées:<br /> <br /> * D'une part, les données à publier doivent être stockées dans une système gestionnaires de base de données relationnelles (parfois abrégé '''SGBDR''' ou '''RDBMS''' en anglais) compatible avec le langage '''SQL'''. Son modèle de données doit être bien documenté, ou, au minimum, présent à l'esprit d'un gestionnaire de données. Les bases de données non compatibles avec SQL ne sont pas supportées par BioCASe. Actuellement, le logiciel peut se connecter au bases de données suivantes: Microsoft Access, Microsoft SQL Server, MySQL, Postgres, Oracle, Foxpro, Sybase, 4D, DB2, Firebird.<br /> <br /> * Pour installer BioCASe, vous devez avoir un logiciel de serveur Web (Apache ou Microsoft IIS) accessible en permanence depuis l'Internet. Cela peut être le serveur d'une institution académique ou scientifique, ou un service d'hébergement (il est parfois pénible dans le second cas d'obtenir les droits d'installation auprès d'un service d'hébergement). Une connexion commutée (peer to peer ou 'Dial-up') ne fonctionnera pas. Notez qu'il est tout à fait possible d'installer un serveur Internet sur votre propre machine, isolé du reste de l'Internet, et de faire fonctionner BioCASe dessus à des fins d'entraînement, de formation ou de développement, . Il sera alors accessible localement pour l'ordinateur seul (via le nom http://localhost ou l'adresse IP réservée 127.0.0.1)<br /> <br /> * Vous devez avoir la possibilité d'installer Python sur le serveur web en question (si jamais ce n'est pas le cas) ainsi que des librairies ou paquets complémentaires Python. Cela peut être effectué relativement facilement par un informaticien ou quelqu'un ayant de bonnes connaissances techniques, mais assurez vous que cela ne pose pas problèmes par rapport aux procédures et règles techniques qui pourraient être en vigueur dans votre institution.<br /> <br /> == Etapes ==<br /> <br /> Une fois que vous vous êtes assurez que le BioCASe Provider Software est un choix pertinent pour vos besoins ([[Special:Contact|contactez l'équipe BioCASe]] si vous avez encore besoin d'information avant de prendre une décicion), vous devez exécutez les étapes suivantes:<br /> <br /> # Pensez à l'information que vous souhaitez publier sur le réseau. Cela implique d'avoir une réponse à la question de la propriété des données et des termes d'utlsiation, licences, copyright et restrictions dans l'utlisation qui valent pour les données publiées. Vous devriez aussi vous demander si certaines information ne devraient '''pas''' être publiées car cela pourrait avoir une conséquence sur des espèces menacées (une solution possible est de soustraire certaines occurrence du jeu de données publier ou de rendre moins précise une information exacte sur la localité d'observation).<br /> # Préparez la base de données comme décrit dand le tutoriel [[Preparation]]. Il faut alors décider de publier soit directement la base de données principale qui est utlisée pour les mises à jour, soit un 'snapshot' (une copie de tout ou une partie des données prise à un moment précis), de créer uen table de métadonnées (informations sur la base de donénes elle-même) et, dans certains cas, de transformer la présentation des données.<br /> # Suivez le tutoriel d'[[Installation]] pour installer le Fournisseur de données BioCASe.<br /> # Configurez un jeu de données BioCASe dans le logiciel et connectez-le à votre base de données. Configuez alors le jeu de données comme décrit dans le tutoriel [[DatasourceSetup]].<br /> # Suiviez le tutoriel [[ABCD2Mapping pour créer un mapping]] pour le schéma de données (par exemple DarwinCore ou ABCD) que vous voulez utiliser.<br /> # Testez et debuggez votre web service BioCASe. Lisez le tutoriel [[Debugging]] pour plus d'informations à ce sujet.<br /> # Quand vous avez terminé avec l'installation et la configuration du BioCASE Provider Software, vous pouvez enregistrer le wen service BioCASe auprès du réseau sur lequel vous souhaitez publiser vos données, par exemple le [http://www.gbif.org GBIF]. Nous vous recommandons de contacter l'[[Special:Contact|équipe BioCASe]] pour vérifier au préalable votre web service nous pourrons alors diagnistiquer des problèmes plus compliqué à résoudre après cet enregistrement.<br /> <br /> == Support ==<br /> En cas de difficultés lors de l'installation et de la configuration, sous devriez:<br /> * jeter un oeil sur le [[FAQ]] qui contient peut-être une réponse à votre question<br /> * demander l'aide au staff technique d'un projet lié à BioCASe (comme CABIN ou OpenUp!)<br /> * demander l'aide d'autres utilisateurs de BioCASe <br /> * contacter l'[[Special:Contact|BioCASe team]], qui est plutôt anglophone.<br /> Décrivez le plus précisément possible votre environnement (système d'exploitation et système de bases de données utlisés), l'étape où le problème apparaît, et tous les messages d'erreurs ou informations techniques retourné par le logiciel. Il est recommendé d'envoyer des copies d'écran à vos interlocuteurs pour ce type de problème.</div>

FranckTheeten https://wiki.bgbm.org/bps/index.php?title=BeginnersGuide_(French)&diff=503 2012-04-10T15:26:28Z

<p>FranckTheeten: /* Prérequis pour utiliser le BPS */</p> <hr /> <div>'''Traduction: Franck Theeten'''<br /> <br /> '''Musée Royal de l'Afrique Centrale de Tervuren'''<br /> <br /> '''Pour le projet CABIN (Central African Biodiversity Information Network)'''<br /> <br /> == Qu'est ce que le Logiciel Fournisseur de données BioCASe? ==<br /> <br /> Le logiciel fournisseur de données BioCASe (abrégé '''BPS'' pour '''BioCASe Provider Software''' en anglais ) est un middleware, c'est à dire un logiciel situéà une position intermédiaire entre une base de données et une interface graphique. Il produit des données en XML, afin de les publier sur un réseau d'information scientifique. Après l'installation de BioCASe et sa configuration pour un type de base de données particulier, l'information publiée sera accessible sous la forme d'un web service de type BioCASe. Cela veut dire que l'information pourra être interrogée et recherchée avec des requêtes au format BioCASe, car BioCASe désigne également un protocole XML pour envoyer des messages à un web service. L'intérêt de ce type de logiciel est qu'il est &quot;agnostique&quot; par rapport au modèle de données de la base de données d'origine, c'est à dire que les requêtes envoyées au web services n'ont pas besoin de connaître la structure de la base de données pour fonctionner. Il peut être également utilisé avec n'importe quel type de schéma conceptuel de données en XML.<br /> <br /> Le BPS est un ensemble d'outils qui doivent être installée sur un serveur Web installé chez le fournisseur de données. Son composant central est le '''PyWrapper''', une interface XML/CGI, écrite en Python, pour se connecter à des bases de données . Il permet un accès standardisé (c'est à dire via des procédures uniformes qui peuvent être ainsi partagée par tous les acteurs d'un réseau d'information) à une large gamme de systèmes de base de données dont la structure est arbitraire (c'est à dire définie par le fournisseur de données seul). Un certain nombre d'outils est réuni autour du BPS pour configurer, tester et débugger une installation ou un web service BioCASe.<br /> <br /> Même si BioCASe peut être utilisé avec n'importe quel schéma conceptuel défini en XML, son domaine de prédilection est la publication de données d'occurrence provenant de bases de données contenant des spécimens ou des observations sur des réseaux d'information primaire sur la biodiversité, comme le [http://www.biocase.org réseau BioCASe] et le [http://www.gbif.org GBIF (Global Biodiversity Information Facility)].<br /> <br /> == Prérequis pour utiliser le BPS ==<br /> <br /> Avant d'utiliser le logiciel fournisseur de données BioCASe, trois conditions doivent être vérifiées:<br /> <br /> * D'une part, les données à publier doivent être stockées dans une système gestionnaires de base de données relationnelles (parfois abrégé '''SGBDR''' ou '''RDBMS''' en anglais) compatible avec le langage '''SQL'''. Son modèle de données doit être bien documenté, ou, au minimum, présent à l'esprit d'un gestionnaire de données. Les bases de données non compatibles avec SQL ne sont pas supportées par BioCASe. Actuellement, le logiciel peut se connecter au bases de données suivantes: Microsoft Access, Microsoft SQL Server, MySQL, Postgres, Oracle, Foxpro, Sybase, 4D, DB2, Firebird.<br /> <br /> * Pour installer BioCASe, vous devez avoir un logiciel de serveur Web (Apache ou Microsoft IIS) accessible en permanence depuis l'Internet. Cela peut être le serveur d'une institution académique ou scientifique, ou un service d'hébergement (il est parfois pénible dans le second cas d'obtenir les droits d'installation auprès d'un service d'hébergement). Une connexion commutée (peer to peer ou 'Dial-up') ne fonctionnera pas. Notez qu'il est tout à fait possible d'installer un serveur Internet sur votre propre machine, isolé du reste de l'Internet, et de faire fonctionner BioCASe dessus à des fins d'entraînement, de formation ou de développement, . Il sera alors accessible localement pour l'ordinateur seul (via le nom http://localhost ou l'adresse IP réservée 127.0.0.1)<br /> <br /> * Vous devez avoir la possibilité d'installer Python sur le serveur web en question (si jamais ce n'est pas le cas) ainsi que des librairies ou paquets complémentaires Python. Cela peut être fait par un informaticien ou quelqu'un ayant de bonnes connaissances techniques, mais assurez vous que cela ne pose pas problèmes par rapport aux procédures et règles techniques qui pourraient être en vigueur dans votre institution.<br /> <br /> == Etapes ==<br /> <br /> Une fois que vous vous êtes assurez que le BioCASe Provider Software est un choix pertinent pour vos besoins ([[Special:Contact|contactez l'équipe BioCASe]] si vous avez encore besoin d'information avant de prendre une décicion), vous devez exécutez les étapes suivantes:<br /> <br /> # Pensez à l'information que vous souhaitez publier sur le réseau. Cela implique d'avoir une réponse à la question de la propriété des données et des termes d'utlsiation, licences, copyright et restrictions dans l'utlisation qui valent pour les données publiées. Vous devriez aussi vous demander si certaines information ne devraient '''pas''' être publiées car cela pourrait avoir une conséquence sur des espèces menacées (une solution possible est de soustraire certaines occurrence du jeu de données publier ou de rendre moins précise une information exacte sur la localité d'observation).<br /> # Préparez la base de données comme décrit dand le tutoriel [[Preparation]]. Il faut alors décider de publier soit directement la base de données principale qui est utlisée pour les mises à jour, soit un 'snapshot' (une copie de tout ou une partie des données prise à un moment précis), de créer uen table de métadonnées (informations sur la base de donénes elle-même) et, dans certains cas, de transformer la présentation des données.<br /> # Suivez le tutoriel d'[[Installation]] pour installer le Fournisseur de données BioCASe.<br /> # Configurez un jeu de données BioCASe dans le logiciel et connectez-le à votre base de données. Configuez alors le jeu de données comme décrit dans le tutoriel [[DatasourceSetup]].<br /> # Suiviez le tutoriel [[ABCD2Mapping pour créer un mapping]] pour le schéma de données (par exemple DarwinCore ou ABCD) que vous voulez utiliser.<br /> # Testez et debuggez votre web service BioCASe. Lisez le tutoriel [[Debugging]] pour plus d'informations à ce sujet.<br /> # Quand vous avez terminé avec l'installation et la configuration du BioCASE Provider Software, vous pouvez enregistrer le wen service BioCASe auprès du réseau sur lequel vous souhaitez publiser vos données, par exemple le [http://www.gbif.org GBIF]. Nous vous recommandons de contacter l'[[Special:Contact|équipe BioCASe]] pour vérifier au préalable votre web service nous pourrons alors diagnistiquer des problèmes plus compliqué à résoudre après cet enregistrement.<br /> <br /> == Support ==<br /> En cas de difficultés lors de l'installation et de la configuration, sous devriez:<br /> * jeter un oeil sur le [[FAQ]] qui contient peut-être une réponse à votre question<br /> * demander l'aide au staff technique d'un projet lié à BioCASe (comme CABIN ou OpenUp!)<br /> * demander l'aide d'autres utilisateurs de BioCASe <br /> * contacter l'[[Special:Contact|BioCASe team]], qui est plutôt anglophone.<br /> Décrivez le plus précisément possible votre environnement (système d'exploitation et système de bases de données utlisés), l'étape où le problème apparaît, et tous les messages d'erreurs ou informations techniques retourné par le logiciel. Il est recommendé d'envoyer des copies d'écran à vos interlocuteurs pour ce type de problème.</div>

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